NWChem: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎Contoh SLURM Submission Script: Add submission script for single node and multi node)
(→‎Versi yang Tersedia: tambah versi nwchem initial)
Baris 3: Baris 3:


== '''Versi yang Tersedia''' ==
== '''Versi yang Tersedia''' ==
{| class="wikitable"
!Versi
! Nama Modul
!Dukungan Hardware
![[Partisi Aleleon Mk.II|Partisi]]
|-
|7.0.2
|nwchem
|CPU, parallel multi-node
|epyc
|}


=='''Contoh SLURM Submission Script'''==
=='''Contoh SLURM Submission Script'''==
Baris 24: Baris 35:
  mpirun -np 64 --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem <file_input>
  mpirun -np 64 --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem <file_input>


===Banyak Node===
===Banyak Node ===
Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.
Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.
  #!/bin/bash
  #!/bin/bash

Revisi per 5 April 2021 06.19

Software NWChem

NWChem adalah framework komputasi kimia untuk banyak jenis komputasi misalnya biomolekul, kimia kuantum / klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dll.

Versi yang Tersedia

Versi Nama Modul Dukungan Hardware Partisi
7.0.2 nwchem CPU, parallel multi-node epyc

Contoh SLURM Submission Script

User harus menggunakan Scheduler SLURM untuk menjalankan komputasi NWChem di Compute Node. User dapat menjalankan NWChem dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih.

Satu Node

Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.

#!/bin/bash

#SBATCH --ntasks=64
#SBATCH --mem=128GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.err

# MODULE
module load nwchem

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
mpirun -np 64 --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem <file_input>

Banyak Node

Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.

#!/bin/bash

#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --mem=128GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.out

# MODULE
module load nwchem

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
# Total proses MPI = ntasks per node X nodes
mpirun -np 128 --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem <file_input>