NWChem: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(reformat)
(9 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
== '''Deskripsi''' ==
[[Berkas:Nwhem.png|nirbing|600x600px]]
[https://www.nwchem-sw.org/ '''NWChem'''] adalah perangkat lunak komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, ''Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state'', dan sebagainya.
 
[https://www.nwchem-sw.org/ '''NWChem'''] adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, ''Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state'', dan sebagainya.


== '''Versi yang Tersedia''' ==
== '''Versi yang Tersedia''' ==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
!Versi
! Nama Modul
!Dukungan MPI
!Dukungan MPI
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
![[Partisi Aleleon Mk.II|Partisi]]
|-
|-
|7.0.2
|7.0.2
|nwchem
|Pure MPI
|Pure MPI
|CPU-GPU, parallel multi-node
|CPU, multi-node
|epyc, gpu_ampere
|}
|}


=='''Contoh SLURM Script'''==
== '''Menjalankan NWChem di Job Composer''' ==
User harus menggunakan [[Scheduler SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] untuk menjalankan komputasi NWChem di Compute Node. User dapat menjalankan NWChem dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih.  
{| class="wikitable"
|'''1'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
|-
|'''2'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
|-
|'''3'''
|
==='''Memilih Template NWChem'''===
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template NWChem yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
{| class="wikitable"
|+Template NWChem
!Nama Template
!Penjelasan
|-
|NWChem 7.0.2
|Menjalankan NWChem versi 7.0.2
|}
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
|-
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|'''5A'''
|
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]


==='''Satu Node CPU'''===
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada satu node CPU.
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
#!/bin/bash
|-
| rowspan="2" |'''5B'''
#SBATCH --ntasks=64              # Contoh menggunakan 64 core CPU
|
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
|-
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program
|
==='''Fitur MPI pada NWChem'''===
# Memuat modul NWChem
NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
'''module load nwchem'''
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
**User dapat menjalankan NWChem hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
# RUN COMMAND
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
|-
| rowspan="3" |'''6'''
'''mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem''' file_input.nw
|
==='''Menjalankan Job'''===
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.


==='''Multi Node CPU''' ===
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada lebih dari satu node CPU.
|-
#!/bin/bash
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
#SBATCH --nodes=2                # Contoh menggunakan 2 node ...
! Status
#SBATCH --ntasks-per-node=128    # dengan 128 core per node.
!Arti
                                  # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU
|-
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB per node
|Not Submitted
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
|Job belum pernah dijalankan.
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
|-
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program
|Running
|Job berjalan.
# Memuat modul NWChem
|-
'''module load nwchem'''
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
# RUN COMMAND
|-
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
|Completed
# $SLURM_NTASKS menangkap total proses MPI (nodes * ntasks-per-node)
|Job selesai berjalan.
|-
'''mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem''' file_input.nw
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|-
|
===Stop atau Cancel Job ===
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.


=== '''Pelajari Lebih Lanjut''' ===
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]]
User dapat melihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Contoh_SLURM_Script#SLURM_Script_untuk_Komputasi_Paralel_MPI '''SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI'''] untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas,
|-
|'''7A'''
|
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
|-
|'''7B'''
|
==='''Submit Ulang Job'''===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.|}

Revisi per 25 Maret 2022 12.06

Nwhem.png

NWChem adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dan sebagainya.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
7.0.2 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan NWChem di Job Composer

1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3

Memilih Template NWChem

Pilih template NWChem yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template NWChem
Nama Template Penjelasan
NWChem 7.0.2 Menjalankan NWChem versi 7.0.2
4

Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5A

Melengkapi Submit Script Template

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
5B

Panduan lengkap mengisi Submit Script:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

Fitur MPI pada NWChem

NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan NWChem hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.
6

Menjalankan Job

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Stop atau Cancel Job

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

7A

Melihat hasil job yang selesai

Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
7B

Submit Ulang Job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.|}