R

R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.

Versi yang Tersedia

Versi	Dukungan MPI	Dukungan Hardware
4.1.0 "Camp Pontanezen"	ya, melalui RMPI	default: CPU, single-node *multi-node dengan RMPI
4.1.2 "Bird Hippie"

R di Job Composer vs Interactive Apps

ALELEON Supercomputer dapat menjalankan komputasi R via Job Composer atau Interactive Apps Jupyter Notebook.

Menjalankan R di Job Composer VS Interactive Apps Jupyter Notebook
Melalui Job Composer: Untuk file R siap jalan. Berjalan di Compute Node dengan alokasi hardware besar.
Melalui interaktif Jupyter Notebook: Untuk R secara interaktif via Jupyter Notebook. Berjalan di Interactive Node.
Saran admin: Jalankan R di Job Composer untuk beban komputasi yang besar. Jalankan R di Interactive Apps untuk beban komputasi yang sesuai dengan spesifikasi Interactive Node.

Halaman ini untuk menjalankan R via Job Composer. Apabila ingin menjalankan R via interaktif Jupyter Notebook, klik:

R menggunakan Jupyter Notebook

Menjalankan R di Job Composer

1	Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
2	Pilih New Jobs > From Template
3	Memilih Template R Pilih template R yang dibutuhkan. Isi atau ganti Job Name sesuai keinginan user, kemudian klik Create New Job. Template R Nama Template Penjelasan R 4.1.0 "Camp Pontanezen" Menjalankan R versi 4.1.0 R 4.1.2 "Bird Hippie" Menjalankan R versi 4.1.2 RMPI 4.1.0 Menjalankan R 4.1.0 versi MPI RMPI 4.1.2 Menjalankan R 4.1.2 versi MPI
4	Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job Gunakan menu Edit Files untuk upload file yang dibutuhkan. Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
	Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.
5	Mempersiapkan Instalasi Library R Lihat bagian Instalasi Library Package R
6A	Melengkapi Submit Script Template Melalui Open Editor, lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////). Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.
6B	Panduan lengkap mengisi Submit Script:
	Fitur MPI pada RMPI RMPI menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk: MPI Satu Node vs Multi Node User dapat menjalankan RMPI hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU) Atau menggunakan multi-node alias lebih dari 128 core thread CPU.
7	Menjalankan Job Jalankan job dengan klik tombol Submit.
	Berikut penjelasan kolom Status, pantau dengan refresh halaman job: Status Arti Not Submitted Job belum pernah dijalankan. Running Job berjalan. Queue Job mengantri dan belum berjalan. Completed Job selesai berjalan. Failed Job berhenti di tengah jalan, Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
	Stop atau Cancel Job Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.
8A	Melihat hasil job yang selesai Hasil output job dapat dilihat pada kolom Folder Contents atau membuka halaman Edit Pages. User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom Folder Contents. atau dengan membuka menu Edit Files.
8B	Submit Ulang Job User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol Submit.

Instalasi Library Package R

User dapat melakukan instalasi mandiri package library R secara mandiri.

1	Buka terminal melalui dashboard EFIRO menu Clusters > Aleleon Shell Access.
2	Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan. Versi Perintah Terminal 4.1.0 $ module load R/4.1.0-GCC10-MKL 4.1.2 $ module load R
3	Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar: $ R > install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal') Package akan terinstal di direktori HOME user. Perlu diperhatikan bahwa package R yang diinstal di versi 4.1.2 misalnya tidak dapat digunakan oleh R versi lainnya dan sebaliknya.

Melakukan Instalasi Package R pertama kali

• Akan terdapat peringatan bahwa user tidak dapat melakukan instalasi package R di direktori global /work (di mana benar karena hanya user root yang dapat melakukannya), jawab yes.

Warning in install.packages("benchmarkme") :
  'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes

• R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user dan membuat folder bernama R. Jawab yes.

Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes

Bantuan admin EFISON untuk instalasi Package R

• Perlu diketahui bahwa terdapat Package R yang cukup sulit diinstal dari membutuhkan depedencies package R lain hingga library global.
• Apabila terdapat kesulitan instalasi package R, hubungi admin EFISON via permohonan email ke support@efisonlt.com.

Job yang tidak berjalan karena missing Package

Terkadang job akan gagal berjalan karena ada package yang belum terinstal.

• Pesan error missing package terekap di file output yang didefinisikan pada SBATCH error di Submit Script user.
• Dari pesan tersebut, user dapat melakukan instalasi package dan submit ulang job.

Kontributor

EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:

• Tim Sadasa Academy.