NWChem: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(Another rephrase)
(→‎Pelajari Lebih Lanjut: change pengguna to user)
Baris 57: Baris 57:


=== '''Pelajari Lebih Lanjut''' ===
=== '''Pelajari Lebih Lanjut''' ===
Pengguna dapat melihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Contoh_SLURM_Script#SLURM_Script_untuk_Komputasi_Paralel_MPI '''SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI'''] untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas,
User dapat melihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Contoh_SLURM_Script#SLURM_Script_untuk_Komputasi_Paralel_MPI '''SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI'''] untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas,

Revisi per 13 September 2021 07.24

Deskripsi

NWChem adalah perangkat lunak komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dan sebagainya.

Versi yang Tersedia

Versi Nama Modul Dukungan MPI Dukungan Hardware Partisi
7.0.2 nwchem ya CPU-GPU, parallel multi-node epyc, gpu_ampere

Contoh SLURM Script

User harus menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan komputasi NWChem di Compute Node. User dapat menjalankan NWChem dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih. Berikut kami menyertakan beberapa contoh SLURM script untuk menjalankan NWChem.

Satu Node CPU

Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada satu node CPU.

#!/bin/bash

#SBATCH --ntasks=64               # Contoh menggunakan 64 core CPU
#SBATCH --mem=128GB               # Contoh menggunakan RAM 128GB
#SBATCH --time=10:00:00           # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err     # Output verbose program

# Memuat modul NWChem
module load nwchem

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem file_input.nw > file_output.out

Multi Node CPU

Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada lebih dari satu node CPU.

#!/bin/bash

#SBATCH --nodes=2                 # Contoh menggunakan 2 node ...
#SBATCH --ntasks-per-node=128     # dengan 128 core per node.
                                  # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU
#SBATCH --mem=128GB               # Contoh menggunakan RAM 128GB per node
#SBATCH --time=10:00:00           # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err     # Output verbose program

# Memuat modul NWChem
module load nwchem

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem file_input.nw > file_output.out

Pelajari Lebih Lanjut

User dapat melihat laman SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas,