ORCA: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (Versi menghapus kolom nama template) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (menambah gambar dan paraphrasing) |
||
Baris 1: | Baris 1: | ||
[[Berkas:Orca logo.png|nirbing|350x350px]] | |||
[https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal '''ORCA'''] adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode ''electronic structure'' seperti ''density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories'', dll. | [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal '''ORCA'''] adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode ''electronic structure'' seperti ''density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories'', dll. | ||
Baris 60: | Baris 61: | ||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | ||
* User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' melalui menu '''Edit Files.''' | * User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input ORCA''' melalui menu '''Edit Files.''' | ||
* Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-orca.sh.''' | * Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-orca.sh.''' | ||
Baris 66: | Baris 67: | ||
=== 3A. Melengkapi Submit Script Template === | === 3A. Melengkapi Submit Script Template === | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | |||
* Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program ORCA dapat berjalan: | |||
[[Berkas: | **Parameter SBATCH. | ||
**Nama file input ORCA. | |||
*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH: | |||
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]] | |||
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]] | [[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]] | ||
--- | --- | ||
Baris 90: | Baris 91: | ||
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]] | [[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]] | ||
*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.''' | |||
Perhatikan kolom '''Status''' | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!Status | !Status | ||
!Arti | !Arti | ||
|- | |- | ||
|Not Submitted | |Not Submitted | ||
|Job belum pernah dijalankan | |Job belum pernah dijalankan. | ||
|- | |- | ||
| Running | |Running | ||
|Job berjalan | |Job berjalan. | ||
|- | |- | ||
| Queue | |Queue | ||
|Job mengantri dan belum berjalan | |Job mengantri dan belum berjalan. | ||
|- | |- | ||
|Completed | |Completed | ||
| Job selesai berjalan | |Job selesai berjalan. | ||
|- | |- | ||
|Failed | |Failed | ||
|Job berhenti di tengah | |Job berhenti di tengah jalan, | ||
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. | Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. | ||
|}Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit. | |} | ||
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. | |||
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit. | |||
--- | --- | ||
===5. Melihat hasil job yang selesai=== | ===5. Melihat hasil job yang selesai=== | ||
Baris 123: | Baris 123: | ||
===6. Submit ulang job=== | ===6. Submit ulang job=== | ||
User dapat '''menjalankan ulang | User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. |
Revisi per 21 Februari 2022 05.36
ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.
Versi yang Tersedia
Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
---|---|---|
4.2.1 | Pure MPI | CPU, multi-node |
Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:
---
Maksimal 8 Core: !PAL
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:
! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
---
Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:
! B3LYP 6-31(D) OPT %PAL NPROCS 32 END
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Menjalankan ORCA
User menjalankan ORCA pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
1. Memilih template ORCA
- Klik New Jobs > From Template.
- Pilih template ORCA yang dibutuhkan.
- isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
---
Nama Template | Penjelasan |
---|---|
ORCA 4.2.1 | Template standar ORCA versi 4.2.1 |
---
2. Mempersiapkan file input ORCA
- User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input ORCA melalui menu Edit Files.
- Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-orca.sh.
---
3A. Melengkapi Submit Script Template
- Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program ORCA dapat berjalan:
- Parameter SBATCH.
- Nama file input ORCA.
- Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
---
3B. Menjalankan ORCA Multi-Node (>128 core thread CPU)
ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
MPI ALELEON Supercomputer |
---|
---
4. Menjalankan Job
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.
- Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status | Arti |
---|---|
Not Submitted | Job belum pernah dijalankan. |
Running | Job berjalan. |
Queue | Job mengantri dan belum berjalan. |
Completed | Job selesai berjalan. |
Failed | Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. |
- User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
- Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
---
5. Melihat hasil job yang selesai
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
---
6. Submit ulang job
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.