R

R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.

Menjalankan R di ALELEON Supercomputer

Terdapat dua cara untuk menjalankan R di ALELEON Supercomputer:

• Melalui Job Composer:
  • Untuk file R siap jalan dengan beban komputasi apapun dari skala kecil hingga masif.
  • Berjalan di Compute Node dengan alokasi hardware komputasi besar.
• Melalui interaktif Jupyter Notebook:
  • Untuk R secara interaktif dengan beban komputasi kecil atau pengujian script.
  • Penggunaan interaktif Jupyter Notebook mempunyai alokasi hardware kecil dan waktu terbatas.

Halaman ini menjelaskan penggunaan R via Job Composer. Apabila ingin menggunakan R via interaktif Jupyter Notebook, klik:

R menggunakan Jupyter Notebook

Versi yang Tersedia

Versi	Dukungan MPI	Dukungan Hardware
4.1.0 "Camp Pontanezen"	ya, melalui RMPI	default: CPU, single-node *multi-node dengan RMPI
4.1.2 "Bird Hippie"

Menjalankan R di Job Composer

User menjalankan R pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer

Memilih template R

Template R yang tersedia

Nama Template	Penjelasan
R 4.1.0 "Camp Pontanezen"	Template standar R 4.1.0
R 4.1.2 "Bird Hippie"	Template standar R 4.1.2
RMPI 4.1.0	Template R 4.1.0 versi MPI
RMPI 4.1.2	Template R 4.1.2 versi MPI

Template R adalah set environment untuk menjalankan software R.

• Klik New Jobs > From Template.
• Pilih template R yang dibutuhkan.
• isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.

---

Mempersiapkan File R dan Dataset

• User dapat melakukan upload, editing, rename file R dan dataset yang dibutuhkan melalui menu Edit Files.
• Fitur upload di halaman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
• Taruh file input dan dataset pada direktori yang sama dengan file slurm-r.sh.

Instalasi Library Package R

• User dapat melakukan instalasi mandiri package library R melalui terminal ALELEON Supercomputer via menu Open Terminal di Job Composer atau Clusters > Aleleon Shell Access di Dashboard EFIRO.
• Aktifkan R pada terminal dengan module load.

$ module load versi-R-yang-dipakai-user
$ R

Daftar module R

Versi	Perintah module
4.1.0	module load R/4.1.0-GCC10-MKL
4.1.2	module load R

• User dapat melakukan instalasi package dengan perintah standar:

> install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal')

• Package akan terinstal di direktori HOME user. Perlu diperhatikan bahwa package R yang diinstal di versi 4.1.2 misalnya tidak dapat digunakan oleh R versi lainnya dan sebaliknya.

---

Instalasi Package R pertama kali

• Akan terdapat peringatan bahwa user tidak dapat melakukan instalasi package R di direktori global /work (di mana benar karena hanya user root yang dapat melakukannya), jawab yes.

Warning in install.packages("benchmarkme") :
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes

• R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user dan membuat folder bernama R. Jawab yes.

Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes

---

Bantuan admin EFISON untuk instalasi Package R

• Perlu diketahui bahwa terdapat Package R yang cukup sulit diinstal dari membutuhkan depedencies package R lain hingga library global.
• Apabila terdapat kesulitan instalasi package R, hubungi admin EFISON via permohonan email ke support@efisonlt.com.

Melengkapi Submit Script Template

• Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya script R dapat berjalan:
  • Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
  • Nama file script R.
• Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.

---

Panduan lengkap mengisi Submit Script

Note: Submit Script pada dasarnya adalah SLURM Script karena ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM untuk menjalankan job di Compute Node.

Fitur MPI pada RMPI

RMPI (R dengan ekstensi MPI) menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:

MPI ALELEON Supercomputer
MPI Satu Node vs Multi Node User dapat menjalankan RMPI hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.

Menjalankan Job

Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.

• Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.

Status	Arti
Not Submitted	Job belum pernah dijalankan.
Running	Job berjalan.
Queue	Job mengantri dan belum berjalan.
Completed	Job selesai berjalan.
Failed	Job berhenti di tengah jalan, Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

• User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
• Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.

Melihat hasil job yang selesai

Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.

Kolom Folder Contents melihat isi dari ruang direktori job. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom ini.

atau dengan membuka menu Edit Files. Melalui halaman ini user juga dapat melakukan revisi file input misalnya apabila hasil output tidak sesuai yang diharapkan.

Job yang tidak berjalan karena missing Package

Terkadang job akan gagal berjalan karena ada package yang belum terinstal.

• Pesan error missing package terekap di file output yang didefinisikan pada SBATCH error di Submit Script user.
• Dari pesan tersebut, user dapat melakukan instalasi package dan submit ulang job.

Submit ulang job

User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file script / dataset, penambahan missing package, atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Kontributor

EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:

• Tim Sadasa Academy.