NWChem: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(paraphrasing bagian MPI dan mengganti penomoran)
(mengganti sub header 1 menjadi header)
Baris 12: Baris 12:
|Pure MPI
|Pure MPI
|CPU, multi-node
|CPU, multi-node
|}
|}User menjalankan NWChem pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
 
== '''Menjalankan NWChem''' ==
User menjalankan NWChem pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer


[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
===1. Memilih template NWChem===
=='''Memilih template NWChem'''==
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
*Pilih template NWChem yang dibutuhkan.
*Pilih template NWChem yang dibutuhkan.
Baris 35: Baris 32:
|Template standar NWChem versi 7.0.2
|Template standar NWChem versi 7.0.2
|}---
|}---
===2. Mempersiapkan file input NWChem===
=='''Mempersiapkan file input NWChem'''==
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' '''NWChem''' melalui menu '''Edit Files.'''
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' '''NWChem''' melalui menu '''Edit Files.'''
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-nwchem.sh.'''
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-nwchem.sh.'''
---
---
=== 3. Melengkapi Submit Script Template===
== '''Melengkapi Submit Script Template'''==
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
Baris 50: Baris 47:
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]


---
=='''MPI pada NWChem''' ==
===4. MPI pada NWChem ===
NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
Baris 61: Baris 57:
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|}---
|}---
===5. Menjalankan Job===
=='''Menjalankan Job'''==
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.


Baris 89: Baris 85:
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
---
---
===6. Melihat hasil job yang selesai===
=='''Melihat hasil job yang selesai'''==
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''


Baris 95: Baris 91:


---
---
===7. Submit ulang job===
=='''Submit ulang job'''==
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Revisi per 24 Februari 2022 10.11

Nwhem.png

NWChem adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dan sebagainya.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
7.0.2 Pure MPI CPU, multi-node

User menjalankan NWChem pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

Memilih template NWChem

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template NWChem yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Template NWChem yang tersedia
Nama Template Penjelasan
NWChem 7.0.2 Template standar NWChem versi 7.0.2

---

Mempersiapkan file input NWChem

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input NWChem melalui menu Edit Files.
  • Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-nwchem.sh.

---

Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
    • Nama file input NWChem.
  • Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

MPI pada NWChem

NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan NWChem hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

---

Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=NWChem&oldid=657"