Optimasi Performa ALELEON Supercomputer: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(memindahkan optimasi performa dari halaman SLURM kesini)
(menambah link section per halaman)
 
(11 revisi perantara oleh pengguna yang sama tidak ditampilkan)
Baris 1: Baris 1:
Halaman ini memandu user dalam basis mengalokasikan resources komputasi (node, CPU, RAM, GPU) secara benar berdasarkan hardware yang digunakan oleh ALELEON Supercomputer.
Halaman ini memandu user dalam basis menjalankan berbagai skenario komputasi dengan menyesuaikan arsitektur ALELEON Supercomputer untuk menghasilkan performa dan efisiensi maksimal. Hal ini termasuk aturan penulisan perintah dan konfigurasi tambahan di SLURM Script untuk skenario komputasi tertentu.


== '''Dasar Memilih Jumlah Node, Core CPU, dan RAM''' ==
== '''[[MPI ALELEON Supercomputer|Menjalankan MPI di ALELEON Supercomputer]]''' ==
Berikut adalah beberapa dasar untuk mengalokasikan jumlah node, core thread CPU, dan RAM di ALELEON Supercomputer.


=== Menentukan Jumlah Node: Program MPI vs Non-MPI ===
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#Modul_OpenMPI Memuat modul MPI yang telah dioptimasi.]
Terdapat dua kategori besar pada program komputasi yang dijalankan pada superkomputer yaitu program MPI dan non-MPI:
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#Menulis_Perintah_OpenMPI_di_ALELEON_Supercomputer Menjalankan MPI dengan protokol UCX untuk performa dan optimasi maksimal.]
*Program MPI adalah program yang ditulis berdasarkan pemodelan MPI (Message Parallel Interface) di mana '''dapat berjalan secara paralel atau lebih dari satu node (multi-node)'''. Berjalan multi-node artinya dapat memanfaatkan lebih dari 128 core thread CPU pada ALELEON Supercomputer.
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#Bagaimana_SLURM_ALELEON_Membagi_Core_Fisik_dan_Thread Menjelaskan bagaimana SLURM menyebar proses MPI pada core fisik dan thread CPU.]
*Program non-MPI adalah program yang tidak ditulis dengan pemodelan MPI atau paralel sehingga '''hanya dapat berjalan pada 1 node.'''
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node Menjalankan program MPI pada satu node vs multi-node.]
{| class="wikitable"
!Jenis Program
!Jumlah Node
|-
|Non-MPI
|1
|-
|MPI atau paralel
|1 atau lebih
|}
Apabila user menjalankan program komputasi yang tersedia di ALELEON Supercomputer, user dapat mengetahui bahwa program tersebut adalah MPI atau tidak dengan memperhatikan kolom "Dukungan MPI" di [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer#Daftar_Software_Komputasi_.28Global.29 '''tabel daftar software komputasi ALELEON Supercomputer''']


---
== '''[[Threading di ALELEON Supercomputer|Komputasi Threading di ALELEON Supercomputer]]''' ==


===Jumlah Core Thread CPU: Kelipatan 4===
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Threading_di_ALELEON_Supercomputer#SLURM_SBATCH_cpus-per-task Mengalokasikan threading pada SLURM.]
Berdasarkan arsiktektur CPU AMD yang digunakan oleh ALELEON Supercomputer, user direkomendasikan untuk memilih jumlah core thread CPU (ntasks) berdasarkan kelipatan 4, dimulai dari 1,2,4, kemudian naik kelipatan 4 menjadi 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36, 40, dan seterusnya.  
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Threading_di_ALELEON_Supercomputer#Menjalankan_Program_Pure_OMP Menjalankan program pure OMP.]
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Threading_di_ALELEON_Supercomputer#Menjalankan_Program_Paralelisasi_BLAS Menjalankan program dengan paralelisasi BLAS (AMD BLIS, OpenBLAS, MKL).]
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Threading_di_ALELEON_Supercomputer#Mejalankan_Program_Hybrid_MPI.2FOMP_atau_MPI.2FBLAS Menjalankan program Hybrid MPI.]


---
== '''[[Compiler AMD ALELEON Supercomputer|Optimasi Compiler AMD]]''' ==
===Semakin Besar Jumlah Core CPU = Komputasi Semakin Cepat?===
Bisa iya bisa tidak. Besar jumlah core CPU yang dibutuhkan bergantung pada:
*'''Apabila menjalankan program CPU:''' bergantung pada '''besarnya skala input komputasi user'''. Admin ALELEON Supercomputer sepenuhnya menyerahkan tanggung jawab kepada user untuk mengetahui sendiri apakah input komputasi yang dijalankan adalah skala kecil atau besar.
**Input komputasi skala kecil cukup membutuhkan jumlah core kecil (rekomendasi dibawah 16) dan bisa jadi lambat apabila dijalankan dengan jumlah core besar.
**Input komputasi skala besar dapat menggunakan jumlah core CPU yang besar seperti 32, 64, 128, atau diatasnya.
*'''Apabila menjalankan program GPU:''' kebanyakan membutuhkan jumlah core kecil karena pada dasarnya semua komputasi dikerjakan oleh GPU. Cukup jarang ada program GPU yang membutuhkan jumlah core CPU besar.
---


===Memperkirakan Kapasitas RAM yang Digunakan===
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Compiler_AMD_ALELEON_Supercomputer#Melakukan_Compiling_di_ALELEON_Supercomputer Cara melakukan compiling di ALELEON Supercomputer.]
Apakah program user membutuhkan banyak RAM atau tidak? Tidak ada aturan baku untuk mengetahui hal ini karena bergantung dengan jenis software dan besarnya skala input yang dijalankan user. Admin EFISON dapat memberikan saran '''untuk menggunakan jumlah RAM 1GB per ntasks sebagai basis'''. Contoh:
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Compiler_AMD_ALELEON_Supercomputer#GCC_untuk_AMD Menggunakan GCC dengan optimasi AMD.]
*ntasks=8, alokasikan mem 8GB.
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Compiler_AMD_ALELEON_Supercomputer#AMD_Optimizing_CPU_Libraries_.28AOCL.29 Menggunakan AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL).]
*ntasks=32, alokasikan mem 32GB.
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Compiler_AMD_ALELEON_Supercomputer#Intel_MKL_di_AMD Menggunakan Math Kernel Library.]
User dapat menggunakan kapasitas RAM yang lebih besar (contoh 2GB atau 4GB per ntasks) apabila user mengetahui bahwa program yang dijalankan membutuhkan kapasitas RAM besar atau program gagal berjalan dengan alokasi RAM 1GB per ntasks.
 
== '''Menjalankan Program non-MPI: multi-core atau cuma 1 core?''' ==
Terdapat beberapa hal yang perlu diperhatikan oleh user ketika menjalanan program non-MPI:
*Program komputasi non-MPI dapat berjalan secara multi-core (lebih dari 1 core) atau hanya bisa berjalan dengan 1 core tergantung oleh jenis software dan pemrogramannya.
*Program komputasi non-MPI yang hanya berjalan 1 core sering terjadi pada program yang ditulis sendiri oleh user atau framework komputasi yang menggunakan standar pemrograman serial.
*Bagi user yang tidak ingin programnya berjalan di ALELEON Supercomputer hanya dengan 1 core, Admin EFISON menyarankan untuk menguji terlebih dahulu dengan menjalankannya pada perangkat komputer pribadi dan lihat status penggunaan CPU-nya.
**User dapat mengganti coding apabila terjadi pada program yang ditulis sendiri.
**Apabila menggunakan software komputasi maka user harus mencari alternatif software yang dapat berjalan multi-core.
 
== '''Menjalankan Program MPI: Optimasi mpirun dan nodes - ntasks''' ==
 
== '''Paralelisasi Thread per Core (cpus-per-tasks)''' ==

Revisi terkini sejak 10 Februari 2022 09.25

Halaman ini memandu user dalam basis menjalankan berbagai skenario komputasi dengan menyesuaikan arsitektur ALELEON Supercomputer untuk menghasilkan performa dan efisiensi maksimal. Hal ini termasuk aturan penulisan perintah dan konfigurasi tambahan di SLURM Script untuk skenario komputasi tertentu.

Menjalankan MPI di ALELEON Supercomputer

Komputasi Threading di ALELEON Supercomputer

Optimasi Compiler AMD

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Optimasi_Performa_ALELEON_Supercomputer&oldid=523"