R: Perbedaan antara revisi
WilsonLisan (bicara | kontrib) (menambah link ke instalasi lib) |
WilsonLisan (bicara | kontrib) (→Melakukan Instalasi Package R pertama kali: reformat tabel) |
||
Baris 179: | Baris 179: | ||
=== '''Melakukan Instalasi Package R pertama kali''' === | === '''Melakukan Instalasi Package R pertama kali''' === | ||
{| class="wikitable" | |||
|'''3B''' | |||
|Akan terdapat peringatan bahwa user tidak dapat melakukan instalasi package R di direktori global /work (di mana benar karena hanya user root yang dapat melakukannya), jawab '''yes'''. | |||
Warning in install.packages("benchmarkme") : | Warning in install.packages("benchmarkme") : | ||
'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable | 'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable | ||
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) '''yes''' | Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) '''yes''' | ||
|- | |||
|'''3C''' | |||
|R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user dan membuat folder bernama R. Jawab '''yes'''. | |||
Would you like to create a personal library | Would you like to create a personal library | ||
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’ | ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’ | ||
to install packages into? (yes/No/cancel) '''yes''' | to install packages into? (yes/No/cancel) '''yes''' | ||
|} | |||
=== '''Bantuan admin EFISON untuk instalasi Package R''' === | === '''Bantuan admin EFISON untuk instalasi Package R''' === |
Revisi per 25 Maret 2022 12.34
R adalah bahasa interpreter yang didesain untuk mengerjakan komputasi statistika. Pada perkembangannya, bahasa R digunakan untuk pengolahan data di bidang data science. Software R didukung oleh The R Foundation for Statistical Computing.
Versi yang Tersedia
Versi | Dukungan MPI | Dukungan Hardware |
---|---|---|
4.1.0 "Camp Pontanezen" | ya, melalui RMPI | default: CPU, single-node
*multi-node dengan RMPI |
4.1.2 "Bird Hippie" |
R di Job Composer vs Interactive Apps
ALELEON Supercomputer dapat menjalankan komputasi R via Job Composer atau Interactive Apps Jupyter Notebook.
Menjalankan R di Job Composer VS Interactive Apps Jupyter Notebook |
---|
Melalui Job Composer:
|
Melalui interaktif Jupyter Notebook:
|
Saran admin:
|
Halaman ini untuk menjalankan R via Job Composer. Apabila ingin menjalankan R via interaktif Jupyter Notebook, klik:
R menggunakan Jupyter Notebook |
Menjalankan R di Job Composer
1 | Buka menu dashboard EFIRO Jobs > Jobs Composer
| |||||||||||
2 | Pilih New Jobs > From Template
| |||||||||||
3 |
Memilih Template R
| |||||||||||
4 |
Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job
| |||||||||||
Fitur upload pada laman Edit Files mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file. Gunakan aplikasi FTP apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB. | ||||||||||||
5 |
Mempersiapkan Instalasi Library RLihat bagian Instalasi Library Package R | |||||||||||
6A |
Melengkapi Submit Script TemplateMelalui
| |||||||||||
6B |
Panduan lengkap mengisi Submit Script: | |||||||||||
Fitur MPI pada RMPIRMPI menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
| ||||||||||||
7 |
Menjalankan JobJalankan job dengan klik tombol | |||||||||||
Berikut penjelasan kolom Status , pantau dengan refresh halaman job:
| ||||||||||||
Stop atau Cancel JobUntuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop. | ||||||||||||
8A |
Melihat hasil job yang selesaiHasil output job dapat dilihat pada kolomFolder Contents atau membuka halaman Edit Pages .
| |||||||||||
8B |
Submit Ulang JobUser dapat menjalankan ulang ruang job yang sama (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan mengklik kembali tombol |
Instalasi Library Package R
User dapat melakukan instalasi mandiri package library R secara mandiri.
1 | Buka terminal melalui dashboard EFIRO menu Clusters > Aleleon Shell Access. | ||||||
2 | Aktifkan R dengan memuat modul versi R yang akan digunakan.
| ||||||
3 | Jalankan R dan lakukan instalasi package dengan format perintah standar:
$ R > install.packages('nama-package-yang-akan-diinstal') Package akan terinstal di direktori HOME user. Perlu diperhatikan bahwa package R yang diinstal di versi 4.1.2 misalnya tidak dapat digunakan oleh R versi lainnya dan sebaliknya. |
Melakukan Instalasi Package R pertama kali
3B | Akan terdapat peringatan bahwa user tidak dapat melakukan instalasi package R di direktori global /work (di mana benar karena hanya user root yang dapat melakukannya), jawab yes.
Warning in install.packages("benchmarkme") : 'lib = "/comp/R/4.1.2-GCC10-MKL/lib64/R/library"' is not writable Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes |
3C | R akan meminta izin untuk menginstal package R di direktori HOME user dan membuat folder bernama R. Jawab yes.
Would you like to create a personal library ‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1’ to install packages into? (yes/No/cancel) yes |
Bantuan admin EFISON untuk instalasi Package R
- Perlu diketahui bahwa terdapat Package R yang cukup sulit diinstal dari membutuhkan depedencies package R lain hingga library global.
- Apabila terdapat kesulitan instalasi package R, hubungi admin EFISON via permohonan email ke support@efisonlt.com.
Job yang tidak berjalan karena missing Package
Terkadang job akan gagal berjalan karena ada package yang belum terinstal.
- Pesan error missing package terekap di file output yang didefinisikan pada SBATCH error di Submit Script user.
- Dari pesan tersebut, user dapat melakukan instalasi package dan submit ulang job.
Kontributor
EFISON mengucapkan terima kasih kepada para kontributor untuk pengujian R di ALELEON Supercomputer yang kemudian menjadi dasar penulisan tutorial di halaman ini:
- Tim Sadasa Academy.