R: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(formatting and fix typo)
(paraphrasing)
Baris 242: Baris 242:
|
|
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk R''<sup>1</sup>''
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH''<sup>1</sup>'' untuk R
|-
|-
! rowspan="2" | Skenario Menjalankan R
! rowspan="2" | Skenario Menjalankan R
Baris 258: Baris 258:
(time limit)
(time limit)
|-
|-
| colspan="2" |''Acuan fair policy usage<sup>2</sup>''
| colspan="2" |''Fair policy usage untuk total akumulasi job<sup>2</sup>''
|''128''
|''128''
|''128GB''
|''128GB''
|''2''  
|''2''
| rowspan="4" |3-00:00:00
| rowspan="4" |3-00:00:00
atau 72:00:00  
atau 72:00:00  
|-
|-
| R biasa''<sup>3</sup>''
| R biasa
|epyc (CPU)
|epyc (CPU)
|128
|128
Baris 271: Baris 271:
|0
|0
|-
|-
|R versi MPI (RMPI)''<sup>4</sup>''
|R versi MPI (RMPI)''<sup>3</sup>''
|epyc (CPU)
|epyc (CPU)
|384
|384
Baris 277: Baris 277:
|0
|0
|-
|-
|R biasa dan RMPI di high-mem node''<sup>5</sup>''
|R biasa dan RMPI di high-mem node''<sup>4</sup>''
| epyc (CPU)
| epyc (CPU)
| 128
| 128
Baris 288: Baris 288:
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#R biasa tidak mendukung komputasi paralel MPI hingga maksimum berjalan 1 node atau 128 core.
#R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' :
#R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' :
#*Satu node epyc mempunyai CPU 128 core.
#*Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#*Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#**Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB.
#User dapat mengalokasikan RAM hingga 500GB di high-mem node epyc.
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|-
|-
Baris 416: Baris 414:
|
|
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH untuk R''<sup>1</sup>''
! colspan="6" |Panduan nilai maksimal SBATCH''<sup>1</sup>'' untuk R
|-
|-
! rowspan="2" | Skenario Menjalankan R
! rowspan="2" | Skenario Menjalankan R
Baris 432: Baris 430:
(time limit)
(time limit)
|-
|-
| colspan="2" |''Acuan fair policy usage<sup>2</sup>''
| colspan="2" |''Fair policy usage untuk total akumulasi job<sup>2</sup>''
|''128''
|''128''
|''128GB''
|''128GB''
Baris 439: Baris 437:
atau 72:00:00  
atau 72:00:00  
|-
|-
| R biasa''<sup>3</sup>''
| R biasa
|epyc (CPU)
|epyc (CPU)
|128
|128
Baris 445: Baris 443:
|0
|0
|-
|-
|R versi MPI (RMPI)''<sup>4</sup>''
|R versi MPI (RMPI)''<sup>3</sup>''
|epyc (CPU)
|epyc (CPU)
|384
|384
Baris 451: Baris 449:
|0
|0
|-
|-
|R biasa dan RMPI di high-mem node''<sup>5</sup>''
|R biasa dan RMPI di high-mem node''<sup>4</sup>''
| epyc (CPU)
| epyc (CPU)
| 128
| 128
Baris 462: Baris 460:
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*User dapat mengajukan permintaan membuka limitasi apabila job membutuhkan alokasi lebih.
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#*Info lebih detail lihat laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
#R biasa tidak mendukung komputasi paralel MPI hingga maksimum berjalan 1 node atau 128 core.
#R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' :
#R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan ''multi-node'' :
#*Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#*Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
#**Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#*Info lebih detail lihat laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
#High-mem node epyc yaitu epyc001 memungkinkan user mengalokasikan RAM hingga 500GB.
#User dapat mengalokasikan RAM hingga 500GB di high-mem node epyc.
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
#*Tambahkan parameter <code>'''#SBATCH --nodelist=epyc001'''</code>
|-
|-
Baris 531: Baris 528:


# Melakukan '''instalasi package IRKernel''' ketika pertama kali menggunakan Jupyter untuk R.
# Melakukan '''instalasi package IRKernel''' ketika pertama kali menggunakan Jupyter untuk R.
# Memulai sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab pada EFIRO web.
# Memulai sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab pada web EFIRO.
---
---


Baris 596: Baris 593:
|-
|-
|'''2'''
|'''2'''
|Buka menu '''<code>Interactive Apps</code>''' kemudian untuk memilih menggunakan Jupyter Notebook atau Lab.
|Buka menu '''<code>Interactive Apps</code>'''  
* Silahkan pilih Jupyter Notebook atau Lab sesuai referensi pribadi user.
 
[[Berkas:Efirojupyternotebooklab.png|nirbing|238x238px]]
[[Berkas:Efirojupyternotebooklab.png|nirbing|238x238px]]
|-
|-
Baris 604: Baris 603:
** Pilih '''torti'''
** Pilih '''torti'''
*'''Number of CPU Cores'''
*'''Number of CPU Cores'''
** Alokasi CPU core yang akan digunakan
** Alokasi jumlah CPU core yang akan digunakan
**Minimal: '''1''', maksimal: '''32'''
**Minimal: '''1''', maksimal: '''32'''
*'''Number of GPU'''
*'''Number of GPU'''
**''kosongkan''
**''kosongkan''
* '''Number of hours'''
* '''Number of hours'''
**Durasi sesi Jupyter Notebook dalam satuan jam, isi sesuai keinginan user
**Durasi sesi Jupyter dalam satuan jam
** Minimal: '''1,''' maksimal: '''72'''
** Minimal: '''1,''' maksimal: '''72'''
*'''Anaconda Selection'''
*'''Anaconda Selection'''
Baris 627: Baris 626:
**''kosongkan''
**''kosongkan''
*'''Email Address'''
*'''Email Address'''
**Sistem akan mengirim notifikasi ke email user saat sesi Jupyter Notebook sudah siap diakses.
**Sistem akan mengirim notifikasi ke email user saat sesi Jupyter sudah siap diakses.
**Apabila membutuhkan, ''isi dengan email user''
**Apabila membutuhkan, ''isi dengan email user''
|-
|-

Revisi per 24 Oktober 2023 04.14

R.png

R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.

Modul R

Berikut adalah detail versi R yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul R
Versi Nama modul Dukungan hardware
CPU GPU OMP

Threading

MPI

multi-node

4.3.0 "Already Tomorrow" R/4.3.0-GCC11.3-MKL V - - V melalui RMPI1

Keterangan:

  1. RMPI dapat dicapai dengan pemrograman R dari pihak user menggunakan wrapper Rmpi.

Alternatif Menjalankan R di ALELEON Supercomputer

ALELEON Supercomputer menawarkan user untuk menjalankan R dengan pilihan skema:

Efirojobcomposer3.png
---

Menjalankan R melalui Job Submission

  • Menjalankan file R siap jalan melalui scheduler SLURM.
  • Berjalan di Compute Node CPU epyc dengan spesifikasi hingga CPU 128 core dan RAM 500GB
    • R versi MPI (RMPI) dapat berjalan paralel hingga CPU 384 core.
Rjupyterlab.png
---

Menjalankan R dengan sesi interaktif Jupyter

  • Menjalankan R melalui sesi interaktif via Jupyter Notebook atau Lab.
  • Berjalan di Interactive Node Torti dengan spesifikasi CPU 32 core dan RAM 64GB.

Instalasi Library Package R

Instalasi library R pada ALELEON Supercomputer dapat dilakukan dengan dua alternatif cara:

  1. Melayangkan permintaan instalasi package ke admin melalui email support@efisonlt.com; atau
  2. Melakukan instalasi mandiri di Login Node dengan langkah berikut:
Panduan instalasi mandiri Library Package R di Login Node

*Instalasi package R di Login Node tidak mengurangi Kredit Core Hour user.

0 Instalasi package dilakukan melalui terminal.
  • Bagi user yang login ke web EFIRO, buka menu Clusters > Aleleon Shell Access.

Shellaccess.png

1 Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
Versi Perintah Terminal
4.3.0 $ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL
2 Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar: 
$ R 
> install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal')

Package akan terinstal di direktori HOME user.

Bagi user yang pertama kali melakukan instalasi package R:

Akan terdapat prompt untuk mengarahkan instalasi ke personal library, jawab yes. 

Warning in install.packages("benchmarkme") :
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes

Kemudian R akan meminta izin untuk membuat personal library di HOME user. Jawab yes. 

Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes

Menjalankan R Melalui Job Submission

User dapat menjalankan R melalui job submission dengan pilihan cara melalui tampilan terminal atau GUI web EFIRO.

---

Mengecek Kredit Core Hour bagi Akun Perseorangan

User dengan akun perseorangan disarankan untuk selalu mengecek sisa Kredit Core Hour sebelum melakukan job submission dengan menjalankan perintah pada terminal: 

$ sausage

Bagi yang login ke web EFIRO, buka terminal pada menu Clusters > Aleleon Shell Access

---

Opsi menggunakan terminal - SLURM sbatch

Sbatch Terminal.png

Menjalankan komputasi pada terminal melalui job submission SLURM sbatch (klik expand atau kembangkan).

Langkah Menjalankan R via SLURM sbatch
0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Login dengan SSH:
  • User OS Windows dan MacOS -> $ ssh <username>@aleleon.hpc
  • User OS Linux -> $ ssh <username>@10.192.50.10
1 Siapkan file yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user.
2 Buat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi dengan panduan berikut:
  • Nama script dibebaskan dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh
  • Buat script pada direktori yang sama dengan file komputasi yang akan dijalankan.
  • Ikuti panduan template berikut dan petunjuk pada NOTES di dalamnya (klik expand atau kembangkan).
Template SLURM Submit Script untuk R 
#!/bin/bash

# -------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : R
# | Update script   : 06/10/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini bersifat referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan R di ALELEON lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
# -------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job. 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file R dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.R'

# Memuat modul software R yang akan digunakan user
# Daftar modul R lihat subbab "Modul R" pada
# https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
module load R////

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Perintah menjakankan R
Rscript ${INPUT_FILE}
Template SLURM Submit Script untuk R versi MPI (RMPI) 
#!/bin/bash

# -------------------------------------------------------------
# | Template SLURM Submit Script
# | Software        : R versi MPI (RMPI)
# | Update script   : 06/10/2023
# |
# | NOTES: 
# | 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# | 2. Template ini bersifat referensi.
# |    User dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
# | 3. Panduan menjalankan R di ALELEON lihat: 
# |    https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
# -------------------------------------------------------------

# --------------------------------------------------
# Alokasi komputasi, modul software, dan file input
# --------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job. 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file R dengan format file-nya
INPUT_FILE='////.R'

# Memuat modul software R yang akan digunakan user
# Daftar modul R lihat subbab "Modul R" pada
# https://wiki.efisonlt.com/wiki/R
module load R////

# Memuat modul software Open MPI untuk menjalankan RMPI
module load openmpi

# -------------------------------------------------
# RUN SCRIPT
# -------------------------------------------------

# Perintah menjakankan R
mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx Rscript ${INPUT_FILE}
Panduan nilai maksimal SBATCH1 untuk R
Skenario Menjalankan R Berjalan di

Compute Node

Nilai maksimal SBATCH
ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk total akumulasi job2 128 128GB 2 3-00:00:00

atau 72:00:00

R biasa epyc (CPU) 128 240GB 0
R versi MPI (RMPI)3 epyc (CPU) 384 240GB 0
R biasa dan RMPI di high-mem node4 epyc (CPU) 128 500GB 0

Keterangan:

  1. Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
  2. Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  3. R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan multi-node :
    • Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
    • Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer.
  4. User dapat mengalokasikan RAM hingga 500GB di high-mem node epyc.
    • Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
3A Sebelum menjalankan job, user dapat melakukan instalasi package R yang dibutuhkan oleh script R user.

