NWChem: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(membuat tutorial menjalankan NWChem menyesuaikan EFIRO)
Baris 1: Baris 1:
== '''Deskripsi''' ==
[[Berkas:Nwhem.png|nirbing|600x600px]]
[https://www.nwchem-sw.org/ '''NWChem'''] adalah perangkat lunak komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, ''Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state'', dan sebagainya.
 
[https://www.nwchem-sw.org/ '''NWChem'''] adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, ''Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state'', dan sebagainya.


== '''Versi yang Tersedia''' ==
== '''Versi yang Tersedia''' ==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
!Versi
! Nama Modul
!Dukungan MPI
!Dukungan MPI
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
![[Partisi Aleleon Mk.II|Partisi]]
|-
|-
|7.0.2
|7.0.2
|nwchem
|Pure MPI
|Pure MPI
|CPU-GPU, parallel multi-node
|CPU, multi-node
|epyc, gpu_ampere
|}
|}


=='''Contoh SLURM Script'''==
== '''Menjalankan NWChem''' ==
User harus menggunakan [[Scheduler SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] untuk menjalankan komputasi NWChem di Compute Node. User dapat menjalankan NWChem dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih.
User menjalankan NWChem pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer


==='''Satu Node CPU'''===
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada satu node CPU.
===1. Memilih template NWChem===
#!/bin/bash
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
*Pilih template NWChem yang dibutuhkan.
#SBATCH --ntasks=64              # Contoh menggunakan 64 core CPU
* isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
 
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
---
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program
 
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
# Memuat modul NWChem
{| class="wikitable"
'''module load nwchem'''
|+Template NWChem yang tersedia
!Nama Template
# RUN COMMAND
!Penjelasan
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
|-
|NWChem 7.0.2
'''mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem''' file_input.nw
|Template standar NWChem versi 7.0.2
|}---
===2. Mempersiapkan file input NWChem===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' melalui menu '''Edit Files.'''
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-nwchem.sh.'''
---
=== 3A. Melengkapi Submit Script Template===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
**Parameter SBATCH.
**Nama file input NWChem.
*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
 
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
 
---
===3B. Menjalankan NWChem Multi-Node (>128 core thread CPU) ===
NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
{| class="wikitable"
![[MPI ALELEON Supercomputer]]
|-
|
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
|}---
===4. Menjalankan Job===
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
{| class="wikitable"
!Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
---
===5. Melihat hasil job yang selesai===
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''


==='''Multi Node CPU''' ===
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png]]
Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada lebih dari satu node CPU.
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2                # Contoh menggunakan 2 node ...
#SBATCH --ntasks-per-node=128    # dengan 128 core per node.
                                  # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB per node
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program
# Memuat modul NWChem
'''module load nwchem'''
# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
# $SLURM_NTASKS menangkap total proses MPI (nodes * ntasks-per-node)
'''mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem''' file_input.nw


=== '''Pelajari Lebih Lanjut''' ===
---
User dapat melihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Contoh_SLURM_Script#SLURM_Script_untuk_Komputasi_Paralel_MPI '''SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI'''] untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas,
===6. Submit ulang job===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Revisi per 21 Februari 2022 04.59

Nwhem.png

NWChem adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dan sebagainya.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
7.0.2 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan NWChem

User menjalankan NWChem pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

1. Memilih template NWChem

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template NWChem yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Template NWChem yang tersedia
Nama Template Penjelasan
NWChem 7.0.2 Template standar NWChem versi 7.0.2

---

2. Mempersiapkan file input NWChem

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input melalui menu Edit Files.
  • Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-nwchem.sh.

---

3A. Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
    • Nama file input NWChem.
  • Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

3B. Menjalankan NWChem Multi-Node (>128 core thread CPU)

NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:

MPI ALELEON Supercomputer

---

4. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

5. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

6. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=NWChem&oldid=589"