Submit Script ALELEON Supercomputer

Dari ALELEON by EFISON

Revisi sejak 15 Maret 2022 03.55 oleh WilsonLisan (bicara | kontrib) (WilsonLisan memindahkan halaman SLURM Script ALELEON Supercomputer ke Submit Script ALELEON Supercomputer: Menyetarakan dengan nama di OOD)

Halaman ini menjelaskan panduan memahami dan mengisi parameter resources pada SLURM Script beserta contohnya berdasarkan hardware ALELEON Supercomputer.

Tanda ////

Tanda 4 garing (////) digunakan oleh admin EFISON untuk menandai bagian yang perlu diisi oleh user. Contoh terdapat bagian script untuk menaruh nama file input: 

file_input="////.inp"

Artinya user mengisi nama file input dengan menggantikan tanda //// di dalam braket tanda petik, contoh menjadi: 

file_input="ayam_goreng.inp"

Struktur SLURM Script

Secara umum, Submit Script atau SLURM Script dipecah menjadi 4 bagian penting.

  1. Header #!/bin/bash karena SLURM Script adalah bash script.
  2. Parameter SBATCH untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
    • Terdapat ratusan jenis parameter SBATCH pada SLURM dari yang standar hingga advanced. Pada halaman ini, admin EFISON merangkum parameter SBATCH yang esensial untuk penggunaan ALELEON Supercomputer.
  3. Memuat software yang dibutuhkan untuk menjalankan job user dengan Module Environment. Apabila user tidak memuat modul software yang benar maka job tidak akan berjalan.
  4. Perintah utama untuk menjalankan program user.

Resources ALELEON Supercomputer di SLURM

Sebelum menentukan alokasi resource job pada SBATCH, user harus mengetahui spesifikasi hardware dari ALELEON Supercomputer:

Komponen Kapasitas
Partisi epyc - Compute Node CPU
Node 3
Core CPU per node 128
Core CPU total 384
RAM per node 240GB
Partisi gpu_ampere - Compute Node GPU
Node 1
Core CPU 128
GPU 2
RAM 125GB

EFISON mengaktifkan SMT (Simultaneous Multi-Threading) pada semua CPU AMD di ALELEON Supercomputer sehingga masing-masing CPU mempunyai 2 core thread per 1 core fisik. Info lebih detail dapat dipelajari pada laman Spesifikasi ALELEON Supercomputer.

Secara default, penggunaan CPU pada ALELEON Supercomputer didasarkan pada core thread, termasuk penghitungan penggunaan komputasi CPU Core Hour user.

SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU

# Alokasi node, core thread CPU, RAM, time limit, output program & error
#SBATCH --nodes=////
#SBATCH --ntasks=////
#SBATCH --mem=////
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////
  • nodes
    • Alokasi jumlah node yang digunakan.
    • Contoh mengalokasikan 1 node: #SBATCH --nodes=1
    • Nilai maksimal nodes = 3
  • ntasks
    • Alokasi jumlah core thread CPU yang digunakan.
    • Contoh mengalokasikan 32 core thread CPU: #SBATCH --ntasks=32
    • Nilai maksimal ntasks adalah kelipatan 128 per 1 node:
Jumlah node ntasks maks
1 128
2 256
3 384
  • mem
    • Alokasi kapasitas RAM per node yang digunakan, diikuti dengan satuan KB, MB, atau GB.
    • Contoh mengalokasikan RAM 32GB: #SBATCH --mem=32GB
    • Nilai maksimal mem = 240GB
  • time
    • Alokasi walltime (waktu maksimal) yang diizinkan untuk menjalankan job, mengikuti format penulisan:
      • HH:MM:SS. Contoh alokasi 2 jam: #SBATCH --time=02:00:00
      • D-HH:MM:SS. Contoh alokasi 2 hari: #SBATCH --time=2-00:00:00
    • Nilai maksimal walltime = 14-00:00:00
  • output
    • Merekap output program yang keluar di terminal. User memberikan sendiri nama file (satu kata tanpa spasi) diikuti dengan format file seperti .txt atau .out yang sering digunakan.
    • Terdapat penamaan pattern dari SLURM yaitu %j yang merekap job-ID.
    • Contoh penamaan output yang sering digunakan: #SBATCH --output=result-%j.txt
    • Apabila job berjalan dengan no. ID 2555, maka nama output menjadi result-2555.txt
  • error
    • Merekap output verbose program yaitu status jalannya program seperti "job sudah berjalan!" dan error log ketika program gagal selesai.
    • Output error sangat bermanfaat bagi user untuk melakukan troubleshooting disaat program gagal berjalan. Admin EFISON merekomendasikan user untuk selalu menggunakan parameter error ini.
    • Format penamaan mengikuti parameter output diatas, contoh: #SBATCH --error=error-%j.txt

SBATCH Partisi gpu_ampere / Compute Node GPU

Secara umum mengikuti format SBATCH yang sama dengan penjelasan SBATCH Partisi epyc diatas plus diikuti dengan tambahan parameter: 

# Alokasi GPU, core thread CPU, RAM, time limit, output program & error
#SBATCH --partition=gpu_ampere
#SBATCH --gres=gpu:////
#SBATCH --ntasks=////
#SBATCH --mem=////
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////
  • partition=gpu_ampere
    • Mengalokasikan job ke Compute Node GPU gpu_ampere
  • gres=gpu:<jumlah-GPU>
    • Alokasi Jumlah GPU yang digunakan.
    • Contoh mengalokasikan 1 GPU: #SBATCH --gres=gpu:1
    • Nilai maksimal GPU = gpu:2
  • Nilai maksimal ntasks = 128
  • Nilai maksimal mem = 125GB
  • Nilai maksimal walltime = 14-00:00:00

SBATCH Notifikasi e-mail

SLURM pada ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email. User dapat menambahkan parameter berikut untuk menerima notifikasi email dari SLURM: 

#SBATCH --mail-user=////
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
  • mail-user
    • Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
  • mail-type=begin
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah mulai.
  • mail-type=end
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
    • Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari SBATCH output dan error job user.

Dasar Menentukan Alokasi nodes, ntasks, dan mem

Berikut adalah aturan dan rekomendasi admin EFISON untuk user supaya dapat mengalokasikan resources komputasi nodes, ntasks, dan mem dengan benar di ALELEON Supercomputer:

Menentukan Jumlah Node

Jenis Program nodes maksimal
Non-MPI 1
MPI atau paralel 3

Jumlah node ditentukan dari jenis program yang dijalankan yaitu program MPI dan non-MPI:

  • Program MPI adalah program yang ditulis berdasarkan pemrograman paralel MPI (Message Parallel Interface) di mana dapat berjalan pada satu atau lebih dari satu node.
  • Program non-MPI adalah program yang tidak ditulis dengan pemodelan MPI atau paralel sehingga hanya dapat berjalan pada 1 node.

Apabila user menjalankan program komputasi yang tersedia di ALELEON Supercomputer, user dapat mengetahui bahwa program tersebut adalah MPI atau tidak dengan memperhatikan kolom "Dukungan MPI" di tabel daftar software komputasi ALELEON Supercomputer

---

Jumlah Core Thread CPU: Kelipatan 4

Berdasarkan arsiktektur CPU AMD yang digunakan oleh ALELEON Supercomputer, user direkomendasikan untuk memilih jumlah core thread CPU (ntasks) berdasarkan kelipatan 4, dimulai dari 1,2,4, kemudian naik kelipatan 4 menjadi 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36, 40, dan seterusnya.

---

Memperkirakan Kapasitas RAM yang Digunakan

Tidak ada aturan baku untuk mengetahui hal ini karena bergantung dengan jenis software dan besarnya skala input yang dijalankan user. Admin EFISON dapat memberikan saran untuk menggunakan jumlah RAM 0.5GB per ntasks sebagai basis. Contoh:

  • ntasks=8, alokasikan mem 4GB.
  • ntasks=32, alokasikan mem 16GB.

User dapat menggunakan kapasitas RAM yang lebih besar (contoh 2GB per ntasks atau lebih) apabila user mengetahui bahwa program yang dijalankan membutuhkan kapasitas RAM besar atau program gagal berjalan dengan alokasi RAM 0.5GB per ntasks.

Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Submit_Script_ALELEON_Supercomputer&oldid=762"