NWChem

Software NWChem

NWChem adalah framework komputasi kimia untuk banyak jenis komputasi misalnya biomolekul, kimia kuantum / klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dll.

Contoh SLURM Submission Script

User harus menggunakan Scheduler SLURM untuk menjalankan komputasi NWChem di Compute Node. User dapat menjalankan NWChem dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih.

Satu Node

Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.

#!/bin/bash

#SBATCH --ntasks=64
#SBATCH --mem=128GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.err

# MODULE
module load nwchem

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
mpirun -np 64 --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem <file_input>

Banyak Node

Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.

#!/bin/bash

#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --mem=128GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.out

# MODULE
module load nwchem

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
# Total proses MPI = ntasks per node X nodes
mpirun -np 128 --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem <file_input>