ORCA: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Versi yang Tersedia: menambahkan full PATH orca) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) |
||
Baris 40: | Baris 40: | ||
User dapat mengetahui PATH ORCA dengan perintah module load dan which: | User dapat mengetahui PATH ORCA dengan perintah module load dan which: | ||
[ | [nasigoreng@login ~]$ '''module load orca''' | ||
ORCA 4.2.1 - Open MPI 3.1.4 loaded | ORCA 4.2.1 - Open MPI 3.1.4 loaded | ||
----- | ----- | ||
[ | [nasigoreng@login ~]$ '''which orca''' | ||
'''/comp/orca/4.2.1-OMPI3.1.4/orca''' | '''/comp/orca/4.2.1-OMPI3.1.4/orca''' | ||
Sehingga sintaks untuk menjalankan ORCA menjadi: | Sehingga sintaks untuk menjalankan ORCA menjadi: |
Revisi per 14 Januari 2022 11.16
Software ORCA
ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.
Versi yang Tersedia
Versi | Nama Modul | Full PATH | Dukungan MPI | Dukungan Hardware | Partisi |
---|---|---|---|---|---|
4.2.1 | orca | /comp/orca/4.2.1-OMPI3.1.4/orca | Pure MPI | CPU, parallel multi-node | epyc |
Menjalankan ORCA Secara Paralel
ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:
Maksimal 8 Core: !PAL
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:
! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:
! B3LYP 6-31(D) OPT %PAL NPROCS 32 END
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Penulisan SLURM Script
Adapun persyaratan tambahan pada SLURM Script untuk menjalankan ORCA secara paralel adalah:
- Jumlah ntasks atau ntasks-per-node * nodes adalah sama dengan jumlah core CPU yang didefnisikan pada file input.
- Tidak menggunakan sintaks mpirun melainkan menggunakan full PATH ORCA.
User dapat mengetahui PATH ORCA dengan perintah module load dan which:
[nasigoreng@login ~]$ module load orca ORCA 4.2.1 - Open MPI 3.1.4 loaded ----- [nasigoreng@login ~]$ which orca /comp/orca/4.2.1-OMPI3.1.4/orca
Sehingga sintaks untuk menjalankan ORCA menjadi:
/comp/orca/4.2.1-OMPI3.1.4/orca <file-input>
Contoh SLURM Script
User harus menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan komputasi ORCA di Compute Node. User dapat menjalankan ORCA dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih kencang.
Satu Node CPU
Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.
#!/bin/bash #SBATCH --ntasks=64 # Contoh menggunakan 64 core CPU #SBATCH --mem=128GB # Contoh menggunakan RAM 128GB #SBATCH --time=10:00:00 # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam #SBATCH --output=result-%j.out # Output terminal program #SBATCH --error=result-%j.err # Output verbose program # Memuat modul orca module load orca # RUN COMMAND /comp/orca/4.2.1-OMPI3.1.4/orca <file_input>
Multi Node CPU
Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.
#!/bin/bash #SBATCH --nodes=2 # Contoh menggunakan 2 node ... #SBATCH --ntasks-per-node=128 # dengan 128 core per node. # Maka dari itu total menggunakan 256 core CPU #SBATCH --mem=128GB # Contoh menggunakan RAM 128GB per node #SBATCH --time=10:00:00 # Contoh menggunakan walltime maks 10 jam #SBATCH --output=result-%j.out # Output terminal program #SBATCH --error=result-%j.err # Output verbose program # Memuat modul orca module load orca # RUN COMMAND /comp/orca/4.2.1-OMPI3.1.4/orca <file_input>
Pelajari Lebih Lanjut
User dapat melihat laman SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas,