PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(reformat)
Baris 15: Baris 15:
== '''Menjalankan PHASE/0 di Job Composer''' ==
== '''Menjalankan PHASE/0 di Job Composer''' ==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|'''1'''
| rowspan="2" |'''1'''
|Buka menu '''Jobs > Jobs Composer'''
|Buka menu '''Jobs > Jobs Composer'''


[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
|-
|-
|'''2'''
|Pilih '''New Jobs > From Template'''
|Pilih '''New Jobs > From Template'''


[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
|-
|-
|'''3'''
|'''2'''
|
|
==='''Memilih Template PHASE/0'''===
==='''Memilih Template PHASE/0'''===
Baris 38: Baris 37:
|}[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Memilih template, mengisi Job Name, dan  klik Create New Job|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
|}[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Memilih template, mengisi Job Name, dan  klik Create New Job|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
|-
|-
|'''4'''
|'''3'''
|
|
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
Baris 45: Baris 44:
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
*Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
*Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
*Taruh file pada direktori yang sama dengan file '''slurm-...sh.'''
*Taruh file input pada direktori yang sama dengan file '''slurm-...sh.'''
|-
|-
|'''5'''
| rowspan="3" |'''4'''
|
|
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan:
**Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
*Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.
[[Berkas:Save.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Save.png]]


Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan:
*Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
---
---
==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
 
'''Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.'''
 
[[Berkas:Save.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Save.png]]
|-
|
=== '''Panduan lengkap mengisi Submit Script:''' ===
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
 
|-
---
|
==='''Fitur MPI pada PHASE/0'''===
=== '''Fitur MPI pada PHASE/0''' ===
PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
Baris 72: Baris 75:
|}
|}
|-
|-
|'''6'''
| rowspan="2" |'''5'''
|
|
==='''Menjalankan Job'''===
==='''Menjalankan Job'''===
Baris 80: Baris 83:


[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
 
|-
---
|Penjelasan kolom '''Status,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
 
Penjelasan kolom '''Status,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Status
!Status
Baris 105: Baris 106:
|}
|}
|-
|-
|'''7'''
| rowspan="2" |'''6'''
|
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
User dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''Folder Contents'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''Edit Files'''. |pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
|-
|
|
=== '''Melihat hasil job yang selesai''' ===
User dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''Folder Contents'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''Edit Files'''. |pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]---
=== Submit Ulang Job ===
=== Submit Ulang Job ===
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol Submit'''.
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol Submit'''.
|}
|}

Revisi per 25 Maret 2022 06.35

Phase-logo4.png

PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
2020.01 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan PHASE/0 di Job Composer

1 Buka menu Jobs > Jobs Composer

Pilih New Jobs > From Template

2

Memilih Template PHASE/0

Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. Isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

Template PHASE/0 yang tersedia
Nama Template Penjelasan
PHASE/0 2020.01 Menjalankan PHASE/0 versi 2020.01
Memilih template, mengisi Job Name, dan klik Create New Job
3

Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan untuk menjalankan job PHASE/0 user.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
  • Taruh file input pada direktori yang sama dengan file slurm-...sh.
4

Melengkapi Submit Script Template

Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan:

  • Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.

---

Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.

Save.png

Panduan lengkap mengisi Submit Script:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

Fitur MPI pada PHASE/0

PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.
5

Menjalankan Job

Apabila file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap, jalankan job dengan menekan tombol Submit.

  • Dan ketika ingin menghentikan job, klik Stop.

Penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

6

Melihat hasil job yang selesai

User dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.

Submit Ulang Job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=PHASE/0&oldid=819"