ORCA: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (reformat) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (tes formatting tabel) |
||
Baris 3: | Baris 3: | ||
[https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal '''ORCA'''] adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode ''electronic structure'' seperti ''density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories'', dll. | [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal '''ORCA'''] adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode ''electronic structure'' seperti ''density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories'', dll. | ||
== ''' | == '''Modul ORCA''' == | ||
Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer: | |||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
!Versi | ! rowspan="2" |Versi | ||
!Dukungan MPI | ! rowspan="2" | Nama modul | ||
! rowspan="2" |Modul | |||
DEFAULT | |||
! colspan="4" |Dukungan hardware | |||
|- | |||
!CPU | |||
!GPU | |||
!OMP | |||
Threading | |||
! MPI | |||
multi-node | |||
|- | |- | ||
|4.2.1 | |4.2.1 | ||
| | |orca/4.2.1-OMPI3.1.4 | ||
| | | - | ||
| V | |||
| - | |||
| - | |||
|V | |||
|- | |||
|5.0.3 | |||
|orca/5.0.3-OMPI4.1.1 | |||
|V | |||
| | |||
| | |||
| | |||
| | |||
|} | |} | ||
== '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' == | == '''Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core''' == | ||
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''': | Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada '''''main-input''''' di '''file input''': | ||
Baris 36: | Baris 57: | ||
|'''1''' | |'''1''' | ||
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | |Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al= | [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=]] | ||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>''' | |Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>''' | ||
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px | [[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px]] | ||
|- | |- | ||
|'''3''' | |'''3''' | ||
| | | | ||
==='''Memilih Template ORCA'''=== | ==='''Memilih Template ORCA'''=== | ||
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template ORCA yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>. | [[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template ORCA yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.]] | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Template ORCA | |+Template ORCA | ||
Baris 58: | Baris 79: | ||
| | | | ||
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''=== | ==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''=== | ||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]] | ||
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | *Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | ||
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | **Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | ||
Baris 67: | Baris 88: | ||
| | | | ||
==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | ==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px | [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px]] | ||
Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). | ||
Baris 89: | Baris 110: | ||
Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''. | ||
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px | [[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]] | ||
|- | |- | ||
|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':''' | |Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':''' | ||
Baris 117: | Baris 138: | ||
Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''. | ||
[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px | [[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]] | ||
|- | |- | ||
|'''7A''' | |'''7A''' | ||
| | | | ||
==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | ==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | ||
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[ | Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.]] | ||
|- | |- | ||
|'''7B''' | |'''7B''' | ||
Baris 128: | Baris 149: | ||
==='''Submit Ulang Job'''=== | ==='''Submit Ulang Job'''=== | ||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''. |} | User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''. |} | ||
|} |
Revisi per 16 Februari 2023 08.16
ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.
Modul ORCA
Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
4.2.1 | orca/4.2.1-OMPI3.1.4 | - | V | - | - | V |
5.0.3 | orca/5.0.3-OMPI4.1.1 | V |
Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:
---
Maksimal 8 Core: !PAL
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:
! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
---
Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:
! B3LYP 6-31(D) OPT %PAL NPROCS 32 END
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Menjalankan ORCA di Job Composer
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||
3 |
Memilih Template ORCA
| |||||||||||
4 |
Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job
| |||||||||||
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB. | ||||||||||||
5A |
Melengkapi Submit Script TemplateMelalui
| |||||||||||
5B |
Panduan lengkap mengisi Submit Script: | |||||||||||
Fitur MPI pada ORCAORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| ||||||||||||
6 |
Menjalankan JobJalankan job dengan klik tombol | |||||||||||
Berikut penjelasan kolom Status , pantau dengan refresh halaman job:
| ||||||||||||
Stop atau Cancel JobUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | ||||||||||||
7A |
Melihat hasil job yang selesaiHasil output job dapat dilihat pada kolomFolder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||
7B |
Submit Ulang JobUser dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |