NWChem

Dari ALELEON by EFISON

Nwhem.png

NWChem adalah software komputasi kimia untuk biomolekul, kimia kuantum, kimia klasik, Gaussian, nanostructures, solid-state, ground-state, excite-state, dan sebagainya.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
7.0.2 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan NWChem

User menjalankan NWChem pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

1. Memilih template NWChem

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template NWChem yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Template NWChem yang tersedia
Nama Template Penjelasan
NWChem 7.0.2 Template standar NWChem versi 7.0.2

---

2. Mempersiapkan file input NWChem

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input NWChem melalui menu Edit Files.
  • Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-nwchem.sh.

---

3A. Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program NWChem dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
    • Nama file input NWChem.
  • Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

3B. Menjalankan NWChem Multi-Node (>128 core thread CPU)

NWChem menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:

MPI ALELEON Supercomputer

---

4. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

5. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

6. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.