R
R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.
Versi yang Tersedia
| Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
|---|---|---|
| 4.1.0 "Camp Pontanezen" | ya, melalui RMPI | default: CPU, single-node
*multi-node dengan RMPI |
| 4.1.2 "Bird Hippie" |
R di Job Composer vs Interactive Apps
ALELEON Supercomputer dapat menjalankan komputasi R via Job Composer atau Interactive Apps Jupyter Notebook.
| Menjalankan R di Job Composer VS Interactive Apps Jupyter Notebook |
|---|
Melalui Job Composer:
|
Melalui interaktif Jupyter Notebook:
|
Saran admin:
|
Halaman ini untuk menjalankan R via Job Composer. Apabila ingin menjalankan R via interaktif Jupyter Notebook, klik:
R menggunakan Jupyter Notebook |
Menjalankan R di Job Composer
- Buka menu Jobs > Jobs Composer:
- Pilih New Jobs > From Template
- Pilih template R yang dibutuhkan. isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
| Nama Template | Penjelasan |
|---|---|
| R 4.1.0 "Camp Pontanezen" | Template standar R 4.1.0 |
| R 4.1.2 "Bird Hippie" | Template standar R 4.1.2 |
| RMPI 4.1.0 | Template R 4.1.0 versi MPI |
| RMPI 4.1.2 | Template R 4.1.2 versi MPI |
Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job
- Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan untuk menjalankan job R user.
- Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
- Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
- Taruh file pada direktori yang sama dengan file slurm...sh.
Instalasi Library Package R
- User dapat melakukan instalasi mandiri package library R melalui terminal ALELEON Supercomputer via menu Open Terminal di Job Composer atau Clusters > Aleleon Shell Access di Dashboard EFIRO.
- Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
$ module load versi-R-yang-dipakai-user
| Versi | Perintah module |
|---|---|
| 4.1.0 | module load R/4.1.0-GCC10-MKL |
| 4.1.2 | module load R |
- Jalankan R, kemudian user dapat melakukan instalasi package dengan perintah standar:
$ R
> install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal')
- Package akan terinstal di direktori HOME user. Perlu diperhatikan bahwa package R yang diinstal di versi 4.1.2 misalnya tidak dapat digunakan oleh R versi lainnya dan sebaliknya.
---
Instalasi Package R pertama kali
- Akan terdapat peringatan bahwa user tidak dapat melakukan instalasi package R di direktori global /work (di mana benar karena hanya user root yang dapat melakukannya), jawab yes.
Warning in install.packages("benchmarkme") :
'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes
- R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user dan membuat folder bernama R. Jawab yes.
Would you like to create a personal library ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’ to install packages into? (yes/No/cancel) yes
---
Bantuan admin EFISON untuk instalasi Package R
- Perlu diketahui bahwa terdapat Package R yang cukup sulit diinstal dari membutuhkan depedencies package R lain hingga library global.
- Apabila terdapat kesulitan instalasi package R, hubungi admin EFISON via permohonan email ke support@efisonlt.com.
Melengkapi Submit Script Template
- Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya job R dapat berjalan:
- Parameter SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU.
- Nama file script R.
- Jangan lupa Save setiap sekali mengubah script.
Panduan lengkap mengisi Submit Script
Fitur MPI pada RMPI
RMPI (R dengan ekstensi MPI) menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| MPI ALELEON Supercomputer |
|---|
|
Menjalankan Job
Apabila file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap, jalankan job dengan menekan tombol Submit.
- Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
| Status | Arti |
|---|---|
| Not Submitted | Job belum pernah dijalankan. |
| Running | Job berjalan. |
| Queue | Job mengantri dan belum berjalan. |
| Completed | Job selesai berjalan. |
| Failed | Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. |
- User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
- Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
Melihat hasil job yang selesai
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
Job yang tidak berjalan karena missing Package
Terkadang job akan gagal berjalan karena ada package yang belum terinstal.
- Pesan error missing package terekap di file output yang didefinisikan pada SBATCH error di Submit Script user.
- Dari pesan tersebut, user dapat melakukan instalasi package dan submit ulang job.
Submit ulang job
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file script / dataset, penambahan missing package, atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
Kontributor
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:
- Tim Sadasa Academy.
