ORCA: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(Intiial writing)
 
(mengisi semua heading)
Baris 3: Baris 3:


== '''Versi yang Tersedia''' ==
== '''Versi yang Tersedia''' ==
{| class="wikitable"
!Versi
!Nama Modul
!Dukungan Hardware
![[Partisi Aleleon Mk.II|Partisi]]
|-
|4.2.1
|orca
|CPU, parallel multi-node
|epyc
|}


== '''SLURM Submission Script''' ==
=='''Contoh SLURM Submission Script'''==
User harus menggunakan [[Scheduler SLURM Aleleon|Scheduler SLURM]] untuk menjalankan komputasi ORCA di Compute Node. User dapat menjalankan ORCA dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih.
 
=== Satu Node ===
Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.
#!/bin/bash
#SBATCH --ntasks=64
#SBATCH --mem=128GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.err
# MODULE
module load orca
# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
mpirun -np 64 --mca pml ucx --mca osc ucx orca <file_input>
 
=== Banyak Node ===
Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --mem=128GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.out
# MODULE
module load orca
# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
# Total proses MPI = ntasks per node X nodes
mpirun -np 128 --mca pml ucx --mca osc ucx orca <file_input>

Revisi per 5 April 2021 05.15

Software ORCA

ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Versi yang Tersedia

Versi Nama Modul Dukungan Hardware Partisi
4.2.1 orca CPU, parallel multi-node epyc

Contoh SLURM Submission Script

User harus menggunakan Scheduler SLURM untuk menjalankan komputasi ORCA di Compute Node. User dapat menjalankan ORCA dengan satu node atau paralel (lebih dari satu node) untuk performa lebih.

Satu Node

Contoh menggunakan 64 core CPU dan RAM 128GB.

#!/bin/bash

#SBATCH --ntasks=64
#SBATCH --mem=128GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.err

# MODULE
module load orca

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
mpirun -np 64 --mca pml ucx --mca osc ucx orca <file_input>

Banyak Node

Contoh menggunakan 2 node, masing-masing 64 core CPU dan RAM 128GB.

#!/bin/bash

#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --mem=128GB
#SBATCH --time=10:00:00
#SBATCH --output=result-%j.out
#SBATCH --error=result-%j.out

# MODULE
module load orca

# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
# Total proses MPI = ntasks per node X nodes
mpirun -np 128 --mca pml ucx --mca osc ucx orca <file_input>