R: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(menambah info versi, standarisasi nama ALELEON Supercomputer)
(menyiapkan basis untuk tutorial versi EFIRO)
Baris 5: Baris 5:
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
!Versi
!Versi
!Nama Modul
!Dukungan MPI
!Dukungan MPI
!Dukungan Hardware
!Dukungan Hardware
|-
|-
|4.0.4 "Lost Library Book"
|4.0.4 "Lost Library Book"
|R/4.0.4-GCC10-MKL
| rowspan="3" |ya, melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI''']
|ya, melalui [https://cran.r-project.org/web/packages/Rmpi/Rmpi.pdf '''RMPI''']
| rowspan="3" |default: CPU, single-node
|default: CPU, parallel single-node
<nowiki>*</nowiki>multi-node dengan RMPI  
<nowiki>*</nowiki>parallel multi-node dengan RMPI  
|-
|-
|4.1.0 "Camp Pontanezen"
|4.1.0 "Camp Pontanezen"
|R/4.1.0-GCC10-MKL
|ya, melalui RMPI
|default: CPU, parallel single-node
<nowiki>*</nowiki>parallel multi-node dengan RMPI
|-
|-
|4.1.2 "Bird Hippie"
|4.1.2 "Bird Hippie"
|R
|ya, melalui RMPI
|default: CPU, parallel single-node
<nowiki>*</nowiki>parallel multi-node dengan RMPI
|}
|}
'''Perlu dketahui bahwa ALELEON Supercomputer tidak menyediakan IDE R Studio.''' Rekomendasi dari admin EFISON adalah:
Untuk saat ini EFIRO '''belum menyediakan IDE RStudio''' sehingga user disarankan menggunakan ALELEON Supercomputer untuk menjalankan file R siap jalan.  
 
* Melakukan coding dan testing R pada komputer pribadi user dimana dapat menggunakan IDE R Studio.
* R pada ALELEON Supercomputer hanya digunakan untuk menjalankan script R yang sudah siap dijalankan.


== '''Package Library R''' ==
== '''Package Library R''' ==
User dapat melihat library R yang terinstal dengan memuat modul R yang akan dipakai lalu menjalankan perintah installed.packages():
Package Library R hanya bisa diinstal oleh admin EFISON. User dapat menghubungi admin via email '''support@efisonlt.com''' untuk instalasi package library R ketika program user menjumpai error missing library - di mana terekap pada file error yang didefinisikan via '''SBATCH error''' di Submit Script (penjelasan dibawah).
$ module load R
$ R
-> installed.packages()
User dapat menghubungi admin EFISON apabila membutuhkan instalasi R versi spesifik dan R packages yang belum terinstal melalui email:
'''support@efisonlt.com'''


=='''Contoh SLURM Script'''==
== '''Berjalan Satu Core atau Multi-core?''' ==
User harus menggunakan [[Scheduler SLURM Aleleon|'''manajemen SLURM''']] untuk menjalankan komputasi R di Compute Node.
Hal yang sering dijumpai pada script R adalah ketika program hanya berjalan dengan satu core CPU - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. R dapat berjalan secara multi-core dengan penulisan kode dan algoritma yang tepat. Admin EFISON menyarankan user untuk menguji jalannya R di komputer pribadi dan lihat status penggunaan CPU nya apakah berjalan satu core atau multi-core.


=== '''Satu Node CPU''' ===
== '''Menjalankan R''' ==
Secara standar, R berjalan dengan satu compute node. '''R pada ALELEON Supercomputer telah diatur untuk dapat memanfaatkan semua core CPU dengan paralelisasi threading'''. Berikut adalah contoh untuk menjalankan R pada satu node CPU.
Coming soon ._.
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1                # Contoh menggunakan 1 node
#SBATCH --ntasks=64              # Contoh menggunakan 64 core CPU
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.out    # Output terminal program
#SBATCH --error=result-%j.err    # Output verbose program
# Memuat modul R
module load R
# Menjalankan program R
'''Rscript''' myjob.R


=== '''R dengan MPI (RMPI)''' ===
== '''Kontributor''' ==
RMPI dijalankan dengan model Pure MPI (hanya MPI saja, bukan hybrid MPI/OMP). '''RMPI dapat dicapai dengan pemograman dari user sendiri''', bukan secara otomatis package RMPI mengubah coding R biasa menjadi R MPI. User dapat menjalankan R dengan satu node atau multi node (lebih dari satu node) untuk performa lebih.
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:


Untuk menjalankan R versi MPI, lengkapi dengan memuat modul OpenMPI dan perintah menjalankan R dengan mpirun:
* Tim [https://sadasa.id/ '''Sadasa Academy'''].
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1                # Contoh menggunakan 1 node
#SBATCH --ntasks=64              # Contoh menggunakan 64 core CPU
#SBATCH --mem=128GB              # Contoh menggunakan RAM 128GB
#SBATCH --time=10:00:00          # Contoh menetapkan walltime maks 10 jam
#SBATCH --output=result-%j.txt    # Output terminal program
#SBATCH --error=error-%j.txt      # Output verbose program
# Memuat modul OpenMPI dan R
module load openmpi R
# RUN COMMAND
# mpirun wajib menggunakan flag protokol UCX
'''mpirun -np $SLURM_NTASKS --mca pml ucx --mca osc ucx Rscript''' myjob.R
User dapat melihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Contoh_SLURM_Script#SLURM_Script_untuk_Komputasi_Paralel_MPI '''SLURM Script untuk Komputasi Paralel MPI'''] untuk memahami lebih lanjut tentang berbagai contoh SLURM script diatas,

Revisi per 17 Februari 2022 14.21

Deskripsi

R adalah software untuk menjalankan komputasi statistik dan grafis. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
4.0.4 "Lost Library Book" ya, melalui RMPI default: CPU, single-node

*multi-node dengan RMPI

4.1.0 "Camp Pontanezen"
4.1.2 "Bird Hippie"

Untuk saat ini EFIRO belum menyediakan IDE RStudio sehingga user disarankan menggunakan ALELEON Supercomputer untuk menjalankan file R siap jalan.

Package Library R

Package Library R hanya bisa diinstal oleh admin EFISON. User dapat menghubungi admin via email support@efisonlt.com untuk instalasi package library R ketika program user menjumpai error missing library - di mana terekap pada file error yang didefinisikan via SBATCH error di Submit Script (penjelasan dibawah).

Berjalan Satu Core atau Multi-core?

Hal yang sering dijumpai pada script R adalah ketika program hanya berjalan dengan satu core CPU - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. R dapat berjalan secara multi-core dengan penulisan kode dan algoritma yang tepat. Admin EFISON menyarankan user untuk menguji jalannya R di komputer pribadi dan lihat status penggunaan CPU nya apakah berjalan satu core atau multi-core.

Menjalankan R

Coming soon ._.

Kontributor

EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=R&oldid=565"