NWChem: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
LSlowmotion (bicara | kontrib) kTidak ada ringkasan suntingan |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (Menyesuaikan dengan tutorial SLURM baru) |
||
| Baris 6: | Baris 6: | ||
!Versi | !Versi | ||
! Nama Modul | ! Nama Modul | ||
!Dukungan MPI | |||
!Dukungan Hardware | !Dukungan Hardware | ||
![[Partisi Aleleon Mk.II|Partisi]] | ![[Partisi Aleleon Mk.II|Partisi]] | ||
| Baris 11: | Baris 12: | ||
|7.0.2 | |7.0.2 | ||
|nwchem | |nwchem | ||
|ya | |||
|CPU-GPU, parallel multi-node | |CPU-GPU, parallel multi-node | ||
|epyc, gpu_ampere | |epyc, gpu_ampere | ||
|} | |} | ||
=='''Contoh SLURM | =='''Contoh SLURM Script'''== | ||
User harus menggunakan [[Scheduler SLURM Aleleon| | User harus menggunakan [[Scheduler SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] untuk menjalankan komputasi NWChem di Compute Node. User dapat menjalankan NWChem dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih. Berikut kami menyertakan beberapa contoh SLURM script untuk menjalankan NWChem. | ||
===Satu Node=== | ==='''Satu Node CPU'''=== | ||
Contoh | Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada satu node CPU. | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
#SBATCH --ntasks=64 | #SBATCH --ntasks=64 # Contoh menggunakan 64 core CPU | ||
#SBATCH --mem=128GB | #SBATCH --mem=128GB # Contoh menggunakan RAM 128GB | ||
#SBATCH --time=10:00:00 | #SBATCH --time=10:00:00 # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam | ||
#SBATCH --output=result-%j.out | #SBATCH --output=result-%j.out # Output terminal program | ||
#SBATCH --error=result-%j.err | #SBATCH --error=result-%j.err # Output verbose program | ||
# | # Memuat modul NWChem | ||
module load nwchem | module load nwchem | ||
# RUN COMMAND | # RUN COMMAND | ||
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX | # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX | ||
mpirun -np | mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem file_input.nw > file_output.out | ||
=== | ==='''Multi Node CPU''' === | ||
Contoh | Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada lebih dari satu node CPU. | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
#SBATCH --nodes=2 | #SBATCH --nodes=2 # Contoh menggunakan 2 node ... | ||
#SBATCH --ntasks-per-node= | #SBATCH --ntasks-per-node=128 # dengan 128 core per node. | ||
#SBATCH --mem=128GB | # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU | ||
#SBATCH --time=10:00:00 | #SBATCH --mem=128GB # Contoh menggunakan RAM 128GB per node | ||
#SBATCH --output=result-%j.out | #SBATCH --time=10:00:00 # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam | ||
#SBATCH --error=result-%j.err | #SBATCH --output=result-%j.out # Output terminal program | ||
#SBATCH --error=result-%j.err # Output verbose program | |||
# | # Memuat modul NWChem | ||
module load nwchem | module load nwchem | ||
# RUN COMMAND | # RUN COMMAND | ||
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX | # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX | ||
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem file_input.nw > file_output.out | |||
mpirun -np | |||
=== '''Telaah Lebih Lanjut''' === | |||
Untuk memahami lebih dalam mengenai kedua contoh SLURM script diatas, user dapat melihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Contoh_SLURM_Script#SLURM_Script_untuk_Komputasi_Paralel_MPI '''SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI''']. | |||
Revisi per 10 September 2021 13.50
Software NWChem
NWChem adalah framework komputasi kimia untuk banyak jenis komputasi misalnya biomolekul, kimia kuantum / klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dll.
Versi yang Tersedia
| Versi | Nama Modul | Dukungan MPI | Dukungan Hardware | Partisi |
|---|---|---|---|---|
| 7.0.2 | nwchem | ya | CPU-GPU, parallel multi-node | epyc, gpu_ampere |
Contoh SLURM Script
User harus menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan komputasi NWChem di Compute Node. User dapat menjalankan NWChem dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih. Berikut kami menyertakan beberapa contoh SLURM script untuk menjalankan NWChem.
Satu Node CPU
Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada satu node CPU.
#!/bin/bash #SBATCH --ntasks=64 # Contoh menggunakan 64 core CPU #SBATCH --mem=128GB # Contoh menggunakan RAM 128GB #SBATCH --time=10:00:00 # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam #SBATCH --output=result-%j.out # Output terminal program #SBATCH --error=result-%j.err # Output verbose program # Memuat modul NWChem module load nwchem # RUN COMMAND # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem file_input.nw > file_output.out
Multi Node CPU
Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada lebih dari satu node CPU.
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2 # Contoh menggunakan 2 node ...
#SBATCH --ntasks-per-node=128 # dengan 128 core per node.
# Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU
#SBATCH --mem=128GB # Contoh menggunakan RAM 128GB per node
#SBATCH --time=10:00:00 # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err # Output verbose program
# Memuat modul NWChem
module load nwchem
# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem file_input.nw > file_output.out
Telaah Lebih Lanjut
Untuk memahami lebih dalam mengenai kedua contoh SLURM script diatas, user dapat melihat laman SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI.
