PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(reformat)
Baris 14: Baris 14:


== '''Menjalankan PHASE/0 di Job Composer''' ==
== '''Menjalankan PHASE/0 di Job Composer''' ==
User menjalankan PHASE/0 pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
{| class="wikitable"
|'''1'''
|Buka menu '''Jobs > Jobs Composer'''


[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
=='''Memilih template PHASE/0'''==
|-
|'''2'''
|Pilih '''New Jobs > From Template'''
 
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
|-
|'''3'''
|
== '''Memilih Template PHASE/0''' ==
Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template PHASE/0 yang tersedia
|+Template PHASE/0 yang tersedia
Baris 24: Baris 35:
|-
|-
|PHASE/0 2020.01
|PHASE/0 2020.01
|Template standar PHASE/0 versi 2020.01
|Menjalankan PHASE/0 versi 2020.01
|}Template PHASE/0 adalah set environment untuk menjalankan software PHASE/0.
|}[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Memilih template, mengisi Job Name, dan  klik Create New Job|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
|-
*Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.
|'''4'''
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
|
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
== '''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job''' ==
 
---
 
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
=='''Mempersiapkan file input PHASE/0'''==
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' '''PHASE/0''' melalui menu '''Edit Files.'''
*Gunakan menu '''Edit Files''' untuk upload file yang dibutuhkan untuk menjalankan job PHASE/0 user'''.'''
*Fitur upload di halaman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
*Taruh input file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-phase.sh.'''
*Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
=='''Melengkapi Submit Script Template'''==
*Taruh file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-...sh.'''
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
|-
* Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program PHASE/0 dapat berjalan:
|'''5'''
|
== '''Melengkapi Submit Script Template''' ==
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan:
**Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
**Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
*Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.
*Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.
Baris 47: Baris 57:


---
---
===Panduan lengkap mengisi Submit Script ===
===Panduan lengkap mengisi Submit Script:===
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]


'''Note:''' Submit Script pada dasarnya adalah '''SLURM Script''' karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.
---
=='''Fitur MPI pada PHASE/0'''==
==='''Fitur MPI pada PHASE/0'''===
PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
Baris 58: Baris 68:
|
|
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
**User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
**User dapat menjalankan RMPI hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|}
|}
|-
|'''6'''
|
=='''Menjalankan Job'''==
=='''Menjalankan Job'''==
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
Apabila file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap, jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
Baris 77: Baris 90:
|-
|-
|Queue
|Queue
| Job mengantri dan belum berjalan.
|Job mengantri dan belum berjalan.
|-
|-
|Completed
|Completed
Baris 88: Baris 101:
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
|-
|'''7'''
|
=='''Melihat hasil job yang selesai'''==
=='''Melihat hasil job yang selesai'''==
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|'''Kolom Folder Contents melihat isi dari ruang direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.''']][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|'''atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.'''|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom Folder Contents melihat isi direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]---
=='''Submit ulang job'''==
 
=== Submit Ulang Job ===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
|}

Revisi per 25 Maret 2022 06.12

Phase-logo4.png

PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
2020.01 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan PHASE/0 di Job Composer

1 Buka menu Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3

Memilih Template PHASE/0

Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

Template PHASE/0 yang tersedia
Nama Template Penjelasan
PHASE/0 2020.01 Menjalankan PHASE/0 versi 2020.01
Memilih template, mengisi Job Name, dan klik Create New Job
4

Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan untuk menjalankan job PHASE/0 user.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
  • Taruh file pada direktori yang sama dengan file slurm-...sh.
5

Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
  • Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.

Save.png

---

Panduan lengkap mengisi Submit Script:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

Fitur MPI pada PHASE/0

PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan RMPI hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.
6

Menjalankan Job

Apabila file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap, jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

  • User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
  • Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
7

Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
Kolom Folder Contents melihat isi direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.
atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.
---

Submit Ulang Job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.