Submit Script ALELEON Supercomputer
Halaman ini menjelaskan panduan memahami, membuat, dan mengisi SLURM Submit Script untuk melakukan job submission ke Compute Node.
Bahasa Bash
SLURM Submit Script menggunakan bahasa bash dengan standar versi 4.4.
Struktur Submit Script
Secara umum, Submit Script atau SLURM Script dipecah menjadi 4 bagian penting.
- Header #!/bin/bash karena Submit Script adalah bash script.
- Parameter SBATCH untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
- Memuat modul software yang dibutuhkan untuk menjalankan komputasi user dengan Module Environment.
- Alur perintah untuk menjalankan program user.
Note:
|
Tanda ////
Dalam membuat template SLURM Submit Script, admin EFISON menggunakan tanda 4 garing (////) untuk menandai bagian yang perlu diisi oleh user. Contoh terdapat bagian script untuk menaruh nama file input:
FILE_INPUT="////.in"
Artinya user mengisi nama file input dengan menggantikan tanda //// di dalam braket tanda petik, contoh menjadi:
FILE_INPUT="myskripsi.in"
SBATCH untuk Compute Node CPU (Partisi epyc)
Berikut adalah daftar SBATCH yang esensial (dan biasanya akan ditemukan pada banyak template) untuk menjalankan komputasi di Compute Node CPU atau Partisi epyc.
#SBATCH --nodes=<jumlah-compute-node> #SBATCH --ntasks=<jumlah-core-CPU> #SBATCH --mem=<jumlah-memori-RAM> #SBATCH --time=<jumlah-limit-waktu-komputasi> #SBATCH --output=<output-textfile> #SBATCH --error=<output-verbose-dan-error-log-textfile>
SBATCH | Penjelasan | |||||
---|---|---|---|---|---|---|
nodes | Alokasi jumlah Compute Node CPU yang digunakan. | |||||
#SBATCH --nodes=<jumlah-compute-node>
| ||||||
ntasks | Alokasi jumlah core CPU yang digunakan. | |||||
#SBATCH --ntasks=<jumlah-core-CPU>
| ||||||
Note:
| ||||||
Apabila user ingin menjalankan komputasi paralel lebih dari 2 Compute Node (dengan program yang mendukung seperti MPI), silahkan lihat panduan tambahan: | ||||||
mem | Alokasi jumlah memori RAM yang digunakan. Admin merekomendasikan satuan MB atau GB. | |||||
#SBATCH --mem=<jumlah-memori>MB|GB
| ||||||
Partisi epyc mempunyai satu node spesial dengan kapasitas RAM hingga 500GB (dibandingkan standar 240GB). Apabila user membutuhkan RAM lebih dari 240GB, gunakan kombinasi SBATCH berikut:
#SBATCH --nodelist=epyc001 #SBATCH --mem=<maks-hingga-500GB> Note:
| ||||||
time | Alokasi limit waktu untuk menjalankan job. Apabila waktu jalannya program melebihi limit maka akan dihentikan (kill) secara otomatis oleh SLURM. | |||||
#SBATCH --time=<HH:MM:SS> atau #SBATCH --time=<D-HH:MM:SS>
| ||||||
output | Output textfile untuk merekap output terminal. User mendefinisikan nama dan format file.
| |||||
#SBATCH --output=<nama-file-output>.<format-file>
| ||||||
error | Output textfile untuk merekap output verbose (status jalannya program dan error log ketika program gagal berjalan).
| |||||
#SBATCH --error=<nama-file-output>.<format-file>
|
SBATCH untuk Compute Node GPU (Partisi ampere)
Berikut adalah daftar SBATCH yang esensial untuk menjalankan komputasi di Compute Node GPU atau Partisi ampere.
#SBATCH --partition=ampere #SBATCH --gres=gpu:<jumlah-GPU> #SBATCH --ntasks=<jumlah-core-CPU> #SBATCH --mem=<jumlah-memori-RAM> #SBATCH --time=<jumlah-limit-waktu-komputasi> #SBATCH --output=<output-textfile> #SBATCH --error=<output-verbose-dan-error-log-textfile>
SBATCH | Penjelasan | |
---|---|---|
#SBATCH --partition=ampere bertujuan untuk menjalankan job submission di Compute Node GPU.
| ||
gres=gpu | Alokasi jumlah GPU yang digunakan. | |
#SBATCH --gres=gpu:<jumlah-GPU>
| ||
ntasks | Alokasi jumlah core CPU yang digunakan. | |
#SBATCH --ntasks=<jumlah-core-CPU>
| ||
Note:
| ||
mem | Alokasi jumlah memori RAM yang digunakan. Admin merekomendasikan satuan MB atau GB. | |
#SBATCH --mem=<jumlah-memori>MB|GB
| ||
time | Alokasi limit waktu untuk menjalankan job. Apabila waktu jalannya program melebihi limit maka akan dihentikan (kill) secara otomatis oleh SLURM. | |
#SBATCH --time=<HH:MM:SS> atau #SBATCH --time=<D-HH:MM:SS>
| ||
output | Output textfile untuk merekap output terminal. User mendefinisikan nama dan format file.
| |
#SBATCH --output=<nama-file-output>.<format-file>
| ||
error | Output textfile untuk merekap output verbose (status jalannya program dan error log ketika program gagal berjalan).
| |
#SBATCH --error=<nama-file-output>.<format-file>
|
SBATCH Notifikasi e-mail
SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email.
Silahkan tambahan SBATCH berikut apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:
#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> #SBATCH --mail-type=begin #SBATCH --mail-type=end
- mail-user
- Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
- mail-type=begin
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah berjalan.
- mail-type=end
- Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
- Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari file output SBATCH output dan error job user.
Memuat Software dengan module load
Modul software pada SLURM Submit Script berfungsi supaya Compute Node dapat menjalankan software yang dibutuhkan oleh komputasi user. Masukkan line script berikut:
module load <nama-modul-software-yang-digunakan-untuk-komputasi-user>
Tulis script module load tersebut sebelum menulis run script jalannya program.
- Daftar lengkap nama modul software dapat ditemukan pada Katalog Software ALELEON Supercomputer.