ORCA: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (mengubah penomoran) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (menyesuaikan format penulisan baru) |
||
Baris 32: | Baris 32: | ||
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END. | Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END. | ||
== '''Menjalankan ORCA''' == | == '''Menjalankan ORCA di Job Composer''' == | ||
User menjalankan ORCA pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer | User menjalankan ORCA pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]] | [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]] | ||
== '''Memilih template ORCA''' == | |||
{| class="wikitable" | |||
== | |+Template ORCA yang tersedia | ||
!Nama Template | |||
!Penjelasan | |||
|- | |||
|ORCA 4.2.1 | |||
|Template standar ORCA versi 4.2.1 | |||
|} | |||
* Klik '''New Jobs > From Template.''' | * Klik '''New Jobs > From Template.''' | ||
* Pilih template ORCA yang dibutuhkan. | * Pilih template ORCA yang dibutuhkan. | ||
Baris 49: | Baris 54: | ||
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]] | [[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]] | ||
== '''Mempersiapkan file input ORCA''' == | |||
== | |||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | ||
* User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input ORCA''' melalui menu '''Edit Files.''' | * User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input ORCA''' melalui menu '''Edit Files.''' | ||
* Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-orca.sh.''' | * Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-orca.sh.''' | ||
== '''Melengkapi Submit Script Template''' == | |||
== | |||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | ||
* Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program ORCA dapat berjalan: | * Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program ORCA dapat berjalan: | ||
**Parameter SBATCH. | **Parameter SBATCH. | ||
**Nama file input ORCA. | **Nama file input ORCA. | ||
[[Berkas: | *Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script. | ||
[[Berkas:Save.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Save.png]] | |||
--- | --- | ||
=== | ===Panduan lengkap mengisi Submit Script=== | ||
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]] | |||
'''Note:''' Submit Script pada dasarnya adalah '''SLURM Script''' karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node. | |||
=='''Fitur MPI pada ORCA'''== | |||
ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: | ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
Baris 85: | Baris 82: | ||
**User dapat menjalankan ORCA hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | **User dapat menjalankan ORCA hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | ||
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | **Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | ||
|} | |} | ||
== | =='''Menjalankan Job'''== | ||
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''. | Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''. | ||
Baris 95: | Baris 92: | ||
!Arti | !Arti | ||
|- | |- | ||
|Not Submitted | | Not Submitted | ||
|Job belum pernah dijalankan. | |Job belum pernah dijalankan. | ||
|- | |- | ||
Baris 113: | Baris 110: | ||
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. | *User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. | ||
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit. | *Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit. | ||
=='''Melihat hasil job yang selesai'''== | |||
== | Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|'''Kolom Folder Contents melihat isi dari ruang direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.''']][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|'''atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | ||
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.''' | =='''Submit ulang job'''== | ||
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=| | |||
== | |||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. | User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. |
Revisi per 25 Februari 2022 11.11
ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.
Versi yang Tersedia
Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
---|---|---|
4.2.1 | Pure MPI | CPU, multi-node |
Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:
---
Maksimal 8 Core: !PAL
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:
! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
---
Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:
! B3LYP 6-31(D) OPT %PAL NPROCS 32 END
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Menjalankan ORCA di Job Composer
User menjalankan ORCA pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
Memilih template ORCA
Nama Template | Penjelasan |
---|---|
ORCA 4.2.1 | Template standar ORCA versi 4.2.1 |
- Klik New Jobs > From Template.
- Pilih template ORCA yang dibutuhkan.
- isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
---
Mempersiapkan file input ORCA
- User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input ORCA melalui menu Edit Files.
- Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-orca.sh.
Melengkapi Submit Script Template
- Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program ORCA dapat berjalan:
- Parameter SBATCH.
- Nama file input ORCA.
- Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.
---
Panduan lengkap mengisi Submit Script
Note: Submit Script pada dasarnya adalah SLURM Script karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.
Fitur MPI pada ORCA
ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
MPI ALELEON Supercomputer |
---|
|
Menjalankan Job
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.
- Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status | Arti |
---|---|
Not Submitted | Job belum pernah dijalankan. |
Running | Job berjalan. |
Queue | Job mengantri dan belum berjalan. |
Completed | Job selesai berjalan. |
Failed | Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. |
- User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
- Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
Melihat hasil job yang selesai
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
Submit ulang job
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.