PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(reformat)
Baris 28: Baris 28:
|
|
==='''Memilih Template PHASE/0'''===
==='''Memilih Template PHASE/0'''===
Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. Isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template PHASE/0 yang tersedia
|+Template PHASE/0 yang tersedia
Baris 68: Baris 68:
|
|
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
**User dapat menjalankan RMPI hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
**User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|}
|}
Baris 76: Baris 76:
==='''Menjalankan Job'''===
==='''Menjalankan Job'''===
Apabila file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap, jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
Apabila file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap, jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
* Dan ketika ingin menghentikan job, klik '''Stop.'''


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
*Perhatikan status jalannya job pada kolom '''Status.'''
 
---
 
Penjelasan kolom '''Status,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Status
!Status
Baris 99: Baris 104:
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}
|}
*User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
|-
|-
|'''7'''
|'''7'''
|
|
=== '''Melihat hasil job yang selesai''' ===
=== '''Melihat hasil job yang selesai''' ===
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom Folder Contents melihat isi direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]---
User dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''Folder Contents'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''Edit Files'''. |pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]---


=== Submit Ulang Job ===
=== Submit Ulang Job ===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol Submit'''.
|}
|}

Revisi per 25 Maret 2022 06.23

Phase-logo4.png

PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
2020.01 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan PHASE/0 di Job Composer

1 Buka menu Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3

Memilih Template PHASE/0

Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. Isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

Template PHASE/0 yang tersedia
Nama Template Penjelasan
PHASE/0 2020.01 Menjalankan PHASE/0 versi 2020.01
Memilih template, mengisi Job Name, dan klik Create New Job
4

Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan untuk menjalankan job PHASE/0 user.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
  • Taruh file pada direktori yang sama dengan file slurm-...sh.
5

Melengkapi Submit Script Template

  • Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan:
    • Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
  • Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.

Save.png

---

Panduan lengkap mengisi Submit Script:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

Fitur MPI pada PHASE/0

PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.
6

Menjalankan Job

Apabila file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap, jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Dan ketika ingin menghentikan job, klik Stop.

---

Penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:

Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

7

Melihat hasil job yang selesai

User dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
---

Submit Ulang Job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=PHASE/0&oldid=817"