NWChem

Software NWChem

NWChem adalah framework komputasi kimia untuk banyak jenis komputasi misalnya biomolekul, kimia kuantum / klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dll.

Versi yang Tersedia

Versi	Nama Modul	Dukungan MPI	Dukungan Hardware	Partisi
7.0.2	nwchem	ya	CPU-GPU, parallel multi-node	epyc, gpu_ampere

Contoh SLURM Script

User harus menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan komputasi NWChem di Compute Node. User dapat menjalankan NWChem dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih. Berikut kami menyertakan beberapa contoh SLURM script untuk menjalankan NWChem.

Satu Node CPU

Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada satu node CPU.

#!/bin/bash

#SBATCH --ntasks=64               # Contoh menggunakan 64 core CPU
#SBATCH --mem=128GB               # Contoh menggunakan RAM 128GB
#SBATCH --time=10:00:00           # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err     # Output verbose program

# Memuat modul NWChem
module load nwchem

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem file_input.nw > file_output.out

Multi Node CPU

Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada lebih dari satu node CPU.

#!/bin/bash

#SBATCH --nodes=2                 # Contoh menggunakan 2 node ...
#SBATCH --ntasks-per-node=128     # dengan 128 core per node.
                                  # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU
#SBATCH --mem=128GB               # Contoh menggunakan RAM 128GB per node
#SBATCH --time=10:00:00           # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err     # Output verbose program

# Memuat modul NWChem
module load nwchem

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem file_input.nw > file_output.out

Telaah Lebih Lanjut

Untuk memahami lebih dalam mengenai kedua contoh SLURM script diatas, user dapat melihat laman SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI.