PHASE/0: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
Baris 15: Baris 15:
== '''Menjalankan PHASE/0 di Job Composer''' ==
== '''Menjalankan PHASE/0 di Job Composer''' ==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
| rowspan="2" |'''1'''
|'''1'''
|Buka menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''


[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
|-
|-
|'''2'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''


[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
|-
|-
| colspan="2" |
|'''3'''
=== '''Memilih Template PHASE/0''' ===
|-
|'''2'''
|
|
* Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan.  
=== Memilih Template PHASE/0 ===
* Isi '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user kemudian klik '''<code>Create New Job</code>'''.
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>. |pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
 
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+Template PHASE/0
|+Template PHASE/0
Baris 39: Baris 36:
|PHASE/0 2020.01
|PHASE/0 2020.01
|Menjalankan PHASE/0 versi 2020.01
|Menjalankan PHASE/0 versi 2020.01
|}[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Memilih template, mengisi Job Name, dan  klik Create New Job|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
|}
|-
|-
| colspan="2" |
| rowspan="2" |'''4'''
=== '''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job''' ===
|-
| rowspan="2" |'''3'''
|
|
=== Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job ===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
Baris 53: Baris 48:
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
|-
|-
| rowspan="4" |'''4'''
| rowspan="3" |'''5'''
|
|
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]


Melalui menu '''Open Editor''', lengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan:
Melalui menu '''Open Editor''', lengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan:
*Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
*Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
|-
*'''''Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.'''''
|'''''Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.'''''  
|-
|-
|
|
Baris 75: Baris 69:
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
|-
|-
| rowspan="2" |'''5'''
| rowspan="2" |'''6'''
|
|
==='''Menjalankan Job'''===
==='''Menjalankan Job'''===
Baris 106: Baris 100:
|}
|}
|-
|-
| rowspan="2" |'''6'''
| rowspan="2" |'''7'''
|
|
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
==='''Melihat hasil job yang selesai'''===

Revisi per 25 Maret 2022 09.23

Phase-logo4.png

PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
2020.01 Pure MPI CPU, multi-node

Menjalankan PHASE/0 di Job Composer

1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3

Memilih Template PHASE/0

Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template PHASE/0
Nama Template Penjelasan
PHASE/0 2020.01 Menjalankan PHASE/0 versi 2020.01
4

Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job

Jcjoboption3.png

  • Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.
    • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
  • Taruh file input pada direktori yang sama dengan file slurm-...sh.
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5

Melengkapi Submit Script Template

Melalui menu Open Editor, lengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan:

  • Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
  • Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.

Panduan lengkap mengisi Submit Script:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

Fitur MPI pada PHASE/0

PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

  • MPI Satu Node vs Multi Node
    • User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
    • Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.
6

Menjalankan Job

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

  • Dan ketika ingin menghentikan job, klik Stop.

Penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan,

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

7

Melihat hasil job yang selesai

Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.

Submit Ulang Job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=PHASE/0&oldid=821"