NAMD: Perbedaan antara revisi

Revisi per 12 Januari 2024 08.11

NAMD adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.

Modul NAMD

Berikut adalah detail versi NAMD yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:

Modul NAMD versi CPU
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
2.14	namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX	V	-	-	V

Modul NAMD versi GPU
Versi	Nama modul software	Dukungan hardware
Versi	Nama modul software	CPU	GPU	OMP Threading	MPI multi-node
2.14	namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11	V	V	-	V

Menjalankan NAMD

User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO (klik expand atau kembangkan).

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Langkah Menjalankan NAMD di Terminal

0

=====Login SSH =====

Tatacara login SSH lihat laman Login SSH ALELEON Supercomputer.

1

Menyiapkan File Komputasi

Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:

File input dan data komputasi.
- User dapat upload / download file ke ALELEON dengan software FTP.
Membuat SLURM Submit Script yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
- Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh my_job_submission.sh

$ mkdir kerjaanskripsi
$ cd kerjaanskripsi
$ nano my_job_submission.sh

... upload / menyiapkan / edit input dan data komputasi ...

2

Template SLURM Submit Script NAMD

Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.

Template SLURM Submit Script untuk NAMD versi CPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# NAMD (versi CPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file NAMD yang dijalankan
INPUT_FILE="////.conf"

# Memuat modul software NAMD versi CPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul NAMD" di atas 
module load namd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan NAMD
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} namd2 ${INPUT_FILE}

Template SLURM Submit Script untuk NAMD versi GPU

#!/bin/bash

# -----------------------------------------------------
# Template SLURM Submit Script
# NAMD (versi GPU) | rev.080124
# 
# NOTES: 
# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
# 2. Template ini bersifat referensi.
#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
# -----------------------------------------------------

# -----------------------------------------------------
# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
# -----------------------------------------------------

# Menggunakan partisi compute node GPU
#SBATCH --partition=ampere

# Alokasi jumlah core thread CPU
#SBATCH --ntasks=////

# Alokasi jumlah GPU
#SBATCH --gpus=////

# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
#SBATCH --mem=////GB

# Alokasi limit waktu menjalankan job 
# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
#SBATCH --time=////

# Definisi file untuk menampung output terminal program
#SBATCH --output=result-%j.txt

# Definisi file untuk menampung output error log    
#SBATCH --error=error-%j.txt 

# Nama input file NAMD yang dijalankan
INPUT_FILE="////.conf"

# Memuat modul software NAMD versi GPU
# Daftar modul lihat subbab "Modul NAMD" di atas 
module load namd////

# ----------------------------------------------------
# Script jalannya program
# ----------------------------------------------------

# Perintah menjakankan NAMD
charmrun ++local +p${SLURM_NTASKS} namd2 ${INPUT_FILE}

Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk NAMD

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
NAMD versi CPU²	384	240GB²	0
NAMD versi CPU di high-mem node Tambahkan `#SBATCH --nodelist=epyc001`	128	500GB	0
NAMD versi GPU	32	120GB	1
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer NAMD mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

3

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan perintah sbatch.

$ sbatch <nama-SLURM-Submit-script>

Contoh menjalankan nama script my_job_submission.sh.

$ sbatch my_job_submission.sh

4A

User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.

Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.

$ squeue -ul $USER

Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:

Daftar STATE squeue SLURM
STATE	Kepanjangan	Penjelasan
R	RUN	Job berjalan
PD	PENDING	Job tertahan, lihat keterangan NODELIST(REASON)
CG	COMPLETING	Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
CA	CANCELED	Job dibatalkan oleh user
PR	PREEMPETED	Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
S	SUSPENDED	Job ditahan oleh admin EFISON

4B

Menghentikan Job Komputasi

Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.

Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.

$ scancel <job-ID-submission-user>

Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.

$ scancel 231

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Langkah Menjalankan NAMD di Web EFIRO

0

Login Web EFIRO

User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer.
Buka alamat web http://aleleon.ood lalu masukkan username dan password user.
- Bagi user Linux, buka alamat http://10.192.50.11

1

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Buka menu Jobs > Jobs Composer pada dashboard EFIRO.
Pilih New Job > From Template

Menu Jobs > Jobs Composer

Menu New Jobs > From Template

2

PIlih template NAMD yang diinginkan.
Isi atau ganti kolom Job Name sesuai keinginan user.
Apabila sudah selesai, klik Create New Job.

Template NAMD yang tersedia
Nama Template	Penjelasan
NAMD 2.14 (CPU)	Menjalankan NAMD 2.14 pada CPU
NAMD 2.14 (GPU)	Menjalankan NAMD 2.14 dengan akselerasi GPU.

3

Menyiapkan File Komputasi

Gunakan menu Edit Files untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.

Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas 2GB per file.
- Gunakan aplikasi FTP untuk upload file tunggal diatas 2GB.

4

Melengkapi Submit Script

Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.

Lengkapi Submit Script melalui menu Open Editor.
Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
Jangan lupa klik Save setiap sekali mengubah script.

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
Skenario Komputasi	ntasks (CPU)	mem (RAM)	gpus (GPU)	time (time limit)
Fair policy usage untuk akumulasi semua job¹	128	128GB	2	3-00:00:00 atau 72:00:00
NAMD versi CPU²	384	240GB²	0
NAMD versi CPU di high-mem node Tambahkan `#SBATCH --nodelist=epyc001`	128	500GB	0
NAMD versi GPU	32	120GB	1
Keterangan: Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer. User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih. Info detail buka laman Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer NAMD mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128: SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node. Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node. Info detail buka laman MPI ALELEON Supercomputer.
Keterangan tambahan
Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour: SLURM akan menahan job apabila: ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user. gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user. Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu `Open Terminal` dan jalankan perintah: $ sausage Info SBATCH lebih detail lihat laman Submit Script ALELEON Supercomputer

5

Menjalankan Job Komputasi

Jalankan job dengan klik tombol Submit.

Status Arti

Not Submitted Job belum pernah dijalankan.

Running Job berjalan.

Queue

Job mengantri dan belum berjalan.

Langkah melihat status job ketika queue
Buka `Jobs > Active Jobs` pada dashboard EFIRO. Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini Halaman Active Jobs. Ubah opsi `Your jobs` untuk melihat status job user saja. Klik simbol > untuk melihat status job pending pada kolom Reason. Arti reason lihat laman Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer.

Completed Job selesai berjalan.

Failed Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.

Menghentikan Job Komputasi

Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol Stop.

6A

Melihat Output Komputasi

User dapat melihat output file komputasi pada kolom Folder Contents

Atau dengan membuka Edit Files

Kolom Folder Contents.

6B User dapat menjalankan ulang ruang job yang sama dengan mengklik kembali tombol Submit.

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:

#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user> 
#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL

SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:

BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.

Pelaporan Kendala dan Support

Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.

---

Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:

support@efisonlt.com

Article tools

Perkakas pribadi

Navigasi

Perkakas

NAMD: Perbedaan antara revisi

Revisi per 12 Januari 2024 08.11

Daftar isi

Modul NAMD

Menjalankan NAMD

Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)

Menyiapkan File Komputasi

Template SLURM Submit Script NAMD

Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk NAMD

Menjalankan Job Komputasi

Menghentikan Job Komputasi

Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)

Login Web EFIRO

Membuka Job Composer dan Memilih Template Job

Menyiapkan File Komputasi

Melengkapi Submit Script

Panduan Nilai Maksimal SBATCH

Menjalankan Job Komputasi

Menghentikan Job Komputasi

Melihat Output Komputasi

Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email

Pelaporan Kendala dan Support

@@ Baris 2: / Baris 2: @@
 [https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ '''NAMD'''] adalah framework dinamika molekular yang digunakan untuk komputasi biomolekuler skala besar di HPC. NAMD mendukung komputasi paralel.
+=='''Modul NAMD'''==
-== '''Versi yang Tersedia''' ==
+Berikut adalah detail versi NAMD yang tersedia secara global di ALELEON Supercomputer:
-{| class="wikitable sortable mw-collapsible"
+{| class="wikitable"
-!Versi
+|+Modul NAMD versi CPU
-!Dukungan MPI
+! rowspan="2" |Versi
-!Dukungan Hardware
+! rowspan="2" | Nama modul software
+! colspan="4" |Dukungan hardware
 |-
-|2.14 (CPU)
+!CPU
-|Pure MPI
+!GPU
-|CPU, multi-node
+!OMP
+Threading
+!MPI
+multi-node
 |-
-|2.14 (GPU)
+|2.14
+|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-UCX
+|V
+| -
 | -
-|CPU - GPU, single-node
+|V
 |}
-=='''Menjalankan NAMD di Job Composer'''==
 {| class="wikitable"
+|+Modul NAMD versi GPU
+! rowspan="2" |Versi
+! rowspan="2" |Nama modul software
+! colspan="4" |Dukungan hardware
+|-
+!CPU
+!GPU
+!OMP
+Threading
+!MPI
+multi-node
+|-
+|2.14
+|namd/2.14-GCC10-FFTW3F-CUDA11
+|V
+|V
+| -
+|V
+|}
+=='''Menjalankan NAMD'''==
+User dapat menjalankan komputasi dengan pilihan cara melalui terminal atau website EFIRO ''(klik expand atau kembangkan)''.
+===Opsi Menggunakan terminal (SLURM sbatch)===
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="2" |Langkah Menjalankan NAMD di Terminal
+[[Berkas:Sbatch Terminal.png|nirbing|500x500px]]
+|-
+|'''0'''
+|=====Login SSH =====
+Tatacara login SSH lihat laman [https://wiki.efisonlt.com/wiki/Menggunakan_ALELEON_Supercomputer_via_Terminal#1_|_Login_SSH '''Login SSH ALELEON Supercomputer'''].
+|-
 |'''1'''
-|Buka menu dashboard EFIRO '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>'''
+|
-[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nirbing|300x300px|al=|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Efirojobcomposermenu.png]]
+=====Menyiapkan File Komputasi=====
+Siapkan file yang dibutuhkan untuk komputasi user, rekomendasi dalam satu folder per job:
+*File input dan data komputasi.
+**User dapat upload / download file ke ALELEON dengan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''software FTP''']].
+*Membuat '''SLURM Submit Script''' yaitu 'formulir' untuk menjalankan job komputasi.
+**Nama script bebas dengan format file .sh (bash), contoh ''<code>my_job_submission.sh</code>''
+ $ mkdir kerjaanskripsi
+ $ cd kerjaanskripsi
+ $ nano my_job_submission.sh
+ ''... upload / menyiapkan / edit input dan data komputasi ...''
+|-
+| rowspan="2" |'''2'''
+|
+=====Template SLURM Submit Script NAMD=====
+Ikuti panduan template berikut dan petunjuk NOTES di dalamnya.
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! Template SLURM Submit Script untuk NAMD versi CPU
+|-
+|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
+#!/bin/bash
+# -----------------------------------------------------
+# Template SLURM Submit Script
+# NAMD (versi CPU) | rev.080124
+#
+# NOTES:
+# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
+# 2. Template ini bersifat referensi.
+#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
+# -----------------------------------------------------
+# -----------------------------------------------------
+# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
+# -----------------------------------------------------
+# Alokasi jumlah core thread CPU
+#SBATCH --ntasks=////
+# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
+#SBATCH --mem=////GB
+# Alokasi limit waktu menjalankan job
+# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
+#SBATCH --time=////
+# Definisi file untuk menampung output terminal program
+#SBATCH --output=result-%j.txt
+# Definisi file untuk menampung output error log
+#SBATCH --error=error-%j.txt
+# Nama input file NAMD yang dijalankan
+INPUT_FILE="////.conf"
+# Memuat modul software NAMD versi CPU
+# Daftar modul lihat subbab "Modul NAMD" di atas
+module load namd////
+# ----------------------------------------------------
+# Script jalannya program
+# ----------------------------------------------------
+# Perintah menjakankan NAMD
+mpirun -np ${SLURM_NTASKS} namd2 ${INPUT_FILE}
+</syntaxhighlight>
+|}
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+!Template SLURM Submit Script untuk NAMD versi GPU
+|-
+|<syntaxhighlight lang="bash" line="1">
+#!/bin/bash
+# -----------------------------------------------------
+# Template SLURM Submit Script
+# NAMD (versi GPU) | rev.080124
+#
+# NOTES:
+# 1. Isi bagian yang ditandai 4 garing (////).
+# 2. Template ini bersifat referensi.
+#    User dapat mengubah bagian yang perlu diubah.
+# -----------------------------------------------------
+# -----------------------------------------------------
+# Alokasi komputasi SBATCH, input, dan module
+# -----------------------------------------------------
+# Menggunakan partisi compute node GPU
+#SBATCH --partition=ampere
+# Alokasi jumlah core thread CPU
+#SBATCH --ntasks=////
+# Alokasi jumlah GPU
+#SBATCH --gpus=////
+# Alokasi jumlah memori RAM (satuan GB)
+#SBATCH --mem=////GB
+# Alokasi limit waktu menjalankan job
+# Format HH:MM:SS atau D-HH:MM:SS
+#SBATCH --time=////
+# Definisi file untuk menampung output terminal program
+#SBATCH --output=result-%j.txt
+# Definisi file untuk menampung output error log
+#SBATCH --error=error-%j.txt
+# Nama input file NAMD yang dijalankan
+INPUT_FILE="////.conf"
+# Memuat modul software NAMD versi GPU
+# Daftar modul lihat subbab "Modul NAMD" di atas
+module load namd////
+# ----------------------------------------------------
+# Script jalannya program
+# ----------------------------------------------------
+# Perintah menjakankan NAMD
+charmrun ++local +p${SLURM_NTASKS} namd2 ${INPUT_FILE}
+</syntaxhighlight>
+|}
+|-
+|
+=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH untuk NAMD=====
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
+|-
+!Skenario Komputasi
+!ntasks
+(CPU)
+!mem
+(RAM)
+!gpus
+(GPU)
+!time
+(time limit)
+|-
+|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
+|128
+|128GB
+|2
+| rowspan="4" |3-00:00:00
+atau
+:00:00
+|-
+|NAMD versi CPU''<sup>2</sup>''
+|384
+|240GB''<sup>2</sup>''
+|0
+|-
+|NAMD versi CPU di high-mem node
+*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
+|128
+|500GB
+|0
+|-
+|NAMD versi GPU
+|32
+|120GB
+|1
+|-
+| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
+#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
+#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
+#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
+#NAMD mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
+#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
+#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
+#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
 |-
-|'''2'''
+! colspan="5" |Keterangan tambahan
-|Pilih '''<code>New Jobs</code> > <code>From Template</code>'''
+|-
-[[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nirbing|180x180px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcnewjobmarked.png]]
+| colspan="5" |
+*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
+**SLURM akan menahan job apabila:
+***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
+***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
+**Cek sisa Kredit Core Hour melalui perintah:
+ $ '''sausage'''
+*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
+|}
 |-
 |'''3'''
 |
-==='''Memilih Template NAMD'''===
+=====Menjalankan Job Komputasi=====
-[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|al=|nir|jmpl|Pilih template NAMD yang dibutuhkan. Isi atau ganti <code>'''Job Name'''</code> sesuai keinginan user, kemudian klik <code>'''Create New Job'''</code>.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcselecttemplate3.png]]
+Jalankan job dengan perintah sbatch.
+ $ '''sbatch''' '''''<nama-SLURM-Submit-script>'''''
+Contoh menjalankan nama script <code>my_job_submission.sh</code>.
+ $ sbatch my_job_submission.sh
+|-
+|'''4A'''
+|User dapat melihat status jalannya job dengan perintah squeue berikut.
+*Apabila tidak ada output artinya tidak ada job user yang berjalan / antri pada waktu itu.
+ $ '''squeue -ul $USER'''
+Berikut adalah daftar STATE (ST) dari squeue yang menunjukkan status berjalannya job:
+{| class="wikitable"
+|+Daftar STATE squeue SLURM
+!STATE
+!Kepanjangan
+!Penjelasan
+|-
+|R
+|RUN
+|Job berjalan
+|-
+|PD
+|PENDING
+|Job tertahan, lihat keterangan [[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer|'''NODELIST(REASON)''']]
+|-
+|CG
+|COMPLETING
+|Job selesai dan dalam proses clean-up SLURM
+|-
+|CA
+|CANCELED
+|Job dibatalkan oleh user
+|-
+|PR
+|PREEMPETED
+|Job dibatalkan oleh admin EFISON, alasan dikabarkan melalui email
+|-
+|S
+|SUSPENDED
+|Job ditahan oleh admin EFISON
+|}
+|-
+|'''4B'''
+|
+=====Menghentikan Job Komputasi=====
+Apabila user ingin membatalkan job, gunakan perintah scancel berdasarkan job ID.
+*Job ID dapat dilihat melalui perintah squeue pada kolom JOBID.
+*User hanya bisa membatalkan job submission milik user sendiri.
+ $ '''scancel <''job-ID-submission-user''>'''
+Contoh user membatalkan job submission milik user dengan ID 231.
+ $ scancel 231
+|}
+===Opsi Menggunakan Web EFIRO (EFIRO Job Composer)===
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="2" |Langkah Menjalankan NAMD di Web EFIRO
+[[Berkas:Efirojobcomposer3.png|nirbing|500x500px]]
+|-
+|'''0'''
+|
+=====Login Web EFIRO=====
+*[[Koneksi VPN ALELEON Supercomputer|'''User harus terhubung ke jaringan VPN ALELEON Supercomputer''']].
+*Buka alamat web '''<code><nowiki>http://aleleon.ood</nowiki></code>'''  lalu masukkan username dan password user.
+**Bagi user Linux, buka alamat <code>'''<nowiki>http://10.192.50.11</nowiki>'''</code>
+|-
+|'''1'''
+|
+=====Membuka Job Composer dan Memilih Template Job=====
+*Buka menu '''<code>Jobs</code>''' > '''<code>Jobs Composer</code>''' pada dashboard EFIRO.
+*Pilih '''<code>New Job</code>''' > '''<code>From Template</code>'''
+[[Berkas:Efirojobcomposermenu.png|nir|jmpl|Menu '''<code>Jobs</code> > <code>Jobs Composer</code>''']][[Berkas:Jcnewjobmarked.png|al=|nir|jmpl|220x220px|Menu '''<code>New Jobs</code>''' > '''<code>From Template</code>''']]
+|-
+|'''2'''
+|[[Berkas:Jcselecttemplate3.png|nirbing|600x600px]]
+*PIlih template NAMD yang diinginkan.
+*Isi atau ganti kolom '''<code>Job Name</code>''' sesuai keinginan user.
+*Apabila sudah selesai, klik '''<code>Create New Job</code>'''.
 {| class="wikitable"
-|+Template NAMD
+! colspan="2" |Template NAMD yang tersedia
+|-
 !Nama Template
 !Penjelasan
 |-
 |NAMD 2.14 (CPU)
-|Menjalankan NAMD 2.14 versi CPU
+|Menjalankan NAMD 2.14 pada CPU
 |-
 |NAMD 2.14 (GPU)
-|Menjalankan NAMD 2.14 versi GPU
+|Menjalankan NAMD 2.14 dengan akselerasi GPU.
 |}
+|-
+|'''3'''
+|
+=====Menyiapkan File Komputasi=====
+[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px]]
+Gunakan menu <code>'''Edit Files'''</code> untuk upload file komputasi yang dibutuhkan.
+*Laman Edit Files juga dapat melakukan download / edit / rename / delete file.
+*Fitur upload pada Edit Files mempunyai limit kapasitas '''2GB per file'''.
+**Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] untuk upload file tunggal diatas 2GB.
 |-
 | rowspan="2" |'''4'''
 |
-==='''Mempersiapkan File untuk Menjalankan Job'''===
+=====Melengkapi Submit Script=====
-[[Berkas:Jcjoboption3.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
+Submit Script adalah "formulir" untuk menjalankan job komputasi user.
-*Gunakan menu '''<code>Edit Files</code>''' untuk upload file yang dibutuhkan'''.'''
+*Lengkapi Submit Script melalui menu '''<code>Open Editor</code>'''.
-**Laman Edit Files juga dapat melakukan view / download / edit / rename / delete file.
+*Ikuti petunjuk NOTES di dalamnya.
+*Jangan lupa klik <code>'''Save'''</code> setiap sekali mengubah script.
+[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|500x500px]]
+|-
+|
+=====Panduan Nilai Maksimal SBATCH=====
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+! colspan="5" |Panduan Nilai Maksimal SBATCH ntasks, mem, gpus, time
 |-
-|''Fitur upload pada laman Edit Files '''mempunyai batasan ukuran upload 2GB per file'''. Gunakan [[Upload File dengan Aplikasi FTP|'''aplikasi FTP''']] apabila user hendak mengupload file tunggal diatas 2GB.''
+!Skenario Komputasi
+!ntasks
+(CPU)
+!mem
+(RAM)
+!gpus
+(GPU)
+!time
+(time limit)
 |-
-|'''5A'''
+|Fair policy usage untuk akumulasi semua job<sup>''1''</sup>
-|
+|128
-==='''Melengkapi Submit Script Template'''===
+|128GB
-[[Berkas:Jceditor3.png|al=|nirbing|300x300px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jceditor3.png]]
+|2
+| rowspan="4" |3-00:00:00
+atau
-Melalui '''<code>Open Editor</code>''', lengkapi Submit Script dengan mengganti bagian yang di tandai 4 garis miring (////).
+:00:00
-*'''''Jangan lupa klik <code>Save</code> setiap sekali mengubah script.'''''
+|-
+|NAMD versi CPU''<sup>2</sup>''
+|384
+|240GB''<sup>2</sup>''
+|0
+|-
+|NAMD versi CPU di high-mem node
+*Tambahkan <code>#SBATCH --nodelist=epyc001</code>
+|128
+|500GB
+|0
+|-
+|NAMD versi GPU
+|32
+|120GB
+|1
+|-
+| colspan="5" |'''''Keterangan:'''''
+#Limitasi untuk menjaga kualitas layanan ALELEON Supercomputer.
+#*User dapat mengajukan permintaan buka limitasi apabila butuh alokasi lebih.
+#*Info detail buka laman [[Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer|'''Limitasi Fair Usage ALELEON Supercomputer''']]
+#NAMD mendukung komputasi paralel MPI. Ketika jumlah ntasks lebih dari 128:
+#*SLURM otomatis menjalankan job pada multi-node.
+#*Parameter mem adalah alokasi memori RAM per-node.
+#*Info detail buka laman [[MPI ALELEON Supercomputer|'''MPI ALELEON Supercomputer''']].
 |-
-| rowspan="2" |'''5B'''
+! colspan="5" |Keterangan tambahan
-|
-==='''Panduan lengkap mengisi Submit Script:'''===
-[[Berkas:Wiki-14edit.jpg|al=SLURM Script ALELEON Supercomputer|1000x1000px |link=Submit Script ALELEON Supercomputer ]]
 |-
-|
+| colspan="5" |
-==='''Fitur MPI pada NAMD versi CPU'''===
+*'''Untuk akun perseorangan dengan Kredit Core Hour:'''
-NAMD versi CPU menggunakan MPI (Message Passing Interface) sehingga memberi kebebasan user untuk:
+**SLURM akan menahan job apabila:
-*[https://wiki.efisonlt.com/wiki/MPI_ALELEON_Supercomputer#MPI_Satu_Node_vs_Multi_Node '''MPI Satu Node vs Multi Node''']
+***ntasks * time (jam) lebih besar dari sisa CPU Core Hour user.
-**User dapat menjalankan NAMD versi CPU hanya dengan 1 node (maksimal 128 core thread CPU)
+***gpus * time (jam) lebih besar dari sisa GPU Hour user.
-**Atau menggunakan '''multi-node''' alias '''lebih dari 128 core thread CPU'''.
+**Cek sisa Kredit Core Hour melalui menu '''<code>Open Terminal</code>''' dan jalankan perintah:
+ $ '''sausage'''
+[[Berkas:Jcjoboption4.png|nirbing|600x600px]]
+*Info SBATCH lebih detail lihat laman [[Submit Script ALELEON Supercomputer|'''Submit Script ALELEON Supercomputer''']]
+|}
 |-
-| rowspan="3" |'''6'''
+|'''5'''
 |
-==='''Menjalankan Job'''===
+=====Menjalankan Job Komputasi=====
 Jalankan job dengan klik tombol '''<code>Submit</code>'''.
-[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcsubmit2.png]]
+[[Berkas:Jcsubmit2.png|al=|nirbing|600x600px]]
-|-
-|Berikut penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''':'''
 {| class="wikitable"
+|+''Penjelasan kolom '''<code>Status</code>,''' pantau dengan refresh halaman job''
 !Status
 !Arti
@@ Baris 92: / Baris 434: @@
 |Queue
 |Job mengantri dan belum berjalan.
+{| class="wikitable mw-collapsible mw-collapsed"
+!Langkah melihat status job ketika queue
+|-
+|Buka <code>'''Jobs > Active Jobs'''</code> pada dashboard EFIRO.
+*Lakukan langkah sesuai gambar dibawah ini
+[[Berkas:Efiroqueueedit.png|al=|jmpl|''Halaman Active Jobs. Ubah opsi '''<code>Your jobs</code>''' untuk melihat status job user saja. Klik simbol '''>''' untuk melihat status  job pending pada kolom '''Reason'''. Arti reason lihat laman '''[[Daftar Reason NODELIST ALELEON Supercomputer]].'''''|kiri]]
+|}
 |-
 |Completed
@@ Baris 97: / Baris 446: @@
 |-
 |Failed
-|Job berhenti di tengah jalan,
+|Job berhenti di tengah jalan, bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
-Bisa karena di Stop atau Delete oleh user.
 |}
-|-
+=====Menghentikan Job Komputasi=====
-|
+Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''<code>Stop</code>'''.
-===Stop atau Cancel Job===
-Untuk menghentikan job yang tengah berjalan, klik tombol '''Stop'''.
-[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Stop.png]]
+[[Berkas:Stop.png|nirbing|600x600px]]
 |-
-|'''7A'''
+|'''6A'''
 |
-==='''Melihat hasil job yang selesai'''===
+=====Melihat Output Komputasi=====
-Hasil output job dapat dilihat pada kolom '''<code>Folder Contents</code>''' atau membuka halaman '''<code>Edit Pages</code>.'''[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|User dapat melihat semua file output yang keluar di kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]][[Berkas:Jcjoboption3.png|nir|jmpl|atau dengan membuka menu '''<code>Edit Files</code>'''.|pra=https://wiki.efisonlt.com/wiki/Berkas:Jcjoboption3.png]]
+User dapat melihat output file komputasi pada kolom '''<code>Folder Contents</code>'''
+*Atau dengan membuka '''<code>Edit Files</code>'''
+[[Berkas:Jcfoldercontentsedit.png|al=|nir|jmpl|Kolom '''<code>Folder Contents</code>'''.]]
 |-
-|'''7B'''
+|'''6B'''
-|
+|User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' dengan mengklik kembali tombol '''<code>Submit</code>'''.
-==='''Submit Ulang Job'''===
-User dapat '''menjalankan ulang ruang job yang sama''' (misalkan ketika ada koreksi file input atau Submit Script) dengan '''mengklik kembali tombol <code>Submit</code>'''.
 |}
+=='''Notifikasi Status Jalannya Komputasi via email'''==
+SLURM ALELEON Supercomputer dapat mengirim notifikasi email kepada user dengan nama "Jojo" untuk mengabarkan status berjalannya job komputasi user. Silahkan tambahan SBATCH berikut pada Submit Script apabila user ingin menerima notifikasi email dari SLURM:<syntaxhighlight lang="bash">
+#SBATCH --mail-user=<alamat-email-user>
+#SBATCH --mail-type=BEGIN,END,FAIL
+</syntaxhighlight>SBATCH mail-type mengatur konten email notifikasi SLURM dengan pilihan opsi yang sekiranya berguna untuk user:
+*BEGIN -> notifikasi job sudah mulai
+*END -> notifikasi job sudah selesai beserta cuplikan 20 baris terakhir dari file SBATCH output dan error.
+*FAIL -> notifikasi apabila job gagal berjalan atau berhenti tidak sewajarnya.
+*TIME_LIMIT_50 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 50% time limit.
+*TIME_LIMIT_80 -> job telah berjalan dengan durasi waktu 80% time limit.
+=='''Pelaporan Kendala dan Support'''==
+Apabila menjumpai masalah teknis dalam menjalankan komputasi, silahkan lapor dengan klik gambar berikut ini.
+[[Berkas:Wiki-pelaporankendala.jpg|1000x1000px|link=https://efisonlt.com/aleleonbugreport]]
+---
+Bila terdapat pertanyaan lainnya, silahkan hubungi admin EFISON melalui email:
+ '''support@efisonlt.com'''