NAMD
NAMD adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.
Versi yang Tersedia
| Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
|---|---|---|
| 2.14 (CPU) | Pure MPI | CPU, multi-node |
| 2.14 (GPU) | - | CPU - GPU, single-node |
Menjalankan NAMD
User menjalankan NAMD pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
1. Memilih template NAMD
- Klik New Jobs > From Template.
- Pilih template NAMD yang dibutuhkan.
- isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
---
| Nama Template | Penjelasan |
|---|---|
| NAMD 2.14 (CPU) | Template NAMD 2.14 versi CPU |
| NAMD 2.14 (GPU) | Template NAMD 2.14 versi GPU |
---
2. Mempersiapkan file input config NAMD
- User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input config NAMD melalui menu Edit Files.
- Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-namd.sh.
---
3A. Melengkapi Submit Script Template
- Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program NAMD dapat berjalan:
- Parameter SBATCH.
- Nama file input NAMD.
- Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
---
3B. Menjalankan NAMD versi CPU Multi-Node (>128 core thread CPU)
NAMD versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
| MPI ALELEON Supercomputer |
|---|
---
4. Menjalankan Job
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.
- Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
| Status | Arti |
|---|---|
| Not Submitted | Job belum pernah dijalankan. |
| Running | Job berjalan. |
| Queue | Job mengantri dan belum berjalan. |
| Completed | Job selesai berjalan. |
| Failed | Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. |
- User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
- Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
---
5. Melihat hasil job yang selesai
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
---
6. Submit ulang job
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
