R: Perbedaan antara revisi

Dari ALELEON by EFISON
(melengkapi penggunaan R via EFIRO)
Baris 22: Baris 22:


* Package Library R hanya bisa diinstal oleh admin EFISON.  
* Package Library R hanya bisa diinstal oleh admin EFISON.  
* User dapat menghubungi admin via email '''support@efisonlt.com''' untuk instalasi package library R ketika program user menjumpai '''error missing library'''.
* User dapat menghubungi admin via email '''[[/cdn-cgi/l/email-protection|[email protected]]]''' untuk instalasi package library R ketika program user menjumpai '''error missing library'''.
** Terekap pada file error yang didefinisikan via '''SBATCH error''' di Submit Script (penjelasan dibawah).
** Terekap pada file error yang didefinisikan via '''SBATCH error''' di Submit Script (penjelasan dibawah).
** User akan mendapatkan '''bonus kredit 50 CPU Core Hour''' untuk setiap jumlah library di laporan permohonan instalasi ke admin.
** User akan mendapatkan '''bonus kredit 50 CPU Core Hour''' untuk setiap jumlah library di laporan permohonan instalasi ke admin.


== '''Berjalan Satu Core atau Multi-core?''' ==
== '''Menjalankan R''' ==
Hal yang sering dijumpai pada script R adalah ketika program hanya berjalan dengan satu core CPU - sesuatu yang tentunya menghambat kecepatan komputasi user. R dapat berjalan secara multi-core dengan penulisan kode dan algoritma yang tepat. Admin EFISON menyarankan user untuk menguji jalannya R di komputer pribadi dan lihat status penggunaan CPU nya apakah berjalan satu core atau multi-core.
User menjalankan R pada '''Job Composer''' EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
 
[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|400x400px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
===1. Memilih template PHASE/0===
*Klik '''New Jobs > From Template.'''
*Pilih template R yang dibutuhkan.
*isi '''Job Name''' sesuai keinginan user kemudian klik '''Create New Job'''.
[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|200x200px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
 
---
 
[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
{| class="wikitable"
|+Template R yang tersedia
!Nama Template
!Penjelasan
|-
| R 4.0.4 "Lost Library Book"
|Template standar R 4.0.4
|-
|R 4.1.0 "Camp Pontanezen"
|Template standar R 4.1.0
|-
|R 4.1.2 "Bird Hippie"
|Template standar R 4.1.2
|-
|RMPI 4.0.4
|Template R 4.0.4 versi MPI
|-
|RMPI 4.1.0
|Template R 4.1.0 versi MPI
|-
|RMPI 4.1.2
|Template R 4.1.2 versi MPI
|}---
===2. Mempersiapkan File R dan Dataset ===
[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
* User dapat melakukan '''upload, editing, dan rename file input''' melalui menu '''Edit Files.'''
* Fitur upload di halaman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
*Taruh file input dan dataset pada direktori yang sama dengan file '''slurm-r.sh.'''
---
===3A. Melengkapi Submit Script Template===
Submit Script adalah set perintah untuk menjalankan program user ke Compute Node melalui '''manajemen SLURM'''. User perlu melengkapi script template supaya script R dapat berjalan melalui menu '''Open Editor.'''


== '''Menjalankan R''' ==
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
Coming soon ._.
 
[[Berkas:Jcsaveedit.png|nirbing|450x450px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsaveedit.png|al=]]
*User dapat memahami script dan mengikuti instruksi melalui penjelasan di deretan comment script template.
*Panduan lengkap untuk mengisi Submit Script dengan benar pada ALELEON Supercomputer:
[[Berkas:Wiki-14.jpg|1000x1000px|link=SLURM Script ALELEON Supercomputer |alt=SLURM Script ALELEON Supercomputer ]]
 
---
===3B. Menjalankan RMPI Multi-Node (>128 core thread CPU)===
RMPI (R dengan ekstensi MPI) menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
{| class="wikitable"
![[MPI ALELEON Supercomputer]]
|-
|
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
|}---
===4. Menjalankan Job===
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''.
 
