R
R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.
Versi yang Tersedia
| Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
|---|---|---|
| 4.0.4 "Lost Library Book" | ya, melalui RMPI | default: CPU, single-node
*multi-node dengan RMPI |
| 4.1.0 "Camp Pontanezen" | ||
| 4.1.2 "Bird Hippie" |
Untuk saat ini EFIRO belum menyediakan interaktif IDE RStudio sehingga user disarankan menggunakan ALELEON Supercomputer untuk menjalankan file R siap jalan.
Package Library R
- Package Library R hanya bisa diinstal oleh admin EFISON.
- User dapat menghubungi admin via email support@efisonlt.com untuk instalasi package library R ketika program user menjumpai error missing library.
- Terekap pada file error yang didefinisikan via SBATCH error di Submit Script (penjelasan dibawah).
- User akan mendapatkan bonus kredit 50 CPU Core Hour untuk setiap jumlah library di laporan permohonan instalasi ke admin.
Menjalankan R
User menjalankan R pada Job Composer EFIRO yang dapat dibuka melalui menu Jobs > Jobs Composer
1. Memilih template R
- Klik New Jobs > From Template.
- Pilih template R yang dibutuhkan.
- isi Job Name sesuai keinginan user kemudian klik Create New Job.
---
| Nama Template | Penjelasan |
|---|---|
| R 4.0.4 "Lost Library Book" | Template standar R 4.0.4 |
| R 4.1.0 "Camp Pontanezen" | Template standar R 4.1.0 |
| R 4.1.2 "Bird Hippie" | Template standar R 4.1.2 |
| RMPI 4.0.4 | Template R 4.0.4 versi MPI |
| RMPI 4.1.0 | Template R 4.1.0 versi MPI |
| RMPI 4.1.2 | Template R 4.1.2 versi MPI |
---
2. Mempersiapkan File R dan Dataset
- User dapat melakukan upload, editing, dan rename file input melalui menu Edit Files.
- Fitur upload di halaman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
- Taruh file input dan dataset pada direktori yang sama dengan file slurm-r.sh.
---
3A. Melengkapi Submit Script Template
- Melalui menu Open Editor, user perlu melengkapi Submit Script supaya program Quantum ESPRESSO dapat berjalan:
- Parameter SBATCH.
- Nama file input Quantum ESPRESSO.
- Panduan umum lengkap dalam mengisi Submit Script dan parameter SBATCH:
---
3B. Menjalankan RMPI Multi-Node (>128 core thread CPU)
RMPI (R dengan ekstensi MPI) menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga dapat berjalan multi-node atau lebih dari 128 core thread CPU. User dapat mempelajari teknis menjalankan MPI multi-node pada:
| MPI ALELEON Supercomputer |
|---|
---
4. Menjalankan Job
Semua file untuk menjalankan program dan Submit Script sudah siap? Jalankan job dengan menekan tombol Submit.
- Perhatikan status jalannya job pada kolom Status.
| Status | Arti |
|---|---|
| Not Submitted | Job belum pernah dijalankan. |
| Running | Job berjalan. |
| Queue | Job mengantri dan belum berjalan. |
| Completed | Job selesai berjalan. |
| Failed | Job berhenti di tengah jalan,
Bisa karena di Stop atau Delete oleh user. |
- User dapat memantau perubahan kolom Status dengan me-refresh halaman Job.
- Apabila user ingin menghentikan job yang sedang berjalan, klik tombol Stop yang berada di sebelah tombol Submit.
---
5. Melihat hasil job yang selesai
Apabila job sudah selesai (status Completed), user dapat melihat hasil output job melalui bagian Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages.
---
6. Submit ulang job
User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.
Kontributor
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:
- Tim Sadasa Academy.
