NWChem: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
LSlowmotion (bicara | kontrib) (→Versi yang Tersedia: tambah versi nwchem initial) |
LSlowmotion (bicara | kontrib) (Add hardware support) |
||
Baris 11: | Baris 11: | ||
|7.0.2 | |7.0.2 | ||
|nwchem | |nwchem | ||
|CPU, parallel multi-node | |CPU-GPU, parallel multi-node | ||
|epyc | |epyc, gpu_ampere | ||
|} | |} | ||
Revisi per 7 April 2021 08.48
Software NWChem
NWChem adalah framework komputasi kimia untuk banyak jenis komputasi misalnya biomolekul, kimia kuantum / klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dll.
Versi yang Tersedia
Versi | Nama Modul | Dukungan Hardware | Partisi |
---|---|---|---|
7.0.2 | nwchem | CPU-GPU, parallel multi-node | epyc, gpu_ampere |
Contoh SLURM Submission Script
User harus menggunakan Scheduler SLURM untuk menjalankan komputasi NWChem di Compute Node. User dapat menjalankan NWChem dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih.
Satu Node
Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.
#!/bin/bash #SBATCH --ntasks=64 #SBATCH --mem=128GB #SBATCH --time=10:00:00 #SBATCH --output=result-%j.out #SBATCH --error=result-%j.err # MODULE module load nwchem # RUN COMMAND # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX mpirun -np 64 --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem <file_input>
Banyak Node
Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.
#!/bin/bash #SBATCH --nodes=2 #SBATCH --ntasks-per-node=64 #SBATCH --mem=128GB #SBATCH --time=10:00:00 #SBATCH --output=result-%j.out #SBATCH --error=result-%j.out # MODULE module load nwchem # RUN COMMAND # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX # Total proses MPI = ntasks per node X nodes mpirun -np 128 --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem <file_input>