ORCA: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(→‎3A. Melengkapi Submit Script Template: penjelasan MPI lebih singkat)
(mengubah penomoran)
Baris 38: Baris 38:


---
---
----
=== 1. Memilih template ORCA ===
=== 1. Memilih template ORCA ===


Baris 60: Baris 58:
|}
|}
---
---
----
=== 2. Mempersiapkan file input ORCA ===
=== 2. Mempersiapkan file input ORCA ===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
Baris 69: Baris 65:


---
---
----
=== 3. Melengkapi Submit Script Template ===
 
=== 3A. Melengkapi Submit Script Template ===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
* Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program ORCA dapat berjalan:
* Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program ORCA dapat berjalan:
Baris 82: Baris 76:


---
---
===3B. MPI pada ORCA===
===4. MPI pada ORCA===
ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
Baris 92: Baris 86:
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|}---
|}---
----
===5. Menjalankan Job===
 
===4. Menjalankan Job===
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.


Baris 122: Baris 114:
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
---
---
----
===6. Melihat hasil job yang selesai===
 
===5. Melihat hasil job yang selesai===
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''


Baris 130: Baris 120:


---
---
----
===7. Submit ulang job===
 
===6. Submit ulang job===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Revisi per 21 Februari 2022 11.31

Orca logo.png

ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
4.2.1 Pure MPI CPU, multi-node

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

---

Maksimal 8 Core: !PAL

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU: 

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

---

Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU: 

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Menjalankan ORCA

User menjalankan ORCA pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

---

1. Memilih template ORCA

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template ORCA yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Template ORCA yang tersedia
Nama Template Penjelasan
ORCA 4.2.1 Template standar ORCA versi 4.2.1

---

2. Mempersiapkan file input ORCA

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input ORCA melalui menu Edit Files.
  • Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-orca.sh.

---

3. Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program ORCA dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
    • Nama file input ORCA.
  • Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

4. MPI pada ORCA

ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan ORCA hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

---

5. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

6. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

7. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=ORCA&oldid=616"