Submit Script ALELEON Supercomputer

32Halaman ini menjelaskan panduan mengisi Submit Script yang merupakan:

• Script untuk mengalokasikan hardware komputasi dan menjalankan software user ke Compute Node.
• ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM sehingga Submit Script mengikuti tata cara penulisan SLURM.

Struktur Submit Script

Secara umum, Submit Script atau SLURM Script dipecah menjadi 4 bagian penting.

Bagian Submit Script

1. Header #!/bin/bash karena Submit Script adalah bash script.
2. Parameter SBATCH untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
   • Terdapat ratusan jenis parameter SBATCH pada SLURM dari yang standar hingga advanced.
   • Pada halaman ini, admin EFISON merangkum parameter SBATCH yang esensial untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.
3. Memuat software yang dibutuhkan untuk menjalankan job user dengan Module Environment melalui perintah module load. Apabila user tidak memuat modul software yang benar maka job tidak akan berjalan.
4. Perintah utama untuk menjalankan program user.

Tanda ////

Tanda 4 garing (////) menandai bagian yang perlu diisi oleh user. Contoh terdapat bagian script untuk menaruh nama file input:

file_input="////.inp"

Artinya user mengisi nama file input dengan menggantikan tanda //// di dalam braket tanda petik, contoh menjadi:

file_input="thesis.inp"

SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU

# Alokasi node, core thread CPU, RAM, time limit, output program & error
#SBATCH --nodes=////
#SBATCH --ntasks=////
#SBATCH --mem=////
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////

Penjelasan dan rentang nilai parameter SBATCH Partisi epyc

Alokasi Komponen	SBATCH	Nilai MAKSIMAL	Contoh penulisan
Jumlah Compute Node	--nodes	3	#SBATCH --nodes=1
Jumlah Core thread CPU	--ntasks	128 per node 384 total	#SBATCH --ntasks=64
Kapasitas RAM	--mem	240GB	#SBATCH --mem=128GB
		Penulisan angka dan satuan digabung
Walltime	--time	14-00:00:00	#SBATCH --time=08:00:00
		Format penulisan: HH:MM:SS D-HH:MM:SS
Output terminal	--output	Lihat penjelasan dibawah
Output verbose	--error

Catatan penting:

• nodes
  • Lihat tabel Dukungan Hardware pada Daftar Software Komputasi atau di halaman tutorial masing-masing software untuk menentukan apakah dapat berjalan multi-node (> 1 node) atau hanya single-node (1 node saja).
• ntasks
  • Berdasarkan arsiktektur CPU AMD yang digunakan ALELEON Supercomputer, user direkomendasikan untuk memilih jumlah ntasks berdasarkan kelipatan 4, dimulai dari 1,2,4, kemudian naik kelipatan 4 menjadi 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36, 40, dan seterusnya.
  • Penghitungan kredit CPU Core Hour (CCH) berdasarkan jumlah ntasks yang didefinisikan user.
• nodes dan ntasks untuk menjalankan program paralel MPI (satu node atau multi node)
  • Ikuti penjelasan MPI Satu Node vs Multi Node.
  • Hal ini juga berlaku untuk program paralel selain MPI (apabila ada).

• output
  • Merekap output program yang keluar di terminal. User memberikan sendiri nama file (satu kata tanpa spasi) diikuti dengan format file seperti .txt atau .out yang sering digunakan.
  • Terdapat pola penamaan dari SLURM yaitu %j yang merekap job-ID.
  • Contoh penamaan output yang sering digunakan: #SBATCH --output=result-%j.txt
    • Apabila job berjalan dengan no. ID 2555, maka nama output menjadi result-2555.txt
• error
  • Merekap output verbose program yaitu status jalannya program dan error log ketika program gagal selesai.
  • Output error bermanfaat bagi user untuk melakukan troubleshooting disaat program gagal berjalan. Admin EFISON merekomendasikan user untuk selalu menggunakan parameter error ini.
  • Format penamaan mengikuti parameter output diatas, contoh: #SBATCH --error=error-%j.txt

SBATCH Partisi gpu_ampere / Compute Node GPU

# Alokasi GPU, core thread CPU, RAM, time limit, output program & error
#SBATCH --partition=gpu_ampere
#SBATCH --gres=gpu:////
#SBATCH --ntasks=////
#SBATCH --mem=////
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////

Penjelasan dan rentang nilai parameter SBATCH Partisi gpu_ampere

Alokasi Komponen	SBATCH	Nilai MAKSIMAL	Contoh penulisan
Compute Node GPU	--partition	#SBATCH --partition=gpu_ampere
Jumlah GPU	--gres=gpu:	3	#SBATCH --gres=gpu:1
Jumlah Core thread CPU	--ntasks	32	#SBATCH --ntasks=16
Kapasitas RAM	--mem	120GB	#SBATCH --mem=64GB
		Penulisan angka dan satuan digabung
Walltime	--time	14-00:00:00	#SBATCH --time=08:00:00
		Format penulisan: HH:MM:SS D-HH:MM:SS
Output terminal	--output	Lihat penjelasan dibawah
Output verbose	--error

Catatan penting:

• gres=gpu:<jumlah-GPU>
  • Penghitungan kredit GPU Hour (GH) berdasarkan jumlah gres gpu yang didefinisikan user.
• ntasks
  • Berdasarkan arsiktektur CPU AMD yang digunakan ALELEON Supercomputer, user direkomendasikan untuk memilih jumlah ntasks berdasarkan kelipatan 4, dimulai dari 1,2,4, kemudian naik kelipatan 4 menjadi 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32.
  • Penghitungan kredit CPU Core Hour (CCH) berdasarkan jumlah ntasks yang didefinisikan user.
• output
  • Merekap output program yang keluar di terminal. User memberikan sendiri nama file (satu kata tanpa spasi) diikuti dengan format file seperti .txt atau .out yang sering digunakan.
  • Terdapat pola penamaan dari SLURM yaitu %j yang merekap job-ID.
  • Contoh penamaan output yang sering digunakan: #SBATCH --output=result-%j.txt
    • Apabila job berjalan dengan no. ID 2555, maka nama output menjadi result-2555.txt
• error
  • Merekap output verbose program yaitu status jalannya program dan error log ketika program gagal selesai.
  • Output error bermanfaat bagi user untuk melakukan troubleshooting disaat program gagal berjalan. Admin EFISON merekomendasikan user untuk selalu menggunakan parameter error ini.
  • Format penamaan mengikuti parameter output diatas, contoh: #SBATCH --error=error-%j.txt

SBATCH Notifikasi e-mail

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email. SBATCH notifikasi e-mail secara default ada pada semua template di Job Composer.

#SBATCH --mail-user=////
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end

• mail-user
  • Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
• mail-type=begin
  • Notifikasi email yang menginfokan job sudah mulai.
• mail-type=end
  • Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
  • Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari SBATCH output dan error job user.

Memuat Software dengan module load

Untuk menjalankan software di Compute Node, user harus memuat software yang dibutuhkan melalui perintah module load pada Submit Script:

module load nama-modul-software

• Perintah module load harus ditaruh sebelum penulisan perintah menjalankan program.

• Template software komputasi sudah menyertakan module load yang diperlukan.
• Pada template umum (misalnya Default Template, MPI - Template Kosong, Python - Template Kosong, dll), user harus menulis sendiri module load yang dibutuhkan.
• Daftar lengkap nama modul software dapat ditemukan pada Katalog Software ALELEON Supercomputer.