PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(menambah section FTP)
(paraphrasing bagian MPI dan mengganti penomoran)
Baris 1: Baris 1:
=='''Deskripsi'''==
'''[https://azuma.nims.go.jp/ PHASE/0]''' adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.
'''[https://azuma.nims.go.jp/ PHASE/0]''' adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.
=='''Versi yang Tersedia'''==
=='''Versi yang Tersedia'''==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
!Versi
!Nama Template
!Dukungan MPI
!Dukungan MPI
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
|-
|-
|2020.01
|2020.01
|PHASE/0 2020.01
|Pure MPI
|Pure MPI
|CPU, multi-node
|CPU, multi-node
Baris 18: Baris 15:


[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
---
===1. Memilih template PHASE/0===
===1. Memilih template PHASE/0===
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
Baris 41: Baris 40:
*Taruh file input pada direktori yang sama dengan file '''slurm-phase.sh.'''
*Taruh file input pada direktori yang sama dengan file '''slurm-phase.sh.'''
---
---
===3A. Melengkapi Submit Script Template===
===3. Melengkapi Submit Script Template===
Submit Script adalah set perintah untuk menjalankan program user ke Compute Node melalui '''manajemen SLURM'''. User perlu melengkapi script template supaya program PHASE/0 dapat berjalan melalui menu '''Open Editor.'''
 
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program PHASE/0 dapat berjalan:
** Parameter SBATCH.
*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]


[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
*User dapat memahami script dan mengikuti instruksi melalui penjelasan di deretan comment script template.
*Panduan lengkap untuk mengisi Submit Script dengan benar pada ALELEON Supercomputer:
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]


---
---
===3B. Menjalankan PHASE/0 Multi-Node (>128 core thread CPU)===
===4. MPI pada PHASE/0===
PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
![[MPI ALELEON Supercomputer]]
![[MPI ALELEON Supercomputer]]
Baris 59: Baris 57:
|
|
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
**User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|}---
|}---
===4. Menjalankan Job===
===5. Menjalankan Job===
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.


Baris 89: Baris 89:


---
---
===5. Melihat hasil job yang selesai===
===6. Melihat hasil job yang selesai===
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''


Baris 95: Baris 95:


---
---
===6. Submit ulang job===
===7. Submit ulang job===
User dapat '''menjalankan ulang job pada ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.
User dapat '''menjalankan ulang job pada ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Revisi per 21 Februari 2022 11.57

PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
2020.01 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan PHASE/0

User menjalankan PHASE/0 pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

---

1. Memilih template PHASE/0

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Template PHASE/0 yang tersedia
Nama Template Penjelasan
PHASE/0 2020.01 Template standar PHASE/0 versi 2020.01

---

2. Mempersiapkan file input PHASE/0

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input melalui menu Edit Files.
  • Fitur upload di halaman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
  • Taruh file input pada direktori yang sama dengan file slurm-phase.sh.

---

3. Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program PHASE/0 dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH.
  • Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

4. MPI pada PHASE/0

PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

---

5. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

Perhatikan kolom Status pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:

Status jalannya Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan
Running Job berjalan
Queue Job mengantri dan belum berjalan
Completed Job selesai berjalan
Failed Job berhenti di tengah berjalan.

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

6. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

7. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang job pada ruang job yang sama (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=PHASE/0&oldid=623"