Apabila program R gagal berjalan karena ada package R yang belum terinstal:

  • File output dari SBATCH error dapat merekap package R apa saja yang belum terinstal.
  • Berdasarkan info tersebut, lakukan instalasi package R.
3B Jalankan job dengan perintah sbatch. 
$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh. 

$ sbatch my_job_submission.sh
4A User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
  • Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE Kepanjangan Penjelasan
R RUN Job berjalan
PD PENDING Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)1
CG COMPLETING Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA CANCELED Job dibatalkan oleh user
PR PREEMPETED Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S SUSPENDED Job ditahan oleh admin EFISON

Keterangan:

  1. Kunjungi laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.
4B Apabila user ingin membatalkan job yang sedang berjalan, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
  • Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
  • User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231. 

$ scancel 231

---

Opsi menggunakan GUI Web - EFIRO Job Composer

Efirojobcomposer3.png

Menjalankan komputasi dengan tampilan grafis pada formulir job submission EFIRO Job Composer (klik expand atau kembangkan).

Langkah Menjalankan R via EFIRO Job Composer
0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
  • Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11
1 Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer

2 Pilih New Jobs > From Template

3
Pilih template R yang diinginkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job.
Template R yang tersedia
Nama Template Penjelasan
R 4.3.0 "Already Tomorrow" Menjalankan R versi 4.3.0
RMPI 4.3.0 "Already Tomorrow" Menjalankan R versi 4.3.0 dengan MPI
4 Jcjoboption3.png

Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan.

  • Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
  • Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file.
    • Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.

Gunakan menu Open Terminal untuk melakukan instalasi package R yang dibutuhkan

5

Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).

  • Submit Script adalah 'formulir' untuk menjalankan job komputasi user.
  • Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
  • Template ini bersifat referensi, user dapat mengubah bagian yang sekiranya perlu diubah.
Panduan nilai maksimal SBATCH1 untuk R
Skenario Menjalankan R Berjalan di

Compute Node

Nilai maksimal SBATCH
ntasks

(CPU)

mem

(RAM)

gpus

(GPU)

time

(time limit)

Fair policy usage untuk total akumulasi job2 128 128GB 2 3-00:00:00

atau 72:00:00

R biasa epyc (CPU) 128 240GB 0
R versi MPI (RMPI)3 epyc (CPU) 384 240GB 0
R biasa dan RMPI di high-mem node4 epyc (CPU) 128 500GB 0

Keterangan:

  1. Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer
  2. Limitasi fair policy usage untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
  3. R versi MPI (RMPI) mendukung komputasi paralel MPI untuk berjalan multi-node :
    • Pada jumlah ntasks >128, SLURM otomatis menjalankan job secara multi-node.
    • Dalam kaitan ini, parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
    • Info lebih detail lihat laman MPI ALELEON Supercomputer.
  4. User dapat mengalokasikan RAM hingga 500GB di high-mem node epyc.
    • Tambahkan parameter #SBATCH --nodelist=epyc001
6A Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job:

Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan.
Running Job berjalan.
Queue Job mengantri dan belum berjalan. Untuk melihat detail status antrian:
  • Buka Jobs > Active Jobs pada dashboard EFIRO.
  • Ubah opsi ke Your Jobs sesuai gambar dibawah ini.
  • Klik simbol > untuk melihat detail job submission.
  • Lihat isi kolom Reason.
Halaman Active Jobs. Ubah opsi Your jobs untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat detail job submission.
Completed Job selesai berjalan.
Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.


6B Apabila ingin menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

Stop.png

7A Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Files.
User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents.
atau dengan membuka menu Edit Files.
7B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

---

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

  • BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
  • END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
  • FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
  • TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
  • TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Menjalankan R dengan Sesi Interaktif Jupyter

Terdapat 2 langkah untuk menjalankan R melalui sesi interaktif Jupyter yaitu:

  1. Melakukan instalasi package IRKernel ketika pertama kali menggunakan Jupyter untuk R.
  2. Memulai sesi interaktif Jupyter Notebook atau Lab pada web EFIRO.

---

Instalasi Package IRkernel pertama kali

Berikut adalah langkah untuk instalasi package IRKernel (klik expand atau kembangkan):

Langkah instalasi package IRkernel R untuk masing-masing user
0 Instalasi package dilakukan melalui terminal.
  • Bagi user yang login ke web EFIRO, buka menu Clusters > Aleleon Shell Access.

Shellaccess.png

1 Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
Versi Perintah Terminal
4.3.0 $ module load R/4.3.0-GCC11.3-MKL
2 Aktifkan modul Anaconda terbaru: 
$ module load Anaconda3
2 Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar: 
$ R 
> install.packages('IRkernel')
> IRkernel::installspec()
> q()
3 Buat file R profile di direktori HOME user: 
$ cd
$ touch ~/.Rprofile
$ echo "options(bitmapType='cairo')" >> ~/.Rprofile

---

Memulai Sesi Jupyter

Berikut adalah langkah untuk memulai sesi Jupyter dengan kernel R:

Memulai sesi Jupyter untuk R
0 Sebelum login, user harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood kemudian masukkan username dan password user.
  • Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11
1 Bagi akun perseorangan, disarankan untuk mengecek sisa CPU Core Hour sebelum memulai sesi Jupyter ini.

Shellaccess.png

  • Buka terminal melalui menu Clusters > Aleleon Shell Access.
  • Jalankan perintah
$ sausage
2 Buka menu Interactive Apps
  • Silahkan pilih Jupyter Notebook atau Lab sesuai referensi pribadi user.

Efirojupyternotebooklab.png

3 Isi formulir sesi Jupyter dengan panduan berikut:
  • Partition
    • Pilih torti
  • Number of CPU Cores
    • Alokasi jumlah CPU core yang akan digunakan
    • Minimal: 1, maksimal: 32
  • Number of GPU
    • kosongkan
  • Number of hours
    • Durasi sesi Jupyter dalam satuan jam
    • Minimal: 1, maksimal: 72
  • Anaconda Selection
    • Pilih versi terbaru
  • Conda Environment Directory
    • kosongkan
  • Software Modules
    • Isi dengan versi R yang akan digunakan
Versi Nama software modules
4.3.0 R/4.3.0-GCC11.3-MKL
  • Environment Setup
    • kosongkan
  • Email Address
    • Sistem akan mengirim notifikasi ke email user saat sesi Jupyter sudah siap diakses.
    • Apabila membutuhkan, isi dengan email user
4 Apabila formulir sudah terisi, klik tombol Launch untuk memulai sesi Jupyter.
  • User akan diarahkan ke halaman My Interactive Sessions.
  • Tunggu hingga sesi Jupyter siap diakses.
Status sesi Jupyter mengantri menunggu alokasi hardware
Perhatian: Sesi akan tertahan di antrian apabila:
  • Number of CPU cores * Number of Hour yang dialokasikan lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
5 Apabila status menunjukkan Running atau kolom berwarna hijau, klik Connect to Jupyter.
Sesi Jupyter siap diakses.
Perhatian:
  • Sistem mulai menghitung CPU Core Hour saat status sesi Jupyter menunjukkan running.
6 Pilih Notebook R untuk memulai sesi notebook R baik di Jupyter Notebook dan Lab.
Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Notebook
Gunakan Notebook R untuk menjalankan kernel R di Jupyter Lab
7A User dapat menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan dengan klik tombol Delete
Klik tombol Delete untuk menghentikan sesi Jupyter yang sedang berjalan
7B User dapat kembali mengunjungi halaman My Interactive Sessions melalui dasboard EFIRO.

Interactivesession.png

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi R, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

Wiki-pelaporankendala.jpg

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email: 

support@efisonlt.com

Kontributor

EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=R&oldid=1243"