ORCA: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(tes formatting tabel)
(→‎SLURM sbatch via Terminal: menambah detil format time)
(9 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 28: Baris 28:
|-
|-
|5.0.3
|5.0.3
|orca/5.0.3-OMPI4.1.1
|orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1
|V
|V
| -
| -
|V
|V
|
|
|
|
|}
|}
== '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' ==
== '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' ==
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''':
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''':


---
=== '''!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal''' ===
 
=== '''Maksimal 8 Core: !PAL''' ===
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:  
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:  
  ! B3LYP 6-31G(D) OPT '''PAL4'''
  ! B3LYP 6-31G(D) OPT '''PAL4'''
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.


---
=== '''%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU''' ===
 
=== '''Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS''' ===
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:  
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:  
  ! B3LYP 6-31(D) OPT  
  ! B3LYP 6-31(D) OPT  
Baris 53: Baris 49:
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.


== '''Menjalankan ORCA di Job Composer''' ==
== '''Menjalankan ORCA''' ==
User dapat menjalankan ORCA dengan pilihan cara menjalankan komputasi:
=== [[Menggunakan ALELEON Supercomputer via EFIRO#3A%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20Job%20Composer|EFIRO Job Composer]]===
Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template ORCA yang tersedia:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|'''1'''
!Nama Template
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
!Penjelasan
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]]
|-
|-
|'''2'''
|ORCA 4.2.1
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
|Menjalankan ORCA versi 4.2.1
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]]
|-
|-
|'''3'''
|ORCA 5.0.3
|
|Menjalankan ORCA versi 5.0.3
==='''Memilih Template ORCA'''===
|}
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template ORCA yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]]
===[[Menggunakan ALELEON Supercomputer via Terminal#3%20-%20Menjalankan%20Komputasi%20ke%20Compute%20Node%20via%20SLURM|SLURM sbatch via Terminal]]===
Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan ORCA. Perhatikan nama modul mengacu versi ORCA yang akan digunakan.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template ORCA
!Contoh SLURM Submit Script ORCA
! Nama Template
!Penjelasan
|-
|-
|ORCA 4.2.1
|
| Menjalankan ORCA versi 4.2.1
#!/bin/bash
# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : ORCA
# | Versi          : tergantung input user
# | Update script  r: 07/03/2023
# |
# | NOTES:
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi
# |    ALELEON Supercomputer lihat:
# |    <nowiki>https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer</nowiki>
# |
# | 4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU
# |    yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan
# |    parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core.
# ------------------------------------------------------------------------
# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------
# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////
# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////
# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB
# Alokasi limit waktu menjalankan job, format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////
# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt
# Definisi file untuk menampung output error log   
#SBATCH --error=error-%j.txt
# Nama input file ORCA dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'
# Memuat modul software ORCA
module load orca////
# DAFTAR MODUL ORCA:
# ----------------------------------------
# | Nama modul              | Versi ORCA |
# ----------------------------------------
# | orca/4.2.1-OMPI3.1.4    | 4.2.1     |
# | orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1  | 5.0.3      |
# ----------------------------------------
# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Menyimpan full PATH orca dengan which
RUN_ORCA=$(which orca)
# Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH)
${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE}
|}
|}
|-
| rowspan="2" |'''4'''
|
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
|-
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|'''5A'''
|
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]]


Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
== '''Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email''' ==
*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user '''untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai'''. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email '''Jojo''' untuk mengirim notifikasi email.
|-
| rowspan="2" |'''5B'''
|
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
|-
|
==='''Fitur MPI pada ORCA'''===
ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
**User dapat menjalankan ORCA hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
** Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|-
| rowspan="3" |'''6'''
|
==='''Menjalankan Job'''===
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
|-
#SBATCH --mail-user=<''alamat-email-user''>
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
#SBATCH --mail-type=begin
{| class="wikitable"
#SBATCH --mail-type=end
! Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan.
|-
|Running
|Job berjalan.
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|Completed
|Job selesai berjalan.
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|-
|
===Stop atau Cancel Job===
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.


[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
* '''mail-user'''
|-
** Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
|'''7A'''
* '''mail-type=begin'''
|
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
* '''mail-type=end'''
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]]
** Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
|-
** Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.
|'''7B'''
|
==='''Submit Ulang Job'''===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''. |}
|}

Revisi per 13 Maret 2023 07.51

Orca logo.png

ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Modul ORCA

Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

4.2.1 orca/4.2.1-OMPI3.1.4 - V - - V
5.0.3 orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1 V V - - V

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

!PAL untuk 8 Core CPU Maksimal

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU: 

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

%PAL NPROCS untuk lebih dari 8 Core CPU

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU: 

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Menjalankan ORCA

User dapat menjalankan ORCA dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

EFIRO Job Composer

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template ORCA yang tersedia:

Nama Template Penjelasan
ORCA 4.2.1 Menjalankan ORCA versi 4.2.1
ORCA 5.0.3 Menjalankan ORCA versi 5.0.3

SLURM sbatch via Terminal

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan ORCA. Perhatikan nama modul mengacu versi ORCA yang akan digunakan.

Contoh SLURM Submit Script ORCA 
#!/bin/bash

# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : ORCA
# | Versi           : tergantung input user
# | Update script  r: 07/03/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi 
# |    ALELEON Supercomputer lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer
# | 
# | 4. Perhatian: samakan jumlah SBATCH ntasks dengan jumlah core CPU
# |    yang didefinisikan pada input ORCA user apabila menggunakan
# |    parameter PAL atau NPROCS untuk dapat berjalan multi-core. 
# ------------------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job, format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file ORCA dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.inp'

# Memuat modul software ORCA
module load orca////

# DAFTAR MODUL ORCA: 
# ----------------------------------------
# | Nama modul               | Versi ORCA |
# ---------------------------------------- 
# | orca/4.2.1-OMPI3.1.4     | 4.2.1      |
# | orca/5.0.3-OpenMPI4.1.1  | 5.0.3      |
# ----------------------------------------

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------
 
# Menyimpan full PATH orca dengan which
RUN_ORCA=$(which orca)

# Perintah menjakankan ORCA (harus dengan full PATH)
${RUN_ORCA} ${INPUT_FILE}

Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.

Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM: 

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
  • mail-user
    • Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
  • mail-type=begin
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
  • mail-type=end
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
    • Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=ORCA&oldid=1040"