ORCA

ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Modul ORCA

Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi	Nama modul	Modul DEFAULT	Dukungan hardware
			CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
4.2.1	orca/4.2.1-OMPI3.1.4	-	V	-	-	V
5.0.3	orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1	V	V	-	-	V

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Menjalankan ORCA

User dapat menjalankan ORCA dengan pilihan (klik judul di bawah ini):

EFIRO Job Composer

Dengan pilihan template yang tersedia:

Nama Template	Penjelasan
ORCA 4.2.1	Menjalankan ORCA versi 4.2.1
ORCA 5.0.3	Menjalankan ORCA versi 5.0.3

SLURM sbatch via Terminal

Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan ORCA. Perhatikan nama modul mengacu versi ORCA yang akan digunakan.

Contoh SLURM Submit Script ORCA

#!/bin/bash echo <<README ----- Template SLURM Submit Script Software  : ORCA Versi  : tergantung input user Update script c: 16/02/2023 NOTES: 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah. 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi ALELEON Supercomputer lihat: https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer 4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core. ----- README # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Alokasi jumlah compute node #SBATCH --nodes=//// # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file ORCA dengan format file-nya INPUT_FILE='////.inp' # Memuat modul software ORCA module load orca//// echo <<DAFTARMODUL ----- Daftar nama modul ORCA saat ini, pilih modul ORCA yang akan digunakan: ORCA 4.2.1 -> orca/4.2.1-OMPI3.1.4 ORCA 5.0.3 -> orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1 ----- DAFTARMODUL # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Menyimpan full PATH orca dengan which RUN_ORCA=$(which orca) # Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH) ${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE}