PHASE/0: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
WilsonLisan (bicara | kontrib) (reformat) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Menjalankan PHASE/0 di Job Composer: reformat) |
||
Baris 16: | Baris 16: | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
| rowspan="2" |'''1''' | | rowspan="2" |'''1''' | ||
|Buka menu '''Jobs > Jobs Composer''' | |Buka menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''' | ||
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]] | [[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]] | ||
|- | |- | ||
|Pilih '''New Jobs > From Template''' | |Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>''' | ||
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]] | [[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]] | ||
|- | |||
| colspan="2" | | |||
=== '''Memilih Template PHASE/0''' === | |||
|- | |- | ||
|'''2''' | |'''2''' | ||
| | | | ||
* Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. | |||
Pilih template PHASE/0 yang dibutuhkan. Isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''. | * Isi '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user kemudian klik '''<code>Create New Job</code>'''. | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
|+Template PHASE/0 | |+Template PHASE/0 | ||
! Nama Template | ! Nama Template | ||
!Penjelasan | !Penjelasan | ||
Baris 37: | Baris 41: | ||
|}[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Memilih template, mengisi Job Name, dan klik Create New Job|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]] | |}[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Memilih template, mengisi Job Name, dan klik Create New Job|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]] | ||
|- | |- | ||
|'''3''' | | colspan="2" | | ||
=== '''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job''' === | |||
|- | |||
| rowspan="2" |'''3''' | |||
| | | | ||
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | [[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | ||
*Gunakan menu '''Edit Files''' untuk upload file yang dibutuhkan | *Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.''' | ||
**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | **Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file. | ||
*Taruh file input pada direktori yang sama dengan file '''slurm-...sh.''' | *Taruh file input pada direktori yang sama dengan file '''slurm-...sh.''' | ||
|- | |- | ||
| rowspan=" | |''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.'' | ||
|- | |||
| rowspan="4" |'''4''' | |||
| | | | ||
==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | ==='''Melengkapi Submit Script Template'''=== | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | ||
Melalui menu '''Open Editor''', | Melalui menu '''Open Editor''', lengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan: | ||
*Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU. | *Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU. | ||
|- | |||
|'''''Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.''''' | |||
'''Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.''' | |||
|- | |- | ||
| | | | ||
Baris 66: | Baris 70: | ||
=== '''Fitur MPI pada PHASE/0''' === | === '''Fitur MPI pada PHASE/0''' === | ||
PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: | PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: | ||
* [https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | |||
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | |||
**User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | **User dapat menjalankan PHASE/0 hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | ||
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | **Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | ||
|- | |- | ||
| rowspan="2" |'''5''' | | rowspan="2" |'''5''' | ||
| | | | ||
==='''Menjalankan Job'''=== | ==='''Menjalankan Job'''=== | ||
Jalankan job dengan klik tombol '''Submit'''. | |||
* Dan ketika ingin menghentikan job, klik '''Stop.''' | * Dan ketika ingin menghentikan job, klik '''Stop.''' | ||
Baris 109: | Baris 109: | ||
| | | | ||
==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | ==='''Melihat hasil job yang selesai'''=== | ||
Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''Folder Contents'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''Edit Files'''. |pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]] | |||
|- | |- | ||
| | | |
Revisi per 25 Maret 2022 08.40
PHASE/0 adalah program untuk menghitung struktur elektronik yang berbasis DFT (density functional theory) dan skema pseudopotensial. Program ini dapat memperkirakan ciri fisik dari material yang tidak ditemukan dalam percobaan apapun dengan ketepatan tinggi.
Versi yang Tersedia
Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
---|---|---|
2020.01 | Pure MPI | CPU, multi-node |
Menjalankan PHASE/0 di Job Composer
1 | Buka menu Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||
Pilih New Jobs > From Template
| ||||||||||||
Memilih Template PHASE/0 | ||||||||||||
2 |
| |||||||||||
Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job | ||||||||||||
3 |
| |||||||||||
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB. | ||||||||||||
4 |
Melengkapi Submit Script TemplateMelalui menu Open Editor, lengkapi Submit Script supaya job PHASE/0 dapat berjalan:
| |||||||||||
Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script. | ||||||||||||
Panduan lengkap mengisi Submit Script: | ||||||||||||
Fitur MPI pada PHASE/0PHASE/0 menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| ||||||||||||
5 |
Menjalankan JobJalankan job dengan klik tombol Submit.
| |||||||||||
Penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:
| ||||||||||||
6 |
Melihat hasil job yang selesaiHasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages. | |||||||||||
Submit Ulang JobUser dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. |