Lihat sumber ORCA

[[Berkas:Orca logo.png|nirbing|350x350px]]

[https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal '''ORCA'''] adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode ''electronic structure'' seperti ''density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories'', dll.

== '''Modul ORCA''' ==
Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
{| class="wikitable"
|+Modul ORCA
! rowspan="2" |Versi
! rowspan="2" | Nama modul 
! colspan="4" |Dukungan hardware 
|-
!CPU
!GPU
!OMP 
Threading
! MPI 
multi-node
|-
|4.2.1
|orca/4.2.1-OMPI3.1.4
| V
| -
| -
|V
|-
|5.0.3
|orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1
|V
| -
| -
|V
|}
== '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' ==
Secara default, ORCA berjalan dengan '''satu core'''. ORCA dapat berjalan '''paralel (multi core CPU)''' untuk menambah kecepatan komputasi dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''':

=== '''!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal''' ===
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU: 
 ! B3LYP 6-31G(D) OPT '''PAL4'''
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

=== '''%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU''' ===
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU: 
 ! B3LYP 6-31(D) OPT 
 '''%PAL NPROCS 32 END'''
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
=='''Pilihan Menjalankan Komputasi'''==
User dapat memilih metode menjalankan komputasi sesuai keinginan: ''<small>(klik expand atau kembangkan)</small>''
*'''Job submission terminal'''
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm.''
*'''Job submission web EFIRO'''
**''Berjalan di [[Spesifikasi ALELEON Supercomputer#Spesifikasi%20Compute%20Node|compute node]] melalui manajemen Slurm via web EFIRO.''
===Job Submission Terminal===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah Job Submission Terminal
[[Berkas:Sbatch Terminal.png|tepi|400x400px]]
|-
!1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#Login_SSH Login SSH]''' ke ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan.
*User dapat upload / download file dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Perhatikan file input untuk menjalankan ORCA dengan multi-core CPU.
|-
!3A
|-
|Buat '''Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
*Nama file bebas dengan format .sh, contoh '''<code>submit.sh</code>'''
|-
!
|-
|Contoh template Submit Script, ikuti petunjuk NOTES didalamnya.

* ''<small>Klik expand / kembangkan</small>''

{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Template SLURM Submit Script ORCA
|-
|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# ORCA | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# 3. Perhatikan jumlah ntasks mengikuti besar core
#    yang didefinisikan pada input file.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file ORCA yang dijalankan
INPUT_FILE="////.inp"

# Memuat modul software ORCA
# Daftar modul lihat subbab "Modul ORCA" di atas 
module load orca////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Menyimpan full PATH orca dengan which
WHICH_ORCA=$(which orca)

# Perintah menjakankan ORCA
${WHICH_ORCA} ${INPUT_FILE}
</syntaxhighlight>
|}
|-
|
* ''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''

*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
!3B
|-
|'''SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
*Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah berikut:
 '''$ slimit-mpi'''
|-
!4
|-
| Jalankan job komputasi dengan perintah:
 $ '''sbatch ''[nama-submit-script]'''''
 
 ''Contoh:''
 $ sbatch submit.sh
|-
!5
|-
|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah:
'''<code>$ squeue -ul $USER</code>'''
{| class="wikitable"
! colspan="2" |''Kolom ST atau STATE menunjukkan status jalannya job.''
|-
!STATE
!Penjelasan
|-
|R (RUN)
| Job berjalan
|-
| PD (PENDING)
|Job tertahan, lihat [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
|-
|CG (COMPLETING)
|Job selesai dan dalam proses clean-up
|-
| CA (CANCELED)
|Job dibatalkan user
|-
|PR (PREEMPETED)
|Job dibatalkan admin, alasan dikabarkan via email
|-
|S (SUSPENDED)
|Job ditahan admin, alasan dikabarkan via email 
|}
|-
!
|-
|Apabila user ingin menghentikan job yang berjalan, jalankan perintah:
 '''$ scancel ''[job-ID]'''''
 
 ''Job ID ada pada squeue diatas.''
 contoh membatalkan job ID 231:
 $ scancel 231
|}

=== Job Submission Web EFIRO ===
{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
!Langkah Job Submission Web EFIRO
[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|400x400px]]
|-
! 1
|-
| Lakukan [https: / wiki.efisonlt.com wiki Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_ |'''[https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_EFIRO#Login_Web_EFIRO Login ke web EFIRO]''' ALELEON Supercomputer.
|-
!2
|-
|[[Berkas:New Pinnedapps jc.png|nirbing|128x128px]]Buka pinned apps '''Job Composer'''  di homepage EFIRO.
Pilih menu '''<code>New Job</code>''' -> '''<code>From Template</code>'''

[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|nirbing|180x180px]]
|-
!3
|-
|
{| class="wikitable"
! colspan="2" |'''Pilih template ORCA yang diinginkan:'''
|-
! Nama Template
!Penjelasan
|-
|ORCA 4.2.1
|Menjalankan ORCA versi 4.2.1
|-
|ORCA 5.0.3
|Menjalankan ORCA versi 5.0.3
|}
Isi '''<code>Job Name</code>''' dan klik '''<code>Create New Job</code>'''

[[Berkas:Jctemplate-2.png|nirbing]]
|-
!4
|-
|Siapkan file komputasi yang dibutuhkan:
* Upload / download / edit file via menu <code>'''Edit Files'''</code>
**Untuk upload file tunggal diatas 2GB gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
*Perhatikan file input untuk menjalankan ORCA dengan multi-core CPU.
[[Berkas:JC job menu.png|nirbing|500x500px]]
|-
!5A
|-
|Lengkapi '''Submit Script''' melalui tombol '''<code>Open Editor:</code>'''
*Submit script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
**Ikuti petunjuk NOTES didalamnya.
* Klik '''<code>Save</code>''' setiap kali mengubah script.
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|400x400px]]
|-
|
*''<small>Info script lebih detail lihat [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']].</small>''
*''<small>Untuk SBATCH notifikasi email status jalannya job lihat [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer#SBATCH_untuk_notifikasi_email_SLURM '''Slurm Jojo'''].</small>''
|-
!5B
|-
|SBATCH komputasi (ntasks, mem, time, dll) '''mempunyai limit''' berdasarkan:
*Sisa Core Hour user dan [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Fair Usage Limit''']].
* Spesifikasi sistem dan software komputasi.
Untuk melihat limit, jalankan perintah ini via menu '''<code>Open Terminal</code>''':
 '''$ slimit-mpi'''
|-
!6
|-
|Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
*Pantau kolom status yang menjelaskan status jalannya job.
*Apabila ingin membatalkan job yang berjalan, klik '''<code>Stop</code>'''.
[[Berkas:JC job runstop.png|al=|nirbing|500x500px]]
{| class="wikitable"
! colspan="2" |Daftar Status Job
|-
!Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan. 
|-
| Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti karena error atau di stop user.
|-
| colspan="2" |'''''Untuk melihat alasan job yang queue:'''''[[Berkas:Active Jobs detail.png|nir|jmpl|300x300px|''Buka pinned apps '''Active Jobs''' di homepage EFIRO. Ubah opsi All jobs ke '''Your Jobs'''. Klik simbol '''>''' untuk melihat status job yang pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer''']].'']]
|}
|-
!7
|-
|Lihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
*Atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|''Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.'']]
|-
!8
|-
|Untuk menghapus ruang job dan datanya:
*Pilih ruang job yang akan dihapus.
*Klik menu '''<code>Delete</code>'''
[[Berkas:JC delete menu.png|nirbing|500x500px]]
|}
=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: