Katalog Software ALELEON Supercomputer

Dari ALELEON by EFISON

Halaman ini memuat daftar software di ALELEON Supercomputer dan info penggunaan untuk beberapa set software spesifik.

Layanan Gratis Instalasi Software

Admin EFISON memberikan layanan instalasi software gratis beserta optimasinya di ALELEON Supercomputer baik untuk user maupun calon user. User dapat melayangkan permohonan instalasi software dengan menghubungi admin EFISON melalui support@efisonlt.com.

Layanan mencakup:
  • Instalasi software beserta optimasinya.
  • Memastikan software bekerja dengan baik1.
  • Pembuatan halaman tutorial wiki untuk menjalankan software tersebut.
Persyaratan layanan:
  • Penilaian admin bahwa software dapat berjalan di ALELEON Supercomputer.
  • Apabila software yang diinstal mempunyai lisensi open-source:
    • Software diinstal secara global dimana dapat diakses oleh semua user.
  • Apabila software yang diinstal mempunyai lisensi berbayar atau non-komersial:
    • Source code / package dan lisensi disediakan oleh dan atas nama user.
    • Membutuhkan kolaborasi dengan user terkait alur instalasi, lisensi, dan akses software.

Note:

  1. Apabila dibutuhkan, tim admin akan memohon kolaborasi dengan user bersangkutan untuk menguji instalasi software seperti dengan akun testing (gratis) atau membantu menyediakan file input / pengujian. Kami dapat menyediakan akun testing untuk pengujian ini dan bersifat gratis / tidak berbayar.

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

SIlahkan klik gambar dibawah ini untuk melihat daftar software komputasi dan tutorial penggunaan di ALELEON Supercomputer:

Daftar Software Komputasi dan Tutorial Penggunaan

Daftar Compiler C/C++/Fortran

ALELEON Supercomputer menyediakan compiler C/C++/Fortran dari:

  • Bawaan OS yaitu GNU GCC 8.5.0-20 Red Hat.
  • GNU (GCC).
  • AMD (AOCC atau AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers).
  • NVIDIA (NVIDIA HPC Compilers via NVIDIA HPC SDK Toolkit).
  • Intel oneAPI (tidak menyediakan compiler Fortran)
Wrapper Compiler C/C++/Fortran
Compiler C C++ Fortran
GCC gcc g++ gfortran
AOCC clang flang
NVIDIA nvc nvc++ nvfortran
Intel oneAPI icx icpx -
Modul GCC
Nama dan Versi Nama Modul
GCC 8.3.0 GCC/8.3.0
GCC 8.4.0 GCC/8.4.0
GCC 10.2.0 GCC/10.2.0
atau GCC
GCC 10.3.0 GCC/10.3.0
GCC 11.2.0 GCC/11.2.0
GCC 11.3.0 GCC/11.3.0
GCC 12.2.0 GCC/12.2.0
GCC 12.3.0 GCC/12.3.0
GCC 13.2.0 GCC/13.2.0
Modul AOCC
Nama dan Versi Nama Modul
AOCC 3.1.0 aocc/3.1.0
AOCC 4.2.0 aocc/4.2.0
atau aocc
Modul NVIDIA HPC Compilers
Nama dan Versi Nama Modul
NVIDIA Compilers 23.1-0 nvhpc-nompi/23.1
Modul Intel oneAPI compiler
Nama dan Versi Nama Modul
oneAPI 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-BaseToolkit
oneAPI 2023.2.0 oneapi/2023.2.0-CompilerOnly

Daftar Compiler MPI (Message Passing Interface)

Compiler MPI digunakan untuk compiling program paralel yang ditulis dengan library MPI. ALELEON Supercomputer memilih Open MPI sebagai MPI utama dengan optimasi sesuai arsitektur AMD Zen2 dan protokol network UCX.

Wrapper Compiler MPI
Compiler C C++ Fortran
Open MPI mpicc mpic++ mpifort
Modul Open MPI
Nama dan Versi Nama Modul
Open MPI 4.0.5 (GCC 9.3.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-9.3.0
Open MPI 4.0.5 (GCC 10.2.0) OpenMPI/4.0.5-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.0 (GCC 10.2.0) openmpi/4.1.0-GCC-10.2.0
Open MPI 4.1.1 (GCC 10.3.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-10.3.0
Open MPI 4.1.1 (GCC 11.2.0) OpenMPI/4.1.1-GCC-11.2.0
Open MPI 4.1.3 (GCC 11.2.0 + CUDA 11.6) openmpi/4.1.3-GCC-11.2.0-CUDA-11.6
Open MPI 4.1.4 (GCC 11.3.0) OpenMPI/4.1.4-GCC-11.3.0
Open MPI 4.1.4 (GCC 12.2.0) OpenMPI/4.1.4-GCC-12.2.0
Open MPI 4.1.5 (GCC 12.3.0) OpenMPI/4.1.5-GCC-12.3.0
Open MPI 4.1.6 (GCC 13.2.0) OpenMPI/4.1.6-GCC-13.2.0
atau OpenMPI

Daftar Library CPU Matematika

Library CPU matematika mencakup BLAS, LAPACK, scaLAPACK, FFTW, dan Eigensolver untuk menjalankan program dengan algoritma numerik. ALELEON Supercomputer menyediakan library CPU matematika dari berbagai pembuat yang telah disesuaikan untuk bekerja dengan CPU AMD EPYC Zen 2.

Modul AMD Optimizing CPU Libraries (AOCL)

Modul AOCL
Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Math library AOCL LibM 3.6 (GCC) LibM/3.6-AOCL2.2-GCC
Math library AOCL LibM 3.7 (GCC 11) LibM/3.7-GCC11
Math library AOCL LibM 3.8 (GCC 11) LibM/3.8-AOCL3.1-GCC11
Math library AOCL LibM 4.0 (GCC 11.3) LibM/4.0-GCC11.3
Math library AOCL LibM 4.2 (AOCC 4.2) LibM/4.2-AOCL-AOCC4.2
Math library AOCL LibM 4.2 (GCC 13.1) LibM/4.2-AOCL-GCC13.1
atau LibM
BLAS AOCL BLIS 3.0 (GCC 10) blis/3.0-AOCL-GCC10
BLAS AOCL BLIS 3.0.1 (GCC 11) blis/3.0.1-AOCL-GCC11
BLAS AOCL BLIS 4.0 (GCC 11.3) blis/4.0-AOCL-GCC11.3
BLAS AOCL BLIS 4.2 (AOCC 4.2) blis/4.2-AOCL-AOCC4.2
BLAS AOCL BLIS 4.2 (GCC 13.1) blis/4.2-AOCL-GCC13.1
atau blis
FFTW3 AOCL FFTW 3.0 (GCC 10) fftw/3.0-AOCL-GCC10
FFTW3 AOCL FFTW 3.0.1 (GCC 11) fftw/3.0.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 3.1 (GCC 11) fftw/3.1-AOCL-GCC11
FFTW3 AOCL FFTW 4.0 (GCC 11.3) fftw/4.0-AOCL-GCC11.3
FFTW3 AOCL FFTW 4.2 (AOCC 4.2) fftw/4.2-AOCL-AOCC4.2
FFTW3 AOCL FFTW 4.2 (GCC 13.1) fftw/4.2-AOCL-GCC13.1
atau fftw
LAPACK AOCL libFLAME 3.0 (GCC 10) libflame/3.0-AOCL-GCC10
LAPACK AOCL libFLAME 3.0.1 (GCC 11) libflame/3.0.1-AOCL-GCC11
LAPACK AOCL libFLAME 4.0 (GCC 11.3) libflame/4.0-AOCL-GCC11.3
LAPACK AOCL libFLAME 4.2 (AOCC 4.2) libflame/4.2-AOCL-AOCC4.2
LAPACK AOCL libFLAME 4.2 (GCC 13.1) libflame/4.2-AOCL-GCC13.1
atau libflame
ScaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • AOCL libFLAME 3.0.1
  • GCC 10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-Libflame-GCC10
ScaLAPACK AMD ScaLAPACK 3.0, linked:
  • AOCL BLIS 3.0.1
  • Netlib LAPACK 3.10
  • GCC 10
 scalapack/3.0-AOCL-BLIS-LAPACK-GCC10
ScaLAPACK AMD ScaLAPACK 4.0 (GCC 11.3) scalapack/4.0-AOCL-GCC11.3
ScaLAPACK AMD ScaLAPACK 4.2 (AOCC 4.2) scalapack/4.2-AOCL-AOCC4.2
ScaLAPACK AMD ScaLAPACK 4.2 (GCC 13.1) scalapack/4.2-AOCL-GCC13.1
atau scalapack

Modul Intel oneAPI MKL (Math Kernel Library)

Intel oneAPI MKL mengandung BLAS, LAPACK, ScaLAPACK, dan FFTW3.

Nama dan Versi Nama Modul
oneAPI MKL 2021.1.0.2659 oneapi/2021.1.0.2659-MKLOnly
oneAPI MKL 2021.3.0.3219 oneapi/2021.3.0.3219-MKLOnly
oneAPI MKL 2022.2.1.16993 oneapi/2022.2.1.16993-MKLOnly
oneAPI MKL 2024.1.0.695 oneapi/2024.1.0.695-MKLOnly
atau oneapi

Modul Library CPU lainnya

Kategori Nama dan Versi Nama Modul
Math library LibM 3.7 LibM/3.7-GCC11
Math library LibM 4.0 LibM/4.0-GCC11.3
BLAS OpenBLAS 0.3.7 (GCC 8.3.0) OpenBLAS/0.3.7-GCC-8.3.0
BLAS OpenBLAS 0.3.12 (GCC 10.2.0) OpenBLAS/0.3.12-GCC-10.2.0
BLAS OpenBLAS 0.3.15 (GCC 10.3.0) OpenBLAS/0.3.15-GCC-10.3.0
BLAS OpenBLAS 0.3.23 (GCC 12.3.0) OpenBLAS/0.3.23-GCC-12.3.0
atau OpenBLAS
LAPACK Netlib LAPACK 3.9, linked:
  • GCC 10
  • AMD BLIS 3.0
 lapack/3.9-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.10, linked:
  • GCC 10
  • AMD BLIS 3.0.1
 lapack/3.10-BLIS-GCC10
LAPACK Netlib LAPACK 3.11, linked:
  • GCC 11.3
  • AMD BLIS 4.0
 lapack/3.11-GCC11.3-BLIS4.0
atau lapack
ScaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • AOCL libFLAME 3.0
 scalapack/2.1-BLIS-Libflame-GCC10
ScaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • AOCL BLIS 3.0
  • Netlib LAPACK 3.9
 scalapack/2.1-BLIS-LAPACK-GCC10
ScaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GoMPI 2020b
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2020b
ScaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.1, linked:
  • GoMPI 2021a-fb
 ScaLAPACK/2.1.0-gompi-2021a-fb
ScaLAPACK Netlib ScaLAPACK 2.2.0, linked:
  • GoMPI 2023a-fb
 ScaLAPACK/2.2.0-gompi-2023a-fb (D)
atau ScaLAPACK

Modul Eigenvalue Solvers

Nama dan Versi Nama Modul
ELPA 2018.11, linked:
  • GCC 10
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2018.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2020.11, linked:
  • GCC 10
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2020.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • GCC 10
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.05-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2021.05, linked:
  • GCC 10
  • OneAPI MKL 2021.1
 elpa/2021.05-GCC10-MKL
ELPA 2021.11, linked:
  • GCC 10
  • OneAPI MKL 2021.1
  • CUDA 11.2
 elpa/2021.11-GCC10-MKL-CUDA11
ELPA 2022.05.001, linked:
  • GCC 11.3
  • AOCL 4.0
  • CUDA 12.0
 elpa/2022.05.001-GCC11.3-AOCL4.0-CUDA12.0
ELPA 2022.05.001, linked:
  • GCC 11.3
  • AOCL 4.0
 elpa/2022.05.001-GCC11.3-AOCL4.0
atau elpa

Daftar Software NVIDIA

ALELEON Supercomputer menyediakan software NVIDIA untuk CUDA Toolkit dan aplikasi HPC (NVIDIA HPC SDK) yang telah disesuaikan untuk arsitektur NVIDIA Ampere.

  • Perhatikan bahwa CUDA 11 kebawah tidak mendukung GPU NVIDIA yang terpasang di ALELEON Supercomputer.

Modul NVIDIA CUDA Toolkit (Standalone)

Modul NVIDIA CUDA Toolkit
Nama dan Versi Nama Modul
CUDA 11.2 + cuDNN 8.1.1 cuda/11.2-cuDNN8.1.1
CUDA 11.6 + cuDNN 8.3.3 cuda/11.6-cuDNN8.3.3
CUDA 11.8 + cuDNN 8.6.0 cuda/11.8-cuDNN8.6.0
CUDA 12.0 + cuDNN 8.7.0 cuda/12.0-cuDNN8.7.0
CUDA 12.1 + cuDNN 8.8.1 cuda/12.1-cuDNN8.8.1
CUDA 12.3 + cuDNN 8.9.6 cuda/12.3-cuDNN8.9.6
CUDA 12.4 + cuDNN 9.2.1 cuda/12.4-cuDNN9.2.1
CUDA 12.5 + cuDNN 9.2.1 cuda/12.5-cuDNN9.2.1
atau cuda

Modul NVIDIA HPC SDK (Experimental)

Note:
  • Saat ini tim engineering ALELEON Supercomputer sedang mengadakan pengujian kompabilitas sistem untuk NVIDIA HPC SDK ini.

NVIDIA HPC SDK berisikan modul NVIDIA:

  • NVIDIA HPC Compilers (C, C++, Fortran)
  • NVIDIA CUDA Toolkit (11.0, 11.8, 12.0)
  • NVIDIA MPI (Open MPI dengan CUDA aware)
  • NVIDIA Collective Communication Library (NCCL)
  • NVIDIA SHMEM (NVSHMEM)

Terdapat beberapa modul untuk NVIDIA HPC SDK dengan pembagian komponen:

Modul NVIDIA HPC SDK
Nama dan Versi Nama Modul Kelengkapan Komponen
NVIDIA HPC SDK 23.1 nvhpc/23.1 NV HPC compilers, CUDA, MPI, NCCL, SHMEM
nvhpc-nompi/23.1 NV HPC compilers, CUDA, NCCL, SHMEM
nvhpc-byo-compiler/23.1 CUDA, NCCL, SHMEM

Daftar Intepreter

ALELEON Supercomputer menyediakan set intepreter Python, R, dan Julia.

Modul Python dan Anaconda

ALELEON Supercomputer menggunakan environment Python 3 sebagai standar dan menyediakan Python dari:

  • Default OS yaitu Python 3.9.18.
  • Suite Anaconda 3.
  • Modul terpisah.

Untuk menjalankan komputasi dengan Python lihat laman Komputasi Python.

Modul Anaconda
Nama dan Versi Python bawaan Nama Modul
Anaconda 3 2020.11 3.8.5 Anaconda3/2020.11
Anaconda 3 2021.05 3.8.8 Anaconda3/2021.05
Anaconda 3 2022.05 3.9.12 Anaconda3/2022.05
Anaconda 3 2023.07-2 3.11.4 Anaconda3/2023.07-2
atau Anaconda3
Modul Python
Nama dan Versi Nama Modul
Python 2.7.16 Python/2.7.16-GCCcore-8.3.0
Python 2.7.18 Python/2.7.18-GCCcore-11.2.0
Python 3.8.6 Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
Python 3.9.5 Python/3.9.5-GCCcore-10.3.0
Python 3.10.4 Python/3.10.4-GCCcore-11.3.0
Python 3.11.3 Python/3.11.3-GCCcore-12.3.0
atau Python

Modul R

ALELEON Supercomputer menyediakan interpreter R yang dicompile secara build from source beserta optimasinya.

  • Untuk menjalankan komputasi dengan R lihat laman R.
Modul R
Nama dan Versi Nama Modul
R 4.3.0 R/4.3.0-GCC11.3-MKL

Modul Julia

Modul Julia
Nama dan Versi Nama Modul
Julia 1.8.2 julia/1.8.2
Diperoleh dari "https://wiki.efisonlt.com/index.php?title=Katalog_Software_ALELEON_Supercomputer&oldid=1711"