NWChem: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(paraphrasing bagian MPI dan mengganti penomoran)
Baris 40: Baris 40:
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-nwchem.sh.'''
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-nwchem.sh.'''
---
---
=== 3A. Melengkapi Submit Script Template===
=== 3. Melengkapi Submit Script Template===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
Baris 51: Baris 51:


---
---
===3B. Menjalankan NWChem Multi-Node (>128 core thread CPU) ===
===4. MPI pada NWChem ===
NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
![[MPI ALELEON Supercomputer]]
![[MPI ALELEON Supercomputer]]
Baris 58: Baris 58:
|
|
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
**User dapat menjalankan NWChem hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|}---
|}---
===4. Menjalankan Job===
===5. Menjalankan Job===
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.


Baris 87: Baris 89:
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
---
---
===5. Melihat hasil job yang selesai===
===6. Melihat hasil job yang selesai===
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''


Baris 93: Baris 95:


---
---
===6. Submit ulang job===
===7. Submit ulang job===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Revisi per 21 Februari 2022 11.37

Nwhem.png

NWChem adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dan sebagainya.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
7.0.2 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan NWChem

User menjalankan NWChem pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

1. Memilih template NWChem

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template NWChem yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Template NWChem yang tersedia
Nama Template Penjelasan
NWChem 7.0.2 Template standar NWChem versi 7.0.2

---

2. Mempersiapkan file input NWChem

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input NWChem melalui menu Edit Files.
  • Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-nwchem.sh.

---

3. Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
    • Nama file input NWChem.
  • Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

4. MPI pada NWChem

NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan NWChem hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

---

5. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

6. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

7. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=NWChem&oldid=620"