ORCA: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→SLURM sbatch via Terminal: formatting gagal, revert) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→SLURM sbatch via Terminal: update script untuk menghilangkan bug SLURM menghiraukan SBATCH) |
||
Baris 71: | Baris 71: | ||
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
# ------------------------------------------------------------------------ | |||
# | Template SLURM Submit Script | |||
Template SLURM Submit Script | # | Software : ORCA | ||
Software : ORCA | # | Versi : tergantung input user | ||
Versi : tergantung input user | # | Update script : 07/03/2023 | ||
Update script | # | | ||
# | NOTES: | |||
NOTES: | # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). | ||
1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). | # | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang | ||
2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang | # | sekiranya perlu diubah. | ||
# | | |||
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi | |||
3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi | # | ALELEON Supercomputer lihat: | ||
# | <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki> | |||
# | | |||
# | 4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU | |||
4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU | # | yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan | ||
# | parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core. | |||
# ------------------------------------------------------------------------ | |||
----- | |||
# -------------------------------------------------- | # -------------------------------------------------- | ||
Baris 119: | Baris 117: | ||
# Memuat modul software ORCA | # Memuat modul software ORCA | ||
module load orca//// | module load orca//// | ||
ORCA | # DAFTAR MODUL ORCA: | ||
# ---------------------------------------- | |||
----- | # | Nama modul | Versi ORCA | | ||
# ---------------------------------------- | |||
# | orca/4.2.1-OMPI3.1.4 | 4.2.1 | | |||
# | orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1 | 5.0.3 | | |||
# ---------------------------------------- | |||
# ------------------------------------------------- | # ------------------------------------------------- | ||
Baris 140: | Baris 136: | ||
# Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH) | # Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH) | ||
${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE} | ${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE} | ||
|- | |||
| | |||
|} | |} |
Revisi per 7 Maret 2023 07.53
ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.
Modul ORCA
Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
4.2.1 | orca/4.2.1-OMPI3.1.4 | - | V | - | - | V |
5.0.3 | orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1 | V | V | - | - | V |
Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:
!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:
! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:
! B3LYP 6-31(D) OPT %PAL NPROCS 32 END
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Menjalankan ORCA
User dapat menjalankan ORCA dengan pilihan (klik judul di bawah ini):
EFIRO Job Composer
Dengan pilihan template yang tersedia:
Nama Template | Penjelasan |
---|---|
ORCA 4.2.1 | Menjalankan ORCA versi 4.2.1 |
ORCA 5.0.3 | Menjalankan ORCA versi 5.0.3 |
SLURM sbatch via Terminal
Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan ORCA. Perhatikan nama modul mengacu versi ORCA yang akan digunakan.
Contoh SLURM Submit Script ORCA |
---|
#!/bin/bash # ------------------------------------------------------------------------ # | Template SLURM Submit Script # | Software : ORCA # | Versi : tergantung input user # | Update script : 07/03/2023 # | # | NOTES: # | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////). # | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang # | sekiranya perlu diubah. # | # | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi # | ALELEON Supercomputer lihat: # | https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer # | # | 4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU # | yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan # | parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core. # ------------------------------------------------------------------------ # -------------------------------------------------- # Alokasi komputasi, modul software, dan file input # -------------------------------------------------- # Alokasi jumlah compute node #SBATCH --nodes=//// # Alokasi jumlah core thread CPU #SBATCH --ntasks=//// # Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB) #SBATCH --mem=////GB # Alokasi limit waktu menjalankan job #SBATCH --time=//// # Definisi file untuk menampung output terminal #SBATCH --output=result-%j.txt # Definisi file untuk menampung output error log #SBATCH --error=error-%j.txt # Nama input file ORCA dengan format file-nya INPUT_FILE='////.inp' # Memuat modul software ORCA module load orca//// # DAFTAR MODUL ORCA: # ---------------------------------------- # | Nama modul | Versi ORCA | # ---------------------------------------- # | orca/4.2.1-OMPI3.1.4 | 4.2.1 | # | orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1 | 5.0.3 | # ---------------------------------------- # ------------------------------------------------- # RUN SCRIPT # ------------------------------------------------- # Menyimpan full PATH orca dengan which RUN_ORCA=$(which orca) # Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH) ${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE} |