[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
 
Perhatikan kolom '''Status''' pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:
{| class="wikitable"
|+Status jalannya Job
!Status
!Arti
|-
|Not Submitted
|Job belum pernah dijalankan
|-
|Running
|Job berjalan
|-
|Queue
|Job mengantri dan belum berjalan
|-
|Completed
|Job selesai berjalan
|-
|Failed
|Job berhenti di tengah berjalan.
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
|}Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit.
 
---
===5. Melihat hasil job yang selesai===
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.'''
 
[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nirbing|399x399px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png]]


---
===6. Submit ulang job===
User dapat '''menjalankan ulang job pada ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.
== '''Kontributor''' ==
== '''Kontributor''' ==
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:  
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:  


* Tim [https://sadasa.id/ '''Sadasa Academy'''].
* Tim [https://sadasa.id/ '''Sadasa Academy'''].

Revisi per 18 Februari 2022 04.46

Deskripsi

R adalah software untuk menjalankan komputasi statistik dan grafis. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.

Versi yang Tersedia

Versi Dukungan MPI Dukungan Hardware
4.0.4 "Lost Library Book" ya, melalui RMPI default: CPU, single-node

*multi-node dengan RMPI

4.1.0 "Camp Pontanezen"
4.1.2 "Bird Hippie"

Untuk saat ini EFIRO belum menyediakan IDE RStudio sehingga user disarankan menggunakan ALELEON Supercomputer untuk menjalankan file R siap jalan.

Package Library R

  • Package Library R hanya bisa diinstal oleh admin EFISON.
  • User dapat menghubungi admin via email [email protected] untuk instalasi package library R ketika program user menjumpai error missing library.
    • Terekap pada file error yang didefinisikan via SBATCH error di Submit Script (penjelasan dibawah).
    • User akan mendapatkan bonus kredit 50 CPU Core Hour untuk setiap jumlah library di laporan permohonan instalasi ke admin.

Menjalankan R

User menjalankan R pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Efirojobcomposermenu.png

1. Memilih template PHASE/0

  • Klik New Jobs > From Template.
  • Pilih template R yang dibutuhkan.
  • isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Template R yang tersedia
Nama Template Penjelasan
R 4.0.4 "Lost Library Book" Template standar R 4.0.4
R 4.1.0 "Camp Pontanezen" Template standar R 4.1.0
R 4.1.2 "Bird Hippie" Template standar R 4.1.2
RMPI 4.0.4 Template R 4.0.4 versi MPI
RMPI 4.1.0 Template R 4.1.0 versi MPI
RMPI 4.1.2 Template R 4.1.2 versi MPI

---

2. Mempersiapkan File R dan Dataset

Jcjoboption3.png

  • User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input melalui menu Edit Files.
  • Fitur upload di halaman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
  • Taruh file input dan dataset pada direktori yang sama dengan file slurm-r.sh.

---

3A. Melengkapi Submit Script Template

Submit Script adalah set perintah untuk menjalankan program user ke Compute Node melalui manajemen SLURM. User perlu melengkapi script template supaya script R dapat berjalan melalui menu Open Editor.

  • User dapat memahami script dan mengikuti instruksi melalui penjelasan di deretan comment script template.
  • Panduan lengkap untuk mengisi Submit Script dengan benar pada ALELEON Supercomputer:

SLURM Script ALELEON Supercomputer

---

3B. Menjalankan RMPI Multi-Node (>128 core thread CPU)

RMPI (R dengan ekstensi MPI) menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:

MPI ALELEON Supercomputer

---

4. Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

Perhatikan kolom Status pada job tersebut. User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job. Berikut adalah daftar Status yang terjadi:

Status jalannya Job
Status Arti
Not Submitted Job belum pernah dijalankan
Running Job berjalan
Queue Job mengantri dan belum berjalan
Completed Job selesai berjalan
Failed Job berhenti di tengah berjalan.

Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

---

5. Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

---

6. Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang job pada ruang job yang sama (misalkan ketika ada error dan mau dijalankan ulang setelah koreksi file input) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Kontributor

EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=R&oldid=574"