NWChem: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
WilsonLisan (bicara | kontrib) k (→Multi Node CPU) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (reformat) |
||
(9 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan) | |||
Baris 1: | Baris 1: | ||
[[Berkas:Nwhem.png|nirbing|600x600px]] | |||
[https://www.nwchem-sw.org/ '''NWChem'''] adalah | |||
[https://www.nwchem-sw.org/ '''NWChem'''] adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, ''Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state'', dan sebagainya. | |||
== '''Versi yang Tersedia''' == | == '''Versi yang Tersedia''' == | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!Versi | !Versi | ||
!Dukungan MPI | !Dukungan MPI | ||
!Dukungan Hardware | !Dukungan Hardware | ||
|- | |- | ||
|7.0.2 | |7.0.2 | ||
|Pure MPI | |Pure MPI | ||
|CPU | |CPU, multi-node | ||
|} | |} | ||
==''' | == '''Menjalankan NWChem di Job Composer''' == | ||
{| class="wikitable" | |||
|'''1''' | |||
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | |||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]] | |||
|- | |||
|'''2''' | |||
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>''' | |||
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]] | |||
|- | |||
|'''3''' | |||
| | |||
==='''Memilih Template NWChem'''=== | |||
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template NWChem yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]] | |||
{| class="wikitable" | |||
|+Template NWChem | |||
!Nama Template | |||
!Penjelasan | |||
|- | |||
|NWChem 7.0.2 | |||
|Menjalankan NWChem versi 7.0.2 | |||
|} | |||
|- | |||
| rowspan="2" |'''4''' | |||
| | |||
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''=== | |||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | |||
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | |||
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | |||
|- | |||
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.'' | |||
|- | |||
|'''5A''' | |||
| | |||
==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | |||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | |||
===''' | Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | ||
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.''''' | |||
|- | |||
| rowspan="2" |'''5B''' | |||
| | |||
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''=== | |||
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]] | |||
|- | |||
| | |||
==='''Fitur MPI pada NWChem'''=== | |||
NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: | |||
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | |||
**User dapat menjalankan NWChem hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | |||
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | |||
|- | |||
| rowspan="3" |'''6''' | |||
| | |||
==='''Menjalankan Job'''=== | |||
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | |||
== | [[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]] | ||
|- | |||
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':''' | |||
{| class="wikitable" | |||
! Status | |||
!Arti | |||
|- | |||
|Not Submitted | |||
|Job belum pernah dijalankan. | |||
|- | |||
|Running | |||
|Job berjalan. | |||
|- | |||
|Queue | |||
|Job mengantri dan belum berjalan. | |||
|- | |||
|Completed | |||
|Job selesai berjalan. | |||
|- | |||
|Failed | |||
|Job berhenti di tengah jalan, | |||
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. | |||
|} | |||
|- | |||
| | |||
===Stop atau Cancel Job === | |||
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | |||
=== ''' | [[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]] | ||
User dapat melihat | |- | ||
|'''7A''' | |||
| | |||
==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | |||
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | |||
|- | |||
|'''7B''' | |||
| | |||
==='''Submit Ulang Job'''=== | |||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.|} |
Revisi per 25 Maret 2022 12.06
NWChem adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dan sebagainya.
Versi yang Tersedia
Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
---|---|---|
7.0.2 | Pure MPI | CPU, multi-node |
Menjalankan NWChem di Job Composer
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||
3 |
Memilih Template NWChem
| |||||||||||
4 |
Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job
| |||||||||||
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB. | ||||||||||||
5A |
Melengkapi Submit Script TemplateMelalui
| |||||||||||
5B |
Panduan lengkap mengisi Submit Script: | |||||||||||
Fitur MPI pada NWChemNWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| ||||||||||||
6 |
Menjalankan JobJalankan job dengan klik tombol | |||||||||||
Berikut penjelasan kolom Status , pantau dengan refresh halaman job:
| ||||||||||||
Stop atau Cancel JobUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | ||||||||||||
7A |
Melihat hasil job yang selesaiHasil output job dapat dilihat pada kolomFolder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||
7B |
Submit Ulang JobUser dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |