Submit Script ALELEON Supercomputer

Dari ALELEON by EFISON

Halaman ini menjelaskan panduan mengisi Submit Script yang merupakan:

  • Script untuk mengalokasikan hardware komputasi dan menjalankan software user ke Compute Node.
  • ALELEON Supercomputer menggunakan manajemen SLURM sehingga Submit Script mengikuti tata cara penulisan SLURM.

Struktur Submit Script

Secara umum, Submit Script atau SLURM Script dipecah menjadi 4 bagian penting.

Bagian Submit Script
  1. Header #!/bin/bash karena Submit Script adalah bash script.
  2. Parameter SBATCH untuk mengalokasikan resources job seperti CPU, RAM, GPU, time, dll.
    • Terdapat ratusan jenis parameter SBATCH pada SLURM dari yang standar hingga advanced.
    • Pada halaman ini, admin EFISON merangkum parameter SBATCH yang esensial untuk menggunakan ALELEON Supercomputer.
  3. Memuat software yang dibutuhkan untuk menjalankan job user dengan Module Environment melalui perintah module load. Apabila user tidak memuat modul software yang benar maka job tidak akan berjalan.
  4. Perintah utama untuk menjalankan program user.

Tanda ////

Tanda 4 garing (////) menandai bagian yang perlu diisi oleh user. Contoh terdapat bagian script untuk menaruh nama file input: 

file_input="////.inp"

Artinya user mengisi nama file input dengan menggantikan tanda //// di dalam braket tanda petik, contoh menjadi:

file_input="thesis.inp"

SBATCH Partisi epyc / Compute Node CPU

# Alokasi node, core thread CPU, RAM, time limit, output program & error
#SBATCH --nodes=////
#SBATCH --ntasks=////
#SBATCH --mem=////
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////
Komponen SBATCH Nilai Maksimal
Node nodes 3
Core thread CPU ntasks 128 per node

384 total

RAM mem 240GB per node
Walltime time 14-00:00:00
  • nodes
    • Alokasi jumlah node atau unit server Compute Node yang digunakan.
    • Contoh mengalokasikan 1 node: #SBATCH --nodes=1.
    • Lihat tabel Dukungan Hardware pada Daftar Software Komputasi atau di halaman tutorial masing-masing software untuk menentukan apakah dapat berjalan multi-node (> 1 node) atau hanya single-node (1 node saja).
  • ntasks
    • Alokasi jumlah core thread CPU yang digunakan.
    • Contoh mengalokasikan 32 core thread CPU: #SBATCH --ntasks=32.
    • Berdasarkan arsiktektur CPU AMD yang digunakan ALELEON Supercomputer, user direkomendasikan untuk memilih jumlah ntasks berdasarkan kelipatan 4, dimulai dari 1,2,4, kemudian naik kelipatan 4 menjadi 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32, 36, 40, dan seterusnya.
    • Catatan penting:
      • Penghitungan kredit CPU Core Hour (CCH) berdasarkan jumlah ntasks yang didefinisikan user.
      • CPU AMD pada ALELEON Supercomputer berjalan dengan SMT (Simultaneous Multi-Threading) aktif sehingga ntasks mewakili core thread CPU.

---

Berikut adalah aturan umum menetapkan nilai nodes dan ntasks di Partisi epyc:

Jumlah ntasks Jumlah nodes
1 - 128 1
129 - 256 2
257 - 384 3

Khusus untuk multi-node program MPI lihat MPI Satu Node vs Multi Node.

---

  • mem
    • Alokasi kapasitas RAM per node yang digunakan, diikuti dengan satuan KB, MB, atau GB.
    • Contoh mengalokasikan RAM 32GB: #SBATCH --mem=32GB
    • Tidak ada aturan baku untuk memilih jumlah RAM. Apabila tidak dapat memperkirakan kebutuhan RAM, admin EFISON menyarankan user untuk memilih jumlah RAM 0.5GB per ntasks sebagai basis, contoh:
      • ntasks=8, alokasikan mem 4GB.
      • ntasks=32, alokasikan mem 16GB.
    • User dapat menggunakan kapasitas RAM yang lebih besar apabila mengetahui bahwa program yang dijalankan membutuhkan kapasitas RAM besar atau alokasi RAM 0.5GB per ntasks tidak cukup.
  • time
    • Alokasi walltime (waktu maksimal) yang diizinkan untuk menjalankan job, mengikuti format penulisan:
      • HH:MM:SS. Contoh alokasi 2 jam: #SBATCH --time=02:00:00
      • D-HH:MM:SS. Contoh alokasi 2 hari: #SBATCH --time=2-00:00:00
  • output
    • Merekap output program yang keluar di terminal. User memberikan sendiri nama file (satu kata tanpa spasi) diikuti dengan format file seperti .txt atau .out yang sering digunakan.
    • Terdapat penamaan pattern dari SLURM yaitu %j yang merekap job-ID.
    • Contoh penamaan output yang sering digunakan: #SBATCH --output=result-%j.txt
    • Apabila job berjalan dengan no. ID 2555, maka nama output menjadi result-2555.txt
  • error
    • Merekap output verbose program yaitu status jalannya program seperti "job sudah berjalan!" dan error log ketika program gagal selesai.
    • Output error sangat bermanfaat bagi user untuk melakukan troubleshooting disaat program gagal berjalan. Admin EFISON merekomendasikan user untuk selalu menggunakan parameter error ini.
    • Format penamaan mengikuti parameter output diatas, contoh: #SBATCH --error=error-%j.txt

SBATCH Partisi gpu_ampere / Compute Node GPU

# Alokasi GPU, core thread CPU, RAM, time limit, output program & error
#SBATCH --partition=gpu_ampere
#SBATCH --gres=gpu:////
#SBATCH --ntasks=////
#SBATCH --mem=////
#SBATCH --time=////
#SBATCH --output=////
#SBATCH --error=////
Komponen SBATCH Nilai Maksimal
Node nodes 1
Core thread CPU ntasks 32
GPU gres=gpu 3
RAM mem 125GB
Walltime time 14-00:00:00
  • partition=gpu_ampere
    • Mengalokasikan job ke Compute Node GPU gpu_ampere
  • gres=gpu:<jumlah-GPU>
    • Alokasi Jumlah GPU yang digunakan.
    • Contoh mengalokasikan 1 GPU: #SBATCH --gres=gpu:1
    • Contoh mengalokasikan 2 GPU: #SBATCH --gres=gpu:2
    • Catatan penting:
      • Penghitungan kredit GPU Hour (GH) berdasarkan jumlah gres gpu yang didefinisikan user.
  • ntasks
    • Alokasi jumlah core thread CPU yang digunakan.
    • Contoh mengalokasikan 32 core thread CPU: #SBATCH --ntasks=32.
    • Berdasarkan arsiktektur CPU AMD yang digunakan ALELEON Supercomputer, user direkomendasikan untuk memilih jumlah ntasks berdasarkan kelipatan 4, dimulai dari 1,2,4, kemudian naik kelipatan 4 menjadi 8, 12, 16, 20, 24, 28, 32.
    • Catatan penting:
      • Penghitungan kredit CPU Core Hour (CCH) berdasarkan jumlah ntasks yang didefinisikan user.
      • CPU AMD pada ALELEON Supercomputer berjalan dengan SMT (Simultaneous Multi-Threading) aktif sehingga ntasks mewakili core thread CPU.
  • mem
    • Alokasi kapasitas RAM per node yang digunakan, diikuti dengan satuan KB, MB, atau GB.
    • Contoh mengalokasikan RAM 32GB: #SBATCH --mem=32GB
    • Tidak ada aturan baku untuk memilih jumlah RAM. Apabila tidak dapat memperkirakan kebutuhan RAM, admin EFISON menyarankan user untuk memilih jumlah RAM 0.5GB per ntasks sebagai basis, contoh:
      • ntasks=8, alokasikan mem 4GB.
      • ntasks=32, alokasikan mem 16GB.
    • User dapat menggunakan kapasitas RAM yang lebih besar apabila mengetahui bahwa program yang dijalankan membutuhkan kapasitas RAM besar atau alokasi RAM 0.5GB per ntasks tidak cukup.
  • time
    • Alokasi walltime (waktu maksimal) yang diizinkan untuk menjalankan job, mengikuti format penulisan:
      • HH:MM:SS. Contoh alokasi 2 jam: #SBATCH --time=02:00:00
      • D-HH:MM:SS. Contoh alokasi 2 hari: #SBATCH --time=2-00:00:00
  • output
    • Merekap output program yang keluar di terminal. User memberikan sendiri nama file (satu kata tanpa spasi) diikuti dengan format file seperti .txt atau .out yang sering digunakan.
    • Terdapat penamaan pattern dari SLURM yaitu %j yang merekap job-ID.
    • Contoh penamaan output yang sering digunakan: #SBATCH --output=result-%j.txt
    • Apabila job berjalan dengan no. ID 2555, maka nama output menjadi result-2555.txt
  • error
    • Merekap output verbose program yaitu status jalannya program seperti "job sudah berjalan!" dan error log ketika program gagal selesai.
    • Output error sangat bermanfaat bagi user untuk melakukan troubleshooting disaat program gagal berjalan. Admin EFISON merekomendasikan user untuk selalu menggunakan parameter error ini.
    • Format penamaan mengikuti parameter output diatas, contoh: #SBATCH --error=error-%j.txt

SBATCH Notifikasi e-mail

SLURM pada ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user untuk mengabarkan apabila job user sudah berjalan atau selesai. SLURM ALELEON Supercomputer menggunakan nama email Jojo untuk mengirim notifikasi email. SBATCH notifikasi e-mail secara default ada pada semua template di Job Composer. 

#SBATCH --mail-user=////
#SBATCH --mail-type=begin
#SBATCH --mail-type=end
  • mail-user
    • Alamat email user untuk menerima notifikasi SLURM
  • mail-type=begin
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah mulai.
  • mail-type=end
    • Notifikasi email yang menginfokan job sudah selesai.
    • Sekaligus memberikan cuplikan 20 baris terakhir dari SBATCH output dan error job user.

Memuat Software dengan module load

Untuk menjalankan software di Compute Node, user harus memuat software yang dibutuhkan melalui perintah module load pada Submit Script: 

module load nama-modul-software
  • Perintah module load harus ditaruh sebelum penulisan perintah menjalankan program.
  • Template software komputasi sudah menyertakan module load yang diperlukan.
  • Pada template umum (misalnya Default Template, MPI - Template Kosong, Python - Template Kosong, dll), user harus menulis sendiri module load yang dibutuhkan.
  • Daftar lengkap nama modul software dapat ditemukan pada Katalog Software ALELEON Supercomputer.
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Submit_Script_ALELEON_Supercomputer&oldid=766"