NWChem
Dari ALELEON by EFISON
Revisi sejak 13 September 2021 07.25 oleh LSlowmotion (bicara | kontrib) (→Contoh SLURM Script: rephrase)
Deskripsi
NWChem adalah perangkat lunak komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dan sebagainya.
Versi yang Tersedia
Versi | Nama Modul | Dukungan MPI | Dukungan Hardware | Partisi |
---|---|---|---|---|
7.0.2 | nwchem | ya | CPU-GPU, parallel multi-node | epyc, gpu_ampere |
Contoh SLURM Script
User harus menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan komputasi NWChem di Compute Node. User dapat menjalankan NWChem dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih. Berikut adalah beberapa contoh SLURM script untuk menjalankan NWChem.
Satu Node CPU
Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada satu node CPU.
#!/bin/bash #SBATCH --ntasks=64 # Contoh menggunakan 64 core CPU #SBATCH --mem=128GB # Contoh menggunakan RAM 128GB #SBATCH --time=10:00:00 # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam #SBATCH --output=result-%j.out # Output terminal program #SBATCH --error=result-%j.err # Output verbose program # Memuat modul NWChem module load nwchem # RUN COMMAND # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem file_input.nw > file_output.out
Multi Node CPU
Contoh berikut untuk menjalankan NWChem pada lebih dari satu node CPU.
#!/bin/bash #SBATCH --nodes=2 # Contoh menggunakan 2 node ... #SBATCH --ntasks-per-node=128 # dengan 128 core per node. # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU #SBATCH --mem=128GB # Contoh menggunakan RAM 128GB per node #SBATCH --time=10:00:00 # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam #SBATCH --output=result-%j.out # Output terminal program #SBATCH --error=result-%j.err # Output verbose program # Memuat modul NWChem module load nwchem # RUN COMMAND # mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx nwchem file_input.nw > file_output.out
Pelajari Lebih Lanjut
User dapat melihat laman SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas,