ORCA
ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.
Modul ORCA
Berikut adalah detail versi ORCA yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
Versi | Nama modul | Modul
DEFAULT |
Dukungan hardware | |||
---|---|---|---|---|---|---|
CPU | GPU | OMP
Threading |
MPI
multi-node | |||
4.2.1 | orca/4.2.1-OMPI3.1.4 | - | V | - | - | V |
5.0.3 | orca/5.0.3-OMPI4.1.1 | V |
Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core
Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:
---
Maksimal 8 Core: !PAL
Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:
! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4
Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.
---
Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS
Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:
! B3LYP 6-31(D) OPT %PAL NPROCS 32 END
Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.
Menjalankan ORCA di Job Composer
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||
3 |
Memilih Template ORCA
| |||||||||||
4 |
Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job
| |||||||||||
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB. | ||||||||||||
5A |
Melengkapi Submit Script TemplateMelalui
| |||||||||||
5B |
Panduan lengkap mengisi Submit Script: | |||||||||||
Fitur MPI pada ORCAORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| ||||||||||||
6 |
Menjalankan JobJalankan job dengan klik tombol | |||||||||||
Berikut penjelasan kolom Status , pantau dengan refresh halaman job:
| ||||||||||||
Stop atau Cancel JobUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | ||||||||||||
7A |
Melihat hasil job yang selesaiHasil output job dapat dilihat pada kolomFolder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||
7B |
Submit Ulang JobUser dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |