PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Revisi per 25 Februari 2022 11.16

PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.

Versi yang Tersedia

Versi	Dukungan MPI	Dukungan Hardware
2020.01	Pure MPI	CPU, multi-node

Menjalankan PHASE/0 di Job Composer

User menjalankan PHASE/0 pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Memilih template PHASE/0

Template PHASE/0 yang tersedia
Nama Template	Penjelasan
PHASE/0 2020.01	Template standar PHASE/0 versi 2020.01

Template PHASE/0 adalah set environment untuk menjalankan software PHASE/0.

Klik New Jobs > From Template.
Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.
isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Mempersiapkan file input PHASE/0

User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input PHASE/0 melalui menu Edit Files.
Taruh input file pada direktori yang sama dengan file slurm-phase.sh.

Melengkapi Submit Script Template

Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program PHASE/0 dapat berjalan:
- Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.

---

Panduan lengkap mengisi Submit Script

Note: Submit Script pada dasarnya adalah SLURM Script karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.

Fitur MPI pada PHASE/0

PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
MPI Satu Node vs Multi Node User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.

Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti di tengah jalan, Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

Kolom Folder Contents melihat isi dari ruang direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.

atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.

Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

@@ Baris 13: / Baris 13: @@
 |}
-== '''Menjalankan PHASE/0''' ==
+== '''Menjalankan PHASE/0 di Job Composer''' ==
 User menjalankan PHASE/0 pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
 [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
+=='''Memilih template PHASE/0'''==
-=== Memilih Template PHASE/0 ===
+{| class="wikitable"
-{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+|+Template PHASE/0 yang tersedia
-!
+! Nama Template
+!Penjelasan
 |-
-|
+|PHASE/0 2020.01
+|Template standar PHASE/0 versi 2020.01
+|}Template PHASE/0 adalah set environment untuk menjalankan software PHASE/0.
 *Klik '''New Jobs > From Template.'''
 *Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.
 *isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
-[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px]][[Berkas:Jcselecttemplate3.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px]]
+[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
-|}
+---
-{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
-!Daftar Template PHASE/0
-|-
-|'''PHASE/0 2020.01'''
-* Template standar PHASE/0 versi 2020.01
-|}
-=== Mempersiapkan File Input PHASE/0 ===
+[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
-{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+=='''Mempersiapkan file input PHASE/0'''==
-!
+[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
-|-
+*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' '''PHASE/0''' melalui menu '''Edit Files.'''
-|[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
+*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-phase.sh.'''
+=='''Melengkapi Submit Script Template'''==
+[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
+* Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program PHASE/0 dapat berjalan:
+**Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
+*Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.
+[[Berkas:Save.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Save.png]]
-*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' melalui menu '''Edit Files.'''
+---
-*Fitur upload di halaman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
+===Panduan lengkap mengisi Submit Script ===
-*Taruh file input pada direktori yang sama dengan file '''slurm-phase.sh.'''
-|}
-===Melengkapi Submit Script Template===
-[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
-*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program PHASE/0 dapat berjalan:
-** Parameter SBATCH.
-*Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
 [[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
-[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
+'''Note:''' Submit Script pada dasarnya adalah '''SLURM Script''' karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.
-===MPI pada PHASE/0===
+=='''Fitur MPI pada PHASE/0'''==
 PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
 {| class="wikitable"
@@ Baris 64: / Baris 60: @@
 **Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
 |}
-===Menjalankan Job===
+=='''Menjalankan Job'''==
-{| class="wikitable sortable mw-collapsible mw-collapsed"
+Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
-!
-|-
-|Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
 [[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
+*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
-* Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
 {| class="wikitable"
-|+Status jalannya Job
 !Status
 !Arti
 |-
 |Not Submitted
-|Job belum pernah dijalankan
+|Job belum pernah dijalankan.
 |-
 |Running
-|Job berjalan
+|Job berjalan.
 |-
 |Queue
-|Job mengantri dan belum berjalan
+| Job mengantri dan belum berjalan.
 |-
 |Completed
-|Job selesai berjalan
+|Job selesai berjalan.
 |-
 |Failed
-|Job berhenti di tengah berjalan.
+|Job berhenti di tengah jalan,
 Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
 |}
+*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
-* User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
+*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
-* Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
+=='''Melihat hasil job yang selesai'''==
-|}
+Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|'''Kolom Folder Contents melihat isi dari ruang direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.''']][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|'''atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
+=='''Submit ulang job'''==
-===Melihat hasil job yang selesai===
+User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
-{| class="wikitable sortable mw-collapsible mw-collapsed"
-!
-|-
-|
-* Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
-[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|'''Kolom Folder Contents memperlihatkan isi dari direktori ruang job tersebut.''']]
-|-
-|Tips:
-* Apabila job tidak berjalan dengan semestinya (contoh tidak ada output atau menghasilkan output error), lakukan troubleshooting dengan membaca output yang didefinisikan pada SBATCH error.
-|}
-===Submit ulang job===
-{| class="wikitable sortable mw-collapsible mw-collapsed"
-!
-|-
-|
-* User dapat '''menjalankan ulang job pada ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.
-* Job akan mencetak output di folder yang sama.
-|}

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas