NWChem: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(menghapus separator)
(paraphrasing dan mengubah layout di Submit Script)
Baris 19: Baris 19:
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
=='''Memilih template NWChem'''==
=='''Memilih template NWChem'''==
{| class="wikitable"
|+Template NWChem yang tersedia
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|NWChem 7.0.2
|Template standar NWChem versi 7.0.2
|}
Template NWChem adalah set environment untuk menjalankan software NWChem.
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
*Pilih template NWChem yang dibutuhkan.
*Pilih template NWChem yang dibutuhkan.
Baris 27: Baris 36:


[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
{| class="wikitable"
|+Template NWChem yang tersedia
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|NWChem 7.0.2
|Template standar NWChem versi 7.0.2
|}
=='''Mempersiapkan file input NWChem'''==
=='''Mempersiapkan file input NWChem'''==
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
Baris 40: Baris 41:
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-nwchem.sh.'''
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-nwchem.sh.'''
== '''Melengkapi Submit Script Template'''==
== '''Melengkapi Submit Script Template'''==
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
**Parameter SBATCH.
**Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
**Nama file input NWChem.
**Nama file input NWChem.
*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
*Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Save.png|nirbing|450x450px]]
 
---
 
=== Panduan lengkap mengisi Submit Script ===
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]


[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
'''Note:''' Submit Script pada dasarnya adalah '''SLURM Script''' karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.


=='''Fitur MPI pada NWChem''' ==
=='''Fitur MPI pada NWChem''' ==

Revisi per 25 Februari 2022 04.12

Nwhem.png

NWChem adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dan sebagainya.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
7.0.2 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan NWChem di Job Composer

User menjalankan NWChem pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

Memilih template NWChem

Template NWChem yang tersedia
Nama Template Penjelasan
NWChem 7.0.2 Template standar NWChem versi 7.0.2

Template NWChem adalah set environment untuk menjalankan software NWChem.

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template NWChem yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Mempersiapkan file input NWChem

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input NWChem melalui menu Edit Files.
  • Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-nwchem.sh.

Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
    • Nama file input NWChem.
  • Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.

Save.png

---

Panduan lengkap mengisi Submit Script

SLURM Script ALELEON Supercomputer

Note: Submit Script pada dasarnya adalah SLURM Script karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.

Fitur MPI pada NWChem

NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan NWChem hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.