Quantum ESPRESSO

Dari ALELEON by EFISON

Revisi sejak 20 Maret 2023 03.43 oleh WilsonLisan (bicara | kontrib) (→‎Modul Quantum ESPRESSO: menambah versi 7.1)

Quantum ogo ok.png

Quantum ESPRESSO adalah framework suite untuk kalkulasi electronic-structure dan modeling material berdasarkan density-functional theory (DFT), plane waves, dan pseudopotentials.

Modul Quantum ESPRESSO

Berikut adalah detail versi Quantum ESPRESSO yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Versi Nama modul Modul

DEFAULT

Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

6.7 qe/6.7-GCC10-MKL-LibM - V - - V
6.8 qe/6.8-GCC10-MKL-LibM - V - - V
7.1 qe/7.1-GCC11.3-AOCL4.0-ELPA2022.05-Libxc6.1.0 V V - - V

Menjalankan Quantum ESPRESSO

User dapat menjalankan Quantum ESPRESSO dengan pilihan cara menjalankan komputasi:

EFIRO Job Composer

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer. Berikut adalah pilihan template Quantum ESPRESSO yang tersedia:

Nama Template Penjelasan
Quantum ESPRESSO 6.7 Menjalankan Quantum ESPRESSO versi 6.7
Quantum ESPRESSO 6.8 Menjalankan Quantum ESPRESSO versi 6.8
Quantum ESPRESSO 7.1 Menjalankan Quantum ESPRESSO versi 7.1

SLURM sbatch via Terminal

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch. Berikut adalah contoh referensi Submit Script untuk menjalankan Quantum ESPRESSO. Perhatikan nama modul mengacu versi Quantum ESPRESSO yang akan digunakan.

Contoh SLURM Submit Script Quantum ESPESSO
#!/bin/bash

# ------------------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : Quantum ESPRESSO
# | Versi           : tergantung input user
# | Update script  r: 13/03/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini adalah referensi - user dapat mengubah bagian yang 
# |    sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan mengisi alokasi komputasi (SBATCH) menurut spesifikasi 
# |    ALELEON Supercomputer lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/Submit_Script_ALELEON_Supercomputer
# ------------------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah compute node
#SBATCH --nodes=////

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job, format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS 
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file Quantum ESPRESSO dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.in'

# Memuat modul software Quantum ESPRESSO
module load qe////

# DAFTAR MODUL Quantum ESPRESSO: 
# --------------------------------------------------------------
# | Nama modul                                    | Versi QE   |
# --------------------------------------------------------------
# | qe/6.7-GCC10-MKL-LibM                         | 6.7        |
# | qe/6.7-GCC10-MKL-LibM                         | 6.8        |
# | qe/7.1-GCC11.3-AOCL4.0-ELPA2022.05-Libxc6.1.0 | 7.1        | 
# --------------------------------------------------------------

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Perintah menjakankan Quantum ESPERESSO
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx pw.x -input ${INPUT_FILE}

Notifikasi Status Jalannya Job Submission via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.

Silahkan tambahan SBATCH berikut pada SLURM Submit Script (dapat ditambahkan setelah SBATCH error) apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
  • mail-user
    • Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
  • mail-type=begin
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
  • mail-type=end
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
    • Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.