ORCA

Dari ALELEON by EFISON

Revisi sejak 17 Februari 2022 09.56 oleh WilsonLisan (bicara | kontrib) (Mengubah kolom template)

Software ORCA

ORCA adalah package ab-inito kimia kuantum yang menyediakan semua metode electronic structure seperti density functional theory, many-body perturbation and coupled cluster theories, dll.

Versi yang Tersedia

Versi Nama Template Dukungan MPI Dukungan Hardware
4.2.1 ORCA 4.2.1 Pure MPI CPU, multi-node

Input File ORCA untuk Berjalan Multi-Core

Secara default, ORCA berjalan hanya dengan satu core - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. ORCA dapat berjalan secara paralel (multi core CPU) dengan parameter tambahan pada main-input di file input:

---

Maksimal 8 Core: !PAL

Main-input !PAL berfungsi untuk menjalankan ORCA pada maksimal 8 core. Contoh main-input PAL untuk menjalankan ORCA dengan 4 core CPU:

! B3LYP 6-31G(D) OPT PAL4

Dimana angka 4 setelah PAL adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 8 core, ubah menjadi PAL8.

---

Lebih dari 8 Core: %PAL NPROCS

Opsi tambahan %PAL NPROCS berfungsi untuk menjalankan ORCA dengan lebih dari 8 core. Contoh main-input %PAL NPROCS menjalankan ORCA dengan 32 core CPU:

! B3LYP 6-31(D) OPT 
%PAL NPROCS 32 END

Dimana angka 32 setelah NPROCS adalah jumlah core CPU yang digunakan. Contoh lainnya, apabila ingin menggunakan 64 core, ubah menjadi %PAL NPROCS 64 END.

Menjalankan ORCA

User menjalankan ORCA di Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

1. Memilih template ORCA

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template ORCA yang dibutuhkan,
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Template ORCA yang tersedia
Nama Template Penjelasan
ORCA 4.2.1 Template standar ORCA versi 4.2.1

---

2. Mempersiapkan file input ORCA

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan manajemen file seperti upload input file, editing input file, rename, dll melalui menu Edit Files.
  • Upload file input dan taruh pada direktori yang sama dengan file slurm-orca.sh.

---

3A. Melengkapi Submit Script Template

Submit Script adalah set perintah untuk menjalankan program user ke Compute Node melalui manajemen SLURM. User perlu melengkapi script template supaya program ORCA dapat berjalan melalui menu Open Editor.

  • User dapat memahami script dan mengikuti instruksi melalui penjelasan di deretan comment script template.
  • Panduan lengkap untuk mengisi Submit Script dengan benar pada ALELEON Supercomputer:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

3B. Menjalankan ORCA Multi-Node (>128 core thread CPU)

ORCA menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:

MPI ALELEON Supercomputer

---

4. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

Perhatikan kolom Status pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:

Status jalannya Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan
Running Job berjalan
Queue Job mengantri dan belum berjalan
Completed Job selesai berjalan
Failed Job berhenti di tengah berjalan.

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

5. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

6. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang job pada ruang job yang sama (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.