R: Perbedaan antara revisi
Dari ALELEON by EFISON
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→2. Mempersiapkan File R dan Dataset: mengganti konten file input dengan file R dan dataset) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (paraphrasing bagian MPI dan mengganti penomoran) |
||
| Baris 69: | Baris 69: | ||
*Taruh file input dan dataset pada direktori yang sama dengan file '''slurm-r.sh.''' | *Taruh file input dan dataset pada direktori yang sama dengan file '''slurm-r.sh.''' | ||
--- | --- | ||
=== | ===3. Melengkapi Submit Script Template=== | ||
[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | [[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]] | ||
*Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program Quantum ESPRESSO dapat berjalan: | *Melalui menu '''Open Editor''', user perlu melengkapi Submit Script supaya program Quantum ESPRESSO dapat berjalan: | ||
| Baris 80: | Baris 80: | ||
--- | --- | ||
=== | ===4. MPI pada RMPI=== | ||
RMPI (R dengan ekstensi MPI) menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga | RMPI (R dengan ekstensi MPI) menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: | ||
{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
![[MPI ALELEON Supercomputer]] | ![[MPI ALELEON Supercomputer]] | ||
| Baris 87: | Baris 87: | ||
| | | | ||
*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | *[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node'''] | ||
**User dapat menjalankan RMPI hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) | |||
**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''. | |||
|}--- | |}--- | ||
=== | ===5. Menjalankan Job=== | ||
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''. | Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol '''Submit'''. | ||
| Baris 116: | Baris 118: | ||
*Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit. | *Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol '''Stop''' yang berada di sebelah tombol Submit. | ||
--- | --- | ||
=== | ===6. Melihat hasil job yang selesai=== | ||
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.''' | Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian '''Folder Contents''' atau membuka halaman '''Edit Pages.''' | ||
| Baris 122: | Baris 124: | ||
--- | --- | ||
=== | ===7. Submit ulang job=== | ||
User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. | User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit. | ||
== '''Kontributor''' == | == '''Kontributor''' == | ||
Revisi per 21 Februari 2022 11.35
R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.
Versi yang Tersedia
| Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
|---|---|---|
| 4.0.4 "Lost Library Book" | ya, melalui RMPI | default: CPU, single-node
*multi-node dengan RMPI |
| 4.1.0 "Camp Pontanezen" | ||
| 4.1.2 "Bird Hippie" |
Untuk saat ini EFIRO belum menyediakan interaktif IDE RStudio sehingga user disarankan menggunakan ALELEON Supercomputer untuk menjalankan file R siap jalan.
Package Library R
- Package Library R hanya bisa diinstal oleh admin EFISON.
- User dapat menghubungi admin via email support@efisonlt.com untuk instalasi package library R ketika program user menjumpai error missing library.
- Terekap pada file error yang didefinisikan via SBATCH error di Submit Script (penjelasan dibawah).
- User akan mendapatkan bonus kredit 50 CPU Core Hour untuk setiap jumlah library di laporan permohonan instalasi ke admin.
Menjalankan R
User menjalankan R pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
1. Memilih template R
- Klik New Jobs > From Template.
- Pilih template R yang dibutuhkan.
- isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
---
| Nama Template | Penjelasan |
|---|---|
| R 4.0.4 "Lost Library Book" | Template standar R 4.0.4 |
| R 4.1.0 "Camp Pontanezen" | Template standar R 4.1.0 |
| R 4.1.2 "Bird Hippie" | Template standar R 4.1.2 |
| RMPI 4.0.4 | Template R 4.0.4 versi MPI |
| RMPI 4.1.0 | Template R 4.1.0 versi MPI |
| RMPI 4.1.2 | Template R 4.1.2 versi MPI |
---
2. Mempersiapkan File R dan Dataset
- User dapat melakukan upload, editing, rename file R dan dataset yang dibutuhkan melalui menu Edit Files.
- Fitur upload di halaman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
- Taruh file input dan dataset pada direktori yang sama dengan file slurm-r.sh.
---
3. Melengkapi Submit Script Template
- Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program Quantum ESPRESSO dapat berjalan:
- Parameter SBATCH.
- Nama file input Quantum ESPRESSO.
- Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
---
4. MPI pada RMPI
RMPI (R dengan ekstensi MPI) menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| MPI ALELEON Supercomputer |
|---|
|
---
5. Menjalankan Job
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.
- Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
| Status | Arti |
|---|---|
| Not Submitted | Job belum pernah dijalankan. |
| Running | Job berjalan. |
| Queue | Job mengantri dan belum berjalan. |
| Completed | Job selesai berjalan. |
| Failed | Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. |
- User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
- Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
---
6. Melihat hasil job yang selesai
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
---
7. Submit ulang job
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
Kontributor
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:
- Tim Sadasa Academy